丙戌日，太宗的车驾返回京城长安。
冬季十月己丑日，太宗因为往返灵州期间，冒着凉风，疲惫不堪，想要在年前专心调养身体。十一月己丑日，太宗下诏规定：凡是祭祀、大臣的奏章表疏、外国使者的接待、军队的调动、宫廷的宿卫、传递重要公文的鱼符驿马的发放、五品以上官员的任命和罢免、死刑的判决等事务，都要奏报太宗知晓；其余的事务，全部由皇太子处理裁决。
十二月己丑日，文武百官多次请求太宗举行封禅大典；太宗批准了他们的请求。下诏命令制造天子仪仗的羽林军，将仪仗护送到洛阳宫。
戊寅日，回纥俟利发吐迷度、仆骨俟利发歌滥拔延、多滥葛俟斤末、拔野古俟利发屈利失、同罗俟利发时健啜、思结酋长乌碎，以及浑、斛薛、奚结、阿跌、契苾、白霫等部落的酋长，都来到长安朝见太宗。庚辰日，太宗在芳兰殿设宴款待他们，命令有关部门优厚地供给他们食宿，每五天宴请一次。
癸未日，太宗对长孙无忌等人说：“今天是朕的生日，世俗之人都要设宴奏乐庆祝，但朕反而感到悲伤。如今朕君临天下，拥有四海的财富，却再也无法在父母的膝下承欢尽孝，这正是子路当年背负米粮孝敬父母时，所感慨的‘树欲静而风不止，子欲养而亲不待’的遗憾啊！《诗经》说：‘哀哀父母，生我劬劳。’为什么要在父母养育我如此辛劳的日子里，设宴奏乐庆祝呢！” 说完，太宗流下了几行眼泪，身边的侍从们也都十分悲伤。
房玄龄曾经因为受到轻微的谴责而被遣送回家。褚遂良上书劝谏说：“房玄龄自从陛下起兵反隋以来，就辅佐陛下成就大业；武德年间，他冒着生命危险，帮助陛下策划玄武门之变；贞观初年，他选拔贤才，整顿朝政。作为臣子，房玄龄的功劳是最大的。如果不是犯下不可赦免的大罪，被文武百官共同指责，就不应该将他远远地弃置不用。陛下如果觉得他年纪大了，也应当委婉地劝告他，让他主动辞官退休，以礼相待，让他体面地退职；而不应该因为一点小小的过失，就抛弃这位几十年的开国元勋。” 太宗看到奏疏后，立刻下令将房玄龄召回朝中。没过多久，房玄龄又辞官，回到家中。过了很长一段时间，太宗驾临芙蓉园，房玄龄命令家中的子弟们赶紧打扫门庭，说：“皇上的车驾就要来了！” 过了一会儿，太宗果然驾临房玄龄的府邸，于是带着房玄龄一同返回宫中。
太宗文武大圣大广孝皇帝下之上贞观二十一年（丁未，公元 647 年）
春季正月，开府仪同三司、申文献公高士廉病重。辛卯日，太宗驾临他的府邸，流着眼泪与他诀别。壬辰日，高士廉去世。太宗准备前往高家吊唁，房玄龄因为太宗的病刚刚痊愈，坚决劝谏阻止。太宗说：“高公对朕来说，不仅仅是君臣关系，更是故旧姻亲。朕怎么能听到他去世的消息，却不去吊唁呢？你不要再多说了！” 太宗率领侍从们从兴安门出发，前往高家。长孙无忌正在高士廉的灵柩前，听说太宗即将到来，立刻停止哭泣，赶到半路，跪在太宗的马前劝谏说：“陛下刚刚服用丹药，按照方术的禁忌，是不能亲临丧礼的。陛下为什么不为了宗庙社稷和天下苍生，保重自己的身体呢！况且臣的舅舅临终前留下遗言，非常不愿意因为自己的丧事，而让陛下屈尊前来。” 太宗不听。长孙无忌索性趴在地上，流着眼泪坚决劝谏，太宗这才返回宫中，进入东苑，面向南方痛哭，泪水如雨下。等到高士廉的灵柩出殡，送到横桥时，太宗登上长安故城的西北楼，遥望灵柩，悲痛大哭。
丙申日，太宗下诏将回纥部落改为瀚海府，仆骨部落改为金微府，多滥葛部落改为燕然府，拔野古部落改为幽陵府，同罗部落改为龟林府，思结部落改为卢山府；浑部落改为皋兰州，斛薛部落改为高阙州，奚结部落改为鸡鹿州，阿跌部落改为鸡田州，契苾部落改为榆溪州，思结别部改为蹛林州，白霫部落改为置颜州。太宗任命各个部落的酋长为都督或刺史