敕勒九姓的酋长们，因为他们的部落向来臣服于薛延陀，听说咄摩支回来了，都感到十分恐惧。朝中大臣担心咄摩支会成为漠北地区的祸患，于是太宗再次派遣李世积与敕勒九姓一同谋划对付咄摩支。太宗告诫李世积说：“如果他们投降，就安抚他们；如果他们反叛，就出兵讨伐他们。” 己丑日，太宗亲自写下诏书说：“薛延陀已经灭亡，敕勒各个部落有的前来投降归附，有的还没有归顺。如今如果不抓住这个机会加以安抚，恐怕会留下后患。朕准备亲自前往灵州招抚他们。去年出征辽东的士兵，全部不再征调。”
当时太子准备跟随太宗一同前往灵州，少詹事张行成上书劝谏说：“皇太子跟随陛下前往灵州，不如让他留在京城监国，接待百官，熟悉政务。这样既能稳固京城的重地，又能向天下人彰显太子的圣德。希望陛下能够割舍父子之间的私情，遵从国家的公义。” 太宗认为张行成的话很忠诚，提拔他为银青光禄大夫。
李世积率军抵达郁督军山后，咄摩支手下的酋长梯真达官率领部众前来投降。咄摩支则向南逃到荒谷之中，李世积派遣通事舍人萧嗣业前往招抚慰问，咄摩支于是向萧嗣业投降。但是他的部落仍然心怀二志，李世积便下令军队发起进攻，前后斩杀敌军五千多人，俘获男女三万多人。秋季七月，咄摩支被押送到京城长安，太宗任命他为右武卫大将军。
八月甲子日，太宗册立皇孙李忠为陈王。
己巳日，太宗的车驾前往灵州。江夏王李道宗率领的军队渡过沙漠后，遭遇了薛延陀阿波达官率领的几万军队的抵抗。李道宗率军击败了敌军，斩杀一千多人，追击逃敌二百里。李道宗与薛万彻各自派遣使者招抚晓谕敕勒各个部落，酋长们都十分高兴，纷纷叩首请求入朝拜见太宗。庚午日，太宗的车驾抵达浮阳。回纥、拔野古、同罗、仆骨、多滥葛、思结、阿跌、契苾、跌结、浑、斛薛等十一个部落的酋长各自派遣使者前来进贡，他们都说：“薛延陀不侍奉大国，暴虐无道，不能再做我们的君主，所以自取灭亡。我们的部落已经四分五裂，不知道该归附何处。我们各自都有划分好的土地，不再跟随薛延陀，情愿归顺天子。希望陛下能怜悯我们，设置官府，养育我们这些百姓。” 太宗听后大喜。辛未日，太宗下诏设宴款待回纥等部落的使者，赏赐他们财物，并授予他们官职，还赐给他们酋长们盖有御玺的诏书；又派遣右领军中郎将安永寿作为使者回访各个部落。
壬申日，太宗驾临汉朝的旧甘泉宫，下诏说：“戎狄与天地一同产生，和上古的帝王并存于世。他们制造祸乱，侵扰中原，是从夏商周三代开始的。朕只是派遣一支偏师，就生擒了颉利可汗；刚刚施展朝廷的谋略，就消灭了薛延陀。铁勒的一百多万户百姓，散居在遥远的北方大漠，如今都派遣使者前来，归顺臣服，请求编入唐朝的户籍，成为唐朝的州县。自从开天辟地以来，从未有过这样的盛事。应当举行隆重的仪式，祭告祖庙，并且将这件事布告天下。”
庚辰日，太宗的车驾抵达泾州；丙戌日，越过陇山，抵达西瓦亭，视察当地的牧马情况。九月，太宗抵达灵州，敕勒各个部落的俟斤派遣的使者相继来到灵州，多达几千人。他们都说：“希望能尊奉天子为我们的天可汗，我们子子孙孙都甘愿做天子的臣民，至死都没有遗憾！” 甲辰日，太宗写下诗篇，记叙这件盛事，诗的序言说：“雪耻酬百王，除凶报千古。” 公卿大臣们请求在灵州刻石立碑，记录下这件事；太宗批准了他们的请求。
特进同中书门下三品、宋公萧瑀，性情孤傲耿直，与同僚们大多合不来。他曾经对太宗说：“房玄龄与中书、门下省的大臣们结党营私，对陛下不忠，他们相互勾结，把持朝政大权。陛下之所以没有察觉，只是因为他们还没有公开谋反罢了。” 太宗说：“你说的话未免太过分了！君主选拔贤才作为自己的左膀右臂，应当推心置腹地信任他们。做人不能求全责备，应当舍弃他的短处，发挥他的长处。朕虽然算不上聪明，但也不至于糊涂到分不清善恶是非，竟然到了你说的这种地步！” 萧瑀内心很不自在。他已经多次违背太宗的旨意，太宗也心怀不满，但考虑到他向来忠诚正直，不忍心将他罢免。
太宗曾经对萧瑀说：“你既然信奉佛教，为什么不出家做和尚呢？” 萧瑀于是主动请求出家。太宗说：“朕也知道你素来喜好佛门，如今就不违背你的意愿了。” 过了一会儿，萧瑀又进言说：“臣刚才考虑了一下，还是不能出家。” 太宗因为萧瑀在文武百官面前说话反复无常，心里尤其不高兴。恰逢萧瑀声称脚有疾病，不上朝参政，有时虽然来到朝堂，却不进殿拜见太宗。太宗知道萧瑀心里始终郁郁不乐，便于冬季十月亲自写下诏书，历数他的罪过说：“朕对于佛教，本来就不信仰推崇。信奉佛教的人，来世的福报没有得到应验，修行佛法的人，反而在现世遭受罪责。至于像梁武帝那样一心沉迷于佛教，梁简文帝那样执意皈依佛门，倾尽国库的钱财供养僧尼，耗尽百姓的劳力建造佛塔寺庙。最终导致侯景之乱，三吴地区战火纷飞，百姓生灵涂炭