侯君集攻破高昌之后，私自盗取高昌国的珍宝；将士们知道后，争相偷盗高昌的财物，侯君集无法禁止，因此被有关部门弹劾，太宗下诏将侯君集等人关进监狱。中书侍郎岑文本上书劝谏说：“高昌王麹文泰昏庸悖逆，陛下命令侯君集等人率军讨伐，将其攻克，不到十天的时间，就将侯君集等人交付大理寺审理。虽然侯君集等人确实触犯了法网，但恐怕天下的人会怀疑陛下只记住他们的过错，而忘记他们的功劳。臣听说，任命将领出兵征战，关键在于战胜敌人，如果能够战胜敌人，即使将领贪婪，也应当加以赏赐；如果战败，即使将领廉洁，也应当加以诛杀。因此，汉朝的李广利、陈汤，晋朝的王浚，隋朝的韩擒虎，都身负罪过，但君主因为他们立下大功，全都给予封赏。由此可见，担任将帅的大臣，廉洁谨慎的人少，贪婪追求财物的人多。因此黄石公在《军势》中说：‘要善于任用有智谋的人、有勇气的人、贪婪的人、愚钝的人；有智谋的人乐于建功立业，有勇气的人愿意实现自己的志向，贪婪的人急于追求利益，愚钝的人不会计较生死。’希望陛下能够记取侯君集等人微小的功劳，宽恕他们重大的过错，让侯君集等人重新回到朝廷的行列，再次为陛下效力。他们虽然不是清正廉洁的臣子，但还可以做一个能征善战的将领。这样一来，陛下虽然违背了法律，但恩德却更加彰显；侯君集等人虽然承蒙陛下的宽恕，但过错也更加明显。” 太宗于是释放了侯君集等人。
又有人告发薛万均私下与高昌的妇女私通，薛万均拒不承认。太宗下令将高昌的妇女从后宫中提出来，交付给大理寺，与薛万均当面对质。魏征劝谏说：“臣听说‘君主应当按照礼节任用臣子，臣子应当以忠心侍奉君主。’如今陛下让大将军与亡国的妇女对质闺房里的私事，这件事如果属实，得到的东西也很轻微；如果是虚假的，失去的东西却很重大。从前秦穆公赦免了偷他马的人，楚庄王赦免了调戏他爱妃的人，何况陛下的道德品行高于尧、舜，难道还比不上这两位君主吗！” 太宗急忙下令释放了薛万均。
侯君集的马患上了额部生疮的病，行军总管赵元楷亲自用手指沾取马脓，放到鼻子前嗅闻。御史弹劾赵元楷谄媚奉承，太宗将他降职为括州刺史。
高昌被平定之后，各位将领都立即受到赏赐，只有行军总管阿史那社尔因为没有接到皇帝的敕令，不肯接受赏赐。等到另外的敕令下达之后，他才接受赏赐，而且只选取了一些年老体弱的仆人和破旧的物品。太宗赞赏他廉洁谨慎，将在高昌得到的宝刀以及一千段各色丝绸赏赐给他。
癸卯日，太宗在樊川打猎；乙巳日，返回宫中。
魏征上奏疏说：“在朝中的群臣中，那些担当机要重任的人，陛下虽然委以重任，但对他们的信任却不够坚定，因此这些人有的心怀疑虑，做事敷衍苟且。陛下对大的事情比较宽容，对小的过失却过于严苛，常常因为一时的愤怒而加以斥责，未免掺杂着个人的爱憎之情。将治理国家的大事委托给大臣，将处理琐碎事务的责任责成小臣，这才是治国的正确方法。如今陛下委任官职的时候，重视大臣而轻视小臣；等到发生事情的时候，却信任小臣而怀疑大臣。信任自己所轻视的人，怀疑自己所重视的人，想要达到天下大治的目的，怎么可能呢！如果任命一个人担任高官，却苛求他的细小过错，那么那些掌管文书的官吏，就会顺着陛下的旨意，舞文弄法，歪曲事实，罗织罪名，将过错强加在大臣身上。大臣如果为自己辩解，就会被认为是心中不服罪；如果不辩解，就会被认为所犯的罪行都是事实。大臣进退两难，无法为自己辩白，就会苟且行事，只求免除灾祸，弄虚作假的风气就会逐渐形成。” 太宗采纳了魏征的建议。
太宗对身边的大臣说：“朕虽然平定了天下，但想要守住天下，却十分艰难。” 魏征回答说：“臣听说，取得战争的胜利容易，守住胜利的成果却很艰难。陛下能够说出这番话，实在是宗庙社稷的福气啊！”
太宗听说右庶子张玄素在东宫屡次直言劝谏太子，于是提拔他为银青光禄大夫，代理左庶子。太子曾经在宫中击鼓作乐，张玄素敲开东宫的门，直言劝谏太子。太子将鼓拿出来，当着张玄素的面把鼓毁坏。太子很长时间都不肯出宫接见东宫的官属，张玄素劝谏说：“朝廷选拔优秀贤能的人来辅佐太子，如今太子动辄几个月不见东宫的臣僚，这对太子的德行修养有什么帮助呢！况且东宫之中只有妇女，不知道有没有像楚庄王的樊姬那样能够劝谏君主的人呢？” 太子没有听从张玄素的劝谏。
张玄素年轻时曾担任刑部令史，太宗曾经当着朝中大臣的面问张玄素说：“你在隋朝的时候担任什么官职？” 张玄素回答说：“担任县尉。” 太宗又问：“在担任县尉之前，你担任什么官职？” 张玄素回答说：“担任流外官。” 太宗又问：“具体在哪个部门？” 张玄素对此感到