十一月，辛酉日，太宗在圜丘举行祭天典礼。
十二月，壬午日，朝廷任命黄门侍郎王珪为守侍中。太宗曾经在闲暇的时候，和王珪交谈，有一位美貌的女子在旁边侍奉，太宗指着女子对王珪说：“这是庐江王李瑗的姬妾，李瑗杀了她的丈夫，然后把她纳为姬妾。” 王珪离开座位，恭敬地说：“陛下认为庐江王纳她为姬妾，是对的呢，还是不对的呢？” 太宗说：“杀了别人的丈夫，却娶他的妻子，这当然是不对的，你为什么还要问对错呢！” 王珪回答说：“从前齐桓公知道郭国灭亡的原因，是因为郭国君主喜欢好人却不能任用他们，但是齐桓公自己却抛弃了进谏的贤臣，管仲认为齐桓公的做法和郭国君主没有什么不同。如今这个美女还在陛下的身边侍奉，臣认为陛下的心里是认同庐江王的做法的。” 太宗听后很高兴，立即把这个女子送出宫去，让她回到自己的亲族身边。
太宗让太常少卿祖孝孙教宫女学习音乐，祖孝孙的教导不符合太宗的心意，太宗责备了他。温彦博、王珪劝谏说：“祖孝孙是一位高雅的士人，如今陛下却让他去教宫女，教导不好还要责备他，臣私下里认为这样做不合适。” 太宗发怒说：“朕把你们当作心腹重臣，你们应当竭尽忠心，正直行事，来侍奉朕，你们竟然附和下属，欺骗君主，为祖孝孙说情吗？” 温彦博连忙叩拜谢罪。王珪却不叩拜，说：“陛下责备臣要忠心正直，如今臣所说的话，难道有私心偏袒吗！这是陛下辜负了臣，不是臣辜负了陛下。” 太宗沉默不语，随后作罢。第二天，太宗对房玄龄说：“自古以来，帝王接纳劝谏确实是一件难事，朕昨天责备了温彦博、王珪，至今还感到后悔。你们不要因为这件事就不敢畅所欲言了。”
太宗说：“为朕养育百姓的人，就是都督、刺史，朕常常把他们的名字写在屏风上，坐着躺着都能看到，他们在任上的善恶事迹，朕都会标注在名字的下面，用来作为罢免或者升迁的依据。县令尤其贴近百姓，不能不慎重选择。” 于是下令朝廷内外五品以上的官员，各自举荐能够胜任县令职位的人，把他们的名字上报朝廷。
太宗说：“近来有奴仆告发主人谋反的事情，这是一种败坏风气的坏事。谋反这种大逆不道的事情，不可能一个人独自完成，必定会和别人一起谋划，哪里用得着担心事情不会败露，又何必让奴仆来告发呢！从今以后，有奴仆告发主人的案件，官府都不要受理，还要把告发的奴仆斩首。”
西突厥统叶护可汗被他的伯父杀死；他的伯父自立为可汗，这就是莫贺咄侯屈利俟毗可汗。西突厥的百姓不服莫贺咄的统治，弩矢毕部推举泥孰莫贺设为可汗，泥孰不肯接受。统叶护可汗的儿子咥力特勒为了躲避莫贺咄的迫害，逃亡到康居国，泥孰派人把他迎接回来，拥立他为可汗，这就是乙毗钵罗肆叶护可汗。肆叶护可汗和莫贺咄可汗互相攻伐，战争连年不断，两人都派遣使者前来唐朝请求和亲。太宗没有答应，说：“你们的国家正处于内乱之中，君臣的名分还没有确定，怎么能谈论和亲的事情呢！” 并且晓谕他们各自守住自己的地盘，不要再互相攻伐。于是西域各国以及之前臣服于西突厥的敕勒各部落，都纷纷反叛。
突厥北部边境的各个部族，大多背叛颉利可汗，归附薛延陀，共同推举薛延陀的俟斤夷男为可汗，夷男不敢接受。太宗正图谋对付颉利可汗，于是派遣游击将军乔师望从小路携带册封文书，任命夷男为真珠毗伽可汗，赐给他战鼓和大旗。夷男十分高兴，派遣使者入朝进贡，在大漠以北的郁督军山下建立牙帐，他的势力范围向东到达靺鞨，向西连接西突厥，向南靠近沙漠，向北抵达俱伦水；回纥、拔野古、阿跌、同罗、仆骨、霫等部落都归附于他。
太宗文武大圣大广孝皇帝上之中贞观三年（己丑，公元 629 年）
春季，正月，戊午日，太宗到太庙祭祀祖先；癸亥日，太宗在东郊举行耕种藉田的典礼。
僧人法雅因为散布妖言惑众被处死。司空裴寂曾经听过法雅的妖言，辛未日，裴寂因此获罪，被罢免官职，遣送回乡。裴寂请求留在京城，太宗数落他说：“论你的功劳，怎么能达到今天的地位！你之所以位居群臣之首，不过是因为太上皇对你的恩泽罢了。武德年间，贿赂之风盛行，朝廷的纲纪法令紊乱不堪，这些都是你的责任，朕只是因为你是先帝的旧臣，不忍心对你依法严惩。你能够回到家乡守护祖坟，已经是很幸运的了！” 裴寂于是回到蒲州。不久之后，裴寂又因为受到狂人信行的牵连获罪，信行说裴寂有天命，会当皇帝，裴寂没有把这件事上报朝廷，按照法律应当判处死刑；最终裴寂被流放到静州。恰逢静州的山羌发动叛乱，有人说叛军劫持裴寂，拥立他为头领。太宗说：“裴寂本来应当被处死，是朕赦免了他的死罪，他肯定不会参与叛乱的。” 不久之后，就听说裴寂率领家仆击败了叛军。太宗感念裴寂辅佐先帝登基的功劳，征召他入朝，裴寂却在途中去世。
二月，戊寅日，朝廷任命房玄龄为左仆射，杜如晦为右仆射，任命尚书右丞魏征为守秘书监，参预朝政。