九月丙戌日，文帝从仁寿宫回到京师。
冬季十月癸丑日，任命工部尚书杨达为纳言。杨达是杨雄的弟弟。
闰十月甲申日，文帝下诏命令杨素、苏威与吏部尚书牛弘等人修订五礼。
文帝命令上仪同三司萧吉为皇后选择葬地，萧吉选到一处吉地，说：占卜得国祚二千年，传世二百代。 文帝说：吉凶由人，不在于地。高纬埋葬他的父亲，难道没有占卜吗！不久之后国家就灭亡了。就像我家的墓田，如果说不吉，我就不应当成为天子；如果说不凶，我的弟弟就不应当战死。 但最终还是听从了萧吉的建议。萧吉退下后，告诉他的族人萧平仲说：皇太子派遣宇文左率向我深表谢意，说： 您先前说我会成为太子，果然应验了，我永远不会忘记。如今占卜山陵，请务必让我早日即位。我即位之后，定当用富贵来报答您。 我对他说： 四年后，太子将君临天下。 如果太子得政，隋朝恐怕要灭亡了！我先前欺骗他说
卜年二千 ，实际是三十 (卅) 字； 卜世二百 ，是取传二世的意思。你要记住这些话！
壬寅日，将文献皇后安葬在太陵。文帝下诏说：杨素办理丧葬事务，勤奋地寻找吉地，考虑到杨素的这片心意，他的行为极为诚孝，怎能与平定戎寇的功业相比！可以另外封他的一个儿子为义康公，食邑万户。 并赏赐他三十顷田地，一万段绢，一万石米，金银珠宝绫罗绸缎数量相当。
蜀王杨秀到达长安，文帝见到他，不和他说话；第二天，派使者严厉责备他。杨秀认罪，太子和诸王都在朝堂上流泪请罪。文帝说：先前秦王 (杨俊) 浪费财物，我以父亲的身份教训了他。如今杨秀危害百姓，应当以君王的身份依法处置他。 于是将杨秀交给执法部门。开府仪同三司庆整劝谏说：庶人杨勇已经被废，秦王已经去世，陛下的儿子不多了，何至于如此！蜀王性格十分耿直，如今受到重责，恐怕难以保全自己。 文帝大怒，想要割掉庆整的舌头，接着对群臣说：应当将杨秀在街市斩首，以向百姓谢罪。 于是命令杨素等人审讯治罪。
太子杨广暗中制作了一个偶人，捆绑其双手，钉住心脏，套上枷锁镣铐，在上面写上文帝和汉王杨谅的姓名，还写道 请西岳慈父圣母神兵收杨坚、杨谅神魂，如此形状，勿令散荡。 然后秘密埋在华山下，杨素
了这件事并上报；又说杨秀妄自陈述图谶，称京师有妖异，伪造蜀地有祥瑞；还制作檄文，说 指日问罪，放在杨秀的文集中，一并上奏。文帝说：天下难道有这样的事情吗！ 十二月癸巳日，将杨秀废为庶人，幽禁在内侍省，不允许他与妻子儿女相见，只派两个獠婢服侍他，受牵连获罪的有一百多人。杨秀上表谢罪说：伏愿陛下仁慈，赐予怜悯，在我残息未尽之时，希望能与爱子瓜子相见；请赐我一穴，让我的骸骨有所归葬。 瓜子是杨秀的爱子。文帝因此下诏列举他的十条罪状，并且说：我现在不知道杨坚、杨谅是你的什么亲人？(讽刺杨秀诅咒自己和兄弟) 后来才允许杨秀与儿子同住。
当初，杨素曾因小过被命令送到御史台，由治书侍御史柳彧处置。杨素倚仗自己的显贵身份，坐在柳彧的座位上。柳彧从外面进来看到后，在台阶下端正笏板、严肃面容说：奉旨治公之罪！ 杨素急忙起身离开座位。柳彧坐在案前，让杨素站在庭中，审问他的罪状。杨素因此怀恨在心。蜀王杨秀曾向柳彧索要李文博所撰的《治道集》，柳彧给了他；杨秀赠送柳彧十个奴婢。等到杨秀获罪，杨素弹劾柳彧作为内臣与诸侯交往，将他除名为民，发配到怀远镇戍守。
文帝派司农卿赵仲卿前往益州彻底查办杨秀的案件，凡是杨秀的宾客经过的地方，赵仲卿必定深文周纳、罗织罪名，州县长吏因此获罪的超过半数。文帝认为他很有能力，赏赐丰厚。
过了很久，贝州长史裴肃派使者上书说：高颎是上天赋予的良才，开国元勋，却被众人嫉妒，以至于被废弃；希望陛下记取他的大功，忘记他的小过。另外，两位庶人 (杨勇、杨秀) 获罪已久，难道没有改过自新之心！希望陛下弘扬君父的慈爱，顾念天性的大义，各封他们一个小国，观察他们的表现：如果能改过向善，就逐渐增加封地；如果不思悔改，再贬削也不迟。如今自新之路永远断绝，他们的愧疚悔改之心无法表现出来，这难道不悲哀吗！ 奏章呈上，文帝对杨素说：裴肃忧虑我的家事，这也是出于至诚之心啊。 于是征召裴肃入朝。太子听说后，对左庶子张衡说：让杨勇自新，想做什么呢？ 张衡说：看裴肃的意思，是想让杨勇像吴太伯、汉东海王那样 (让出王位)。 裴肃到达后，文帝当面告诉他杨勇不可能再被召回的意思，然后让他回去。裴肃是裴侠的儿子。
杨素的弟弟杨约以及堂叔杨文思、杨文纪、族叔杨忌都担任尚书、列卿等要职，他的儿子们没有立下汗马功劳，却都官至柱国、刺史；他们广泛经营资产，从京师到各地都