潮州、成州等五个州的獠人发动叛乱，高州酋长冯盎疾驰赶赴京师，请求率军前去讨伐。文帝下令让杨素和冯盎议论叛军的形势，杨素赞叹说：“没想到蛮夷之中竟有这样的人才！” 当即派遣冯盎征发江南、岭南的军队前去攻打叛军。叛乱平定后，任命冯盎为汉阳太守。
文帝下诏任命杨素为云州道行军元帅，长孙晟为受降使者，辅佐启民可汗向北攻打步迦可汗。
隋文帝杨坚仁寿二年（壬戌，公元 602 年）
春季，三月己亥日，文帝驾临仁寿宫。
突厥思力俟斤等人率军南下渡过黄河，掳掠了启民可汗部落的六千名男女、二十多万头各类牲畜后离去。杨素率领各路大军追击，转战六十多里，大败突厥军，突厥人向北逃走。杨素又继续进军追击，到了夜里，追上了突厥军，担心他们会逃脱，便下令骑兵稍稍落在后面，自己带着两名骑兵和两名归降的突厥人混在突厥军队中一同前行，突厥人没有察觉；等突厥人安营扎寨还没稳定下来时，杨素催促后面的骑兵突然发起袭击，大败突厥军，将掳掠去的人畜全部夺回，交还给启民可汗。从此突厥人远远逃走，沙漠以南再也没有突厥的侵扰掳掠。杨素因功被加封儿子杨玄感为柱国，赏赐儿子杨玄纵淮南公的爵位。
兵部尚书柳述，是柳庆的孙子，娶了兰陵公主为妻，依仗着文帝的宠爱意气用事，就连杨素等人都要对他屈己退让。文帝问符玺直长万年人韦云起：“外面有什么不合适的事情，你可以说出来……” 柳述当时就在文帝身边侍奉，韦云起上奏说：“柳述骄横自大，从未经历过什么大事，兵权机要这类重要职务，不是他能胜任的。他只是因为是主上的女婿，才得以身居要职。臣担心众人会议论陛下‘任官不挑选贤能，专门偏私自己所宠爱的人’，这也是极大的不妥当之处。” 文帝十分赞同他的话，回头对柳述说：“韦云起的话，是医治你的良药，你可以把他当作良师益友。” 秋季，七月丙戌日，文帝下诏让朝廷内外的官员各自举荐所了解的贤才。柳述举荐了韦云起，朝廷任命韦云起为通事舍人。
益州总管蜀王杨秀，容貌奇伟，有胆识气魄，喜好武艺。文帝常常对独孤皇后说：“杨秀必定会不得善终，我在世时应当没什么可忧虑的，等到他的兄弟们掌权，他必定会谋反。” 大将军刘哙讨伐西爨时，文帝下令上开府仪同三司杨武通率军继续进发。杨秀却任命自己的宠臣万智光担任杨武通的行军司马。文帝认为杨秀任用的人不称职，斥责了他，还对群臣说：“败坏我的法度的人，是我的子孙啊。就好比猛虎，别的东西都不能伤害它，反而会被皮毛间的小虫所损害啃食。” 于是分割了杨秀所统辖的权力。
自从长史元岩去世后，杨秀逐渐变得奢侈僭越，他私自制造浑天仪，大量捕捉山獠人充当宦官，车马服饰的规格都模仿皇帝。
当太子杨勇因谗言被废黜，晋王杨广被立为太子时，杨秀心中十分不平。太子杨广担心杨秀最终会成为后患，暗中命令杨素寻找杨秀的罪状来诋毁他。隋文帝于是征召杨秀入朝，杨秀犹豫不决，想要称病不去。总管司马源师劝谏他，杨秀脸色一变说：这是我杨家的家事，与你有什么相干！ 源师流着泪回答说：我源师愧为王府幕僚，怎敢不尽心！圣上有敕令征召大王，已经拖延了很长时间，如今还迟迟不去。百姓不了解大王的心意，倘若产生异议，朝廷内外猜疑惊骇，一旦降下雷霆般的诏书，派出一个使者来问罪，大王如何自证清白？希望大王深思熟虑！ 朝廷担心杨秀会生变，戊子日，任命原州总管独孤楷为益州总管，驾乘驿马火速前往接替杨秀。独孤楷到达后，杨秀仍然不肯出发；独孤楷反复劝导很久，他才上路。独孤楷察觉到杨秀有反悔的神色，因此部署军队做好防备；杨秀走了四十多里，想要返回袭击独孤楷，侦察得知对方已有防备，才打消了这个念头。
八月甲子日，皇后独孤氏去世。太子杨广在文帝和宫人面前表现得极为悲痛，甚至哭得气绝，好像无法承受丧母之痛；但在自己的私室里，他的饮食谈笑却和平常一样。另外，他每天在朝堂上只让人进献二溢米 (约 24 两)，却私下让人从宫外取来肥肉干肉等食物，放在竹筒中，用蜡封口，用包袱裹着偷偷带进宫中。
着作郎王劭上奏说：佛说： 人应当生在天上以及生在无量寿国的时候，天佛会大放光明，用香花伎乐来迎接。 大行皇后的福善祯符，在各种秘记中都有记载，都说她是妙善菩萨。臣谨按：八月二十二日，仁寿宫内再次降下金银花；二十三日，大宝殿后夜里出现神光；二十四日卯时，永安宫北面有自然产生的