当时陈朝的各路军队都在沿江防守，皇宫内兵力空虚。陈叔坚禀报柳皇后，让太子舍人、河内人司马申以太子的名义征召右卫将军萧摩诃入宫接受敕令，萧摩诃率领几百名步骑兵赶赴东府，屯兵在东府西门。陈叔陵十分惶恐，派遣记室韦谅把他的鼓吹仪仗送给萧摩诃，对他说：“若是事情成功，必定任命您为三公宰辅。” 萧摩诃哄骗韦谅回复说：“必须由大王的心腹亲信、得力将领亲自前来，我才敢听从命令。” 陈叔陵于是派遣他的亲信戴温、谭骐?前往萧摩诃处，萧摩诃将二人捉拿送往皇宫，斩下他们的首级，在东府城示众。
陈叔陵自知大势已去，进入府内，将他的妃子张氏和七位宠妾沉入井中，率领几百名步骑兵从小航渡口渡江，想要前往新林，乘船投奔隋朝。走到白杨路时，被皇宫的军队截击。陈伯固看到官军赶到，转身躲进小巷，陈叔陵骑马追上，拔刀砍他，陈伯固只好又回来。陈叔陵的部下大多丢弃铠甲溃散逃走。萧摩诃的亲随陈智深上前刺杀陈叔陵，陈叔陵倒地毙命，陈仲华上前斩下他的首级，陈伯固也被乱兵杀死，这场叛乱从寅时一直持续到巳时才平定。陈叔陵的儿子们都被赐死，陈伯固的儿子们被赦免为平民。韦谅以及前衡阳内史彭暠、咨议参军兼记室郑信、典签俞公喜都被处死。彭暠是陈叔陵的舅舅，郑信、韦谅深受陈叔陵的宠信，常常参与谋划商议。韦谅是韦粲的儿子。
丁巳日，太子陈叔宝登基称帝，实行大赦。
辛酉日，隋朝在并州设置河北道行台，任命晋王杨广为尚书令；在益州设置西南道行台，任命蜀王杨秀为尚书令。隋文帝吸取北周因皇室孤立衰弱而灭亡的教训，因此派两个儿子分别镇守重要地区。因二王年纪尚轻，隋文帝精心挑选忠贞贤良、有才能声望的人担任他们的僚佐；任命灵州刺史王韶为并州行台右仆射，鸿胪卿、赵郡人李雄为兵部尚书，左武卫将军、朔方人李彻总管晋王府的军事，兵部尚书元岩为益州总管府长史。王韶、李雄、元岩都有刚正不阿的名声，李彻是前朝的老将，因此得到任用。
起初，李雄的家族世代以学问传家，唯独李雄学习骑马射箭。他兄长的儿子李旦责备他说：“这不是士大夫的本分家业。” 李雄说：“自古以来的圣贤，文武才能不完备却能成就功业的人很少。我虽然不聪慧，但也读过不少前代的记载，只是不拘泥于文章句读罢了。做到文武双全，兄长为何要责备我呢！” 等到即将前往并州行台赴任时，隋文帝对李雄说：“我的儿子经历的事情还不多，凭你的文武双全之才辅佐他，我就没有北顾之忧了！”
晋王杨广、蜀王杨秀想要做奢侈违法的事情，王韶、元岩就拒不遵从他们的指令，有时还把自己锁起来，有时直接闯进门直言劝谏。二王对他们十分忌惮，凡事都要先征询他们的意见才敢施行，不敢违反法度。隋文帝听说后，对王韶、元岩予以赏赐。
隋文帝又任命秦王杨俊为河南道行台尚书令、洛州刺史，统领关东地区的军队。
癸亥日，陈朝任命长沙王陈叔坚为骠骑将军、开府仪同三司、扬州刺史；任命萧摩诃为车骑将军、南徐州刺史，封为绥远公，始兴王陈叔陵家中累积的金银布帛多达上万，全部赏赐给了萧摩诃。任命司马申为中书通事舍人。
乙丑日，陈后主尊奉柳皇后为皇太后。当时陈后主的脖颈伤口还没痊愈，卧病在承香殿，不能处理朝政。皇太后居住在柏梁殿，百官的各类政务，都由皇太后决断，等陈后主的伤口痊愈后，才把朝政交还给他。
丁卯日，陈后主封皇弟陈叔重为始兴王，让他奉祀昭烈王（陈叔陵的封号，因叔陵谋反被废，改封叔重承袭）。
隋朝元景山率军出兵汉口，派遣上开府仪同三司邓孝儒率领四千士兵攻打甑山。陈朝镇将军陆纶率领水军前去救援，被邓孝儒击败；涢口、甑山、沌阳的守将都弃城逃走。戊辰日，陈朝向隋朝派遣使者请求讲和，归还了此前夺取的胡墅。
己巳日，陈后主册立妃子沈氏为皇后。辛未日，封皇弟陈叔俨为寻阳王，陈叔慎为岳阳王，陈叔达为义阳王，陈叔能为巴山王，陈叔虞为武昌王。隋朝高颎上奏说，按照礼制，不应当讨伐正在办丧事的国家；二月己丑日，隋文帝下诏命令高颎等人率军班师。
三月己巳日，陈朝任命尚书左仆射、晋安王陈伯恭为湘州刺史，永阳王陈伯智为尚书仆射。
夏季四月庚寅日，隋朝大将军韩僧寿在鸡头山击败突厥，上柱国李充在河北山击败突厥。
丙申日，陈后主立皇子永康公陈胤为太子。陈胤是孙姬的儿子，由沈皇后收养为自己的儿子。
五月己未日，高宝宁带领突厥军队进犯隋朝平州，突厥出动五位可汗麾下的四十万精锐骑兵攻入长城。