北魏皇帝任命崔浩监管秘书省事务，让他和高允等人共同编撰《国记》，要求 “务必如实记录”。着作令史闵湛、郗标，生性乖巧谄媚，受到崔浩的宠信。崔浩曾为《易经》《论语》《诗经》《尚书》作注，闵湛、郗标上奏说：“马融、郑玄、王肃、贾逵的注释，都不如崔浩的注释精微，请求收缴国内所有相关书籍，颁布崔浩的注释，让天下人学习。同时请求下令让崔浩为《礼记》作注，让后辈能看到正确的释义。” 崔浩也推荐闵湛、郗标有着述之才。闵湛、郗标又劝说崔浩把编撰的《国记》刻在石碑上，以彰显其如实记录的精神。高允听说后，对着作郎宗钦说：“闵湛、郗标做的这事，哪怕只有一点点差错，恐怕都会成为崔家万世的灾祸，我们这些人也会性命难保啊！” 崔浩最终还是采纳了闵湛、郗标的建议，把石碑刻好立在郊坛东侧，石碑占地百步见方，耗费了三百万工时。崔浩在《国记》中记载北魏先祖的事迹，内容详尽真实，石碑立在路边，往来行人看到后都议论纷纷。北方的鲜卑贵族无不愤怒，一起向北魏皇帝诋毁崔浩，认为他暴露了国家的丑事。皇帝大怒，命令有关部门追查崔浩及秘书省官员的罪状。
起初，辽东公翟黑子受到北魏皇帝的宠信，奉命出使并州时，接受了一千匹布。事情败露后，翟黑子向高允请教：“皇上要是问我，我该如实坦白，还是隐瞒呢？” 高允说：“您是皇上身边的宠臣，有罪就先主动坦白，或许还能被原谅，不能再欺骗皇上了。” 中书侍郎崔览、公孙质却说：“如果坦白，罪名难以预料，不如隐瞒。” 翟黑子埋怨高允说：“你怎么能引诱我走向死路！” 他入宫拜见皇帝时，没有如实回答，皇帝发怒，杀了他。皇帝让高允给太子讲授经书。等到崔浩被逮捕，太子召高允到东宫，留他过夜。第二天一早，太子和高允一起入朝，到宫门口时，太子对高允说：“面见皇上时，我会为你引导；如果皇上问你，你就照着我说的话回答。” 高允问：“是什么事呢？” 太子说：“到时候你就知道了。” 太子见到皇帝，说：“高允为人谨慎真诚，而且地位低微；《国记》的编撰都是崔浩做主，请赦免他的死罪。” 皇帝召高允，问道：“《国记》都是崔浩一个人写的吗？” 高允回答：“《太祖记》是前着作郎邓渊写的；《先帝记》和《今记》，是我和崔浩一起写的。但崔浩负责的事务多，只是总揽编撰事宜而已；至于具体的撰写工作，我做的比崔浩多。” 皇帝愤怒地说：“你的罪过比崔浩还大，怎么能活命！” 太子害怕了，说：“皇上威严深重，高允只是个小臣，惊慌失措才说错话。我之前问过他，他都说《国记》是崔浩写的。” 皇帝问高允：“真像太子说的那样吗？” 高允回答：“我的罪该灭族，不敢说假话。殿下因为我长期给他讲经，怜悯我，想让我活命罢了，他其实没问过我，我也没说过那样的话，不敢胡乱编造。” 皇帝回头对太子说：“真是正直啊！这是常人难以做到的，高允却能做到！临死不改变说辞，是诚信；作为臣子不欺骗君主，是忠贞。应当特别赦免他的罪过，以表彰他的品行。” 于是赦免了高允。
随后皇帝召崔浩上前，当面质问他。崔浩惊慌困惑，回答不上来。高允却把事情一一说明，条理清晰。皇帝命令高允起草诏书，诛杀崔浩及下属宗钦、段承根等人，下至仆人、小吏，共一百二十八人，全部灭五族；高允迟疑着不肯写。皇帝多次派人催促，高允请求再见皇帝一面，然后再写诏书。皇帝让他上前，高允说：“崔浩的罪过，如果还有其他罪状，不是我敢知道的；如果只是因为编撰《国记》触犯皇上，罪不至死。” 皇帝发怒，命令武士把高允抓起来。太子为高允跪拜求情，皇帝的怒气才消解，说：“要是没有这个人，又会有几千人丧命啊。”
六月己亥日，皇帝下诏诛杀清河崔氏中与崔浩同族的人，无论亲疏远近，以及崔浩的姻亲范阳卢氏、太原郭氏、河东柳氏，全部灭族，其余人只处死本人。官府把崔浩关在囚车里，送到城南，几十名卫士往他身上小便，崔浩的惨叫声路人都能听到。宗钦临刑前感叹说：“高允大概是圣人吧！”
后来有一天，太子责备高允说：“人也该知道随机应变。我想救你活命，都已经给你铺垫好了，你却始终不听，还把皇上激怒到这种地步。每次想到这事，都让我心惊胆战。” 高允说：“史官的职责，是记录君主的善恶，为后人提供劝诫，所以君主会有所敬畏，谨慎自己的言行。崔浩辜负皇上的信任，因为私欲埋没了自己的廉洁，因为个人爱憎掩盖了公正，这是崔浩的过错。至于记录朝廷的日常事务，评论国家的得失，这是史官的本职，没有太大的过错。我和崔浩确实一