起初，谢晦和徐羡之、傅亮为保全自己谋划，认为谢晦占据长江上游，檀道济镇守广陵，各自拥有强兵，足以控制朝廷；徐羡之、傅亮在朝中掌权，这样的局面可以长久维持。等到听说檀道济率领军队前来讨伐自己，谢晦惶恐不安，无计可施。
檀道济抵达后，和到彦之的军队会合，率领战舰沿着江岸前进。谢晦起初看到朝廷战舰不多，轻视他们，没有立即出战。到了傍晚，朝廷军队借着风势逆流而上，战舰前后相连，连绵不断；谢晦的军队人心离散，丧失了斗志。戊辰日，朝廷军队抵达，在忌置洲尾部停泊，排列战舰渡过长江，谢晦的军队瞬间全线溃败。谢晦连夜逃出，投奔巴陵，找到一艘小船返回江陵。
在此之前，文帝派雍州刺史刘粹从陆路率领步兵、骑兵袭击江陵，抵达沙桥；周超率领一万多人迎战，大败刘粹，刘粹的士兵死伤超过一半。不久，谢晦战败的消息传到江陵。起初，谢晦因和刘粹关系好，任命刘粹的儿子刘旷之为参军；文帝对此有疑虑，王弘说：“刘粹没有私心，一定不会有问题。” 刘粹接受讨伐谢晦的命令后，毫无顾虑地进军，文帝因此嘉奖他。谢晦也没有杀刘旷之，把他送回刘粹身边。
丙子日，文帝从芜湖东返建康。
谢晦回到江陵，没有其他安排，只对周超感到愧疚道歉而已。当天夜里，周超丢下军队，独自乘船到到彦之那里投降。谢晦的部众几乎逃散殆尽，只好带着弟弟谢遯等七人骑马向北逃跑。谢遯身材肥胖，不能骑马，谢晦每次都要等他，所以走得不快。己卯日，他们抵达安陆延头，被戍守将领光顺之抓获，用囚车押送到建康。
到彦之抵达马头，何承天主动前来归附。到彦之于是代理荆州府事务，任命周超为参军；刘粹把沙桥战败的情况上报，到彦之才逮捕周超。随后朝廷诛杀谢晦、谢皭、谢遯以及他们兄弟的儿子，还有同党孔延秀、周超等人。谢晦的女儿、彭城王妃披散头发、光着脚，和谢晦诀别说：“大丈夫应当战死在战场，怎么能在闹市中被处死，让尸体杂乱丢弃！” 庾登之因没有实际参与叛乱，被免除官职、软禁；何承天和南蛮行参军新兴人王玄谟等人都被赦免。谢晦逃跑时，身边的人都抛弃了他，只有延陵盖追随他不离不弃，文帝任命延陵盖为镇军功曹督护。
谢晦起兵时，招引北魏南蛮校尉王慧龙作为外援。王慧龙率领一万部众攻克思陵戍，进军包围项城。听说谢晦战败后，才撤军返回。
益州刺史张茂度接受诏令袭击江陵；谢晦战败时，张茂度的军队才抵达白帝。朝中议事的人怀疑张茂度有二心，文帝因张茂度的弟弟张邵忠诚有气节，赦免了张茂度，让他返回益州。
三月辛巳日，宋文帝返回建康，征召谢灵运为秘书监，颜延之为中书侍郎，对二人的赏赐和待遇十分优厚。
文帝因僧人慧琳擅长谈论，常和他商议朝廷大事，慧琳于是参与机要事务。他家门前宾客云集，常有几十辆车停靠，各地的馈赠贿赂接连不断，家中常设七八桌宴席，座位上始终坐满客人。慧琳穿着高齿木屐，披着貂皮大衣，还设置了 “通呈”（传达宾客信息的官员）和 “书佐”（文书官员）。会稽人孔觊曾去拜访他，恰逢宾客拥挤，两人只匆匆寒暄几句便分开。孔觊感慨道：“竟然出现了穿黑色僧衣的宰相，真是冠冕和鞋履的位置都颠倒了！”
夏季，五月乙未日，文帝任命檀道济为征南大将军、开府仪同三司、江州刺史，到彦之为南豫州刺史。派遣散骑常侍袁渝等十六人分别巡视各州郡县，考察地方官的政绩，探访百姓的疾苦；又让各郡县分别上奏政务的改进建议。丙午日，文帝亲临延贤堂审理案件，从此每年都会亲自审理三次案件（即 “三讯”，古代司法制度，指对重罪多次审问以明实情）。
左仆射王敬弘，性情淡泊恬静，名声显赫；但对于官府的公文，他从不查看。曾参与旁听审案，文帝问他对疑难案件的看法，王敬弘无法回答。文帝脸色变了，问身边侍从：“为什么不把审讯文书交给仆射？” 王敬弘说：“我就算拿到文书读了，也还是看不懂。” 文帝很不高兴，虽然仍对他保持礼节上的敬重，却不再让他参与政务。
六月文帝任命右卫将军王华为中护军，仍兼任侍