丹杨尹刘惔常常惊奇桓温的才能，但知道他有不臣之心，对会稽王司马昱说：“桓温不能让他占据形胜之地，他的职位名号应该常常加以抑制。”劝司马昱自己镇守上游，任命自己为军司，司马昱不听；又请求自己前去，也不听。
庚辰日，任命徐州刺史桓温为安西将军、持节、都督荆、司、雍、益、梁、宁六州诸军事、兼任护南蛮校尉、荆州刺史，庾爰之果然不敢争。又任命刘惔监沔中诸军事，兼任义成太守，接替庾方之。调庾方之、庾爰之到豫章。
桓温曾乘雪天想打猎，先去看望刘惔，刘惔见他装束非常严整，对他说：“老贼想拿这个干什么？”桓温笑着说：“我不这样，你怎么能坐在这里清谈呢！”
成汉主李势的弟弟大将军李广，因为李势没有儿子，请求当太弟，李势不允许。马当、解思明劝谏说：“陛下兄弟不多，如果再有所废黜，将会更加孤立危险。”坚持请求答应他。李势怀疑他们与李广有阴谋，逮捕马当、解思明杀了他们，诛灭三族。派太保李弈到涪城袭击李广，贬李广为临邛侯，李广自杀。解思明被逮捕时，叹息说：“国家不亡，是因为有我们几个人在，现在危险了！”谈笑自若而死。解思明有智慧谋略，敢于谏诤；马当一向得人心。等到他们死，士兵没有不哀痛的。
冬季，十月，燕王慕容皝派慕容恪攻击高句丽，攻克南苏，设置戍所后返回。
十二月，张骏讨伐焉耆，使之投降。这一年，张骏分出武威等十一郡为凉州，任命世子张重华为刺史；分出兴晋等八郡为河州，任命宁戎校尉张瓘为刺史；分出敦煌等三郡及西域都护等三营为沙州，任命西胡校尉杨宣为刺史。张骏自称大都督、大将军、假凉王，督摄三州，开始设置祭酒、郎中、大夫、舍人、谒者等官职，官员都仿效中原朝廷而稍微改变名称，车马服饰旌旗类似君王。
后赵王石虎任命冠军将军姚弋仲为持节、十郡六夷大都督、冠军大将军。姚弋仲清廉俭朴耿直，不讲究威严仪表，说话无所避讳，石虎很看重他。朝廷的重大决议，常常参与决策，公卿都畏惧而让他三分。武城左尉是石虎宠姬的弟弟，曾进入姚弋仲的营地，侵扰他的部众。姚弋仲抓住他责备说：“你身为禁尉，却胁迫小民，我身为大臣，亲眼所见，不能放纵。”命令左右杀了他。左尉叩头流血，左右坚决劝谏，才作罢。
燕王慕容皝认为古代诸侯即位，各自称元年，于是开始不用晋朝的年号，自称十二年。
后赵王石虎派征东将军邓恒率兵数万屯驻乐安，修造攻城器具，作攻取燕国的打算。燕王慕容皝任命慕容霸为平狄将军，戍守徒河；邓恒畏惧他，不敢侵犯。
晋穆帝永和二年（丙午年，公元346年）
春季，正月，丙寅日，东晋大赦天下。
己卯日，都乡文穆侯何充去世。何充有器量格局，临朝态度严肃，把国家大事作为自己的责任，所选用的人都根据功绩效力，不偏袒亲戚故旧。
当初，夫馀国居住在鹿山，被百济侵扰，部落衰败离散，向西迁徙靠近燕国，但不设防备。燕王慕容皝派世子慕容俊率领慕容军、慕容恪、慕舆根三位将军、一万七千骑兵袭击夫馀。慕容俊居中指挥，军事都委任给慕容恪。于是攻克夫馀，俘虏了它的国王玄以及部落五万多人口返回。慕容皝任命玄为镇军将军，把女儿嫁给他。
二月，癸丑日，东晋任命左光禄大夫蔡谟兼任司徒，与会稽王司马昱共同辅政。
褚裒推荐前光禄大夫顾和、前司徒左长史殷浩；三月，丙子日，任命顾和为尚书令，殷浩为建武将军、扬州刺史。顾和有母亲丧事，坚决推辞不起任，对亲近的人说：“古人有脱掉丧服跟从君主的，是因为他的才能足以担当时务。像我这样的人，正好足以损害孝道、伤风败俗而已。”有识之士赞美他。殷浩也坚决推辞。会稽王司马昱给殷浩写信说：“正当国运厄困，危难凋敝到了极点，足下见识深沉广博，足以经世济民。如果再深怀谦退，苟且顺从本心，我担心天下大事就此去了。足下的出仕与否，就是时局的兴废，关系国家与个人没有不同，足下应该深思。”殷浩这才就职。
夏季，四月，己酉朔日，出现日食。
五月，丙戌日，西平忠成公张骏去世。属官奉世子张重华为使持节、大都督、太尉、护羌校尉、凉州牧、西平公、假凉王；赦免境内罪犯；尊奉嫡母严氏为大王太后，生母马氏为王太后。
后赵中黄门严生厌恶尚书朱轨，恰逢久雨不停，严生诬陷朱轨不修整道路，又诽谤朝政，后赵王石虎囚禁了朱轨。蒲洪劝谏说：“陛下已经有了襄国、邺宫，又修建长安、洛阳宫殿，准备用来做什么？制作猎车千乘，圈占数千里来养禽兽，抢夺百姓妻女十多万口来充实后宫，圣帝明王的作为，原本是这样的吗？现在又因为道路不修，想杀