中山王刘焉就国： 明帝因中山王刘焉是郭太后的小儿子，太后特别怜爱他，所以一直留他在京城洛阳。到这时，才与其他亲王一起前往封国。明帝赏赐给他虎贲卫士、官骑侍卫，恩宠特厚，只准他一人可以往来京城。明帝对阴太后、郭太后的家族同等礼待，每事必定平等，常给予丰厚赏赐。
十一月，甲申日： 明帝前往长安巡视。派使者用猪、牛、羊三牲祭祀萧何、霍光。明帝经过他们的墓地时，在车上手扶横木行礼（式礼）。接着前往河东郡。
癸卯日： 返回洛阳皇宫。
窦林案与窦氏失势：
十二月： 护羌校尉窦林因欺骗朝廷及贪赃罪，被捕入狱处死。
窦林是窦融堂兄的儿子。当时的窦氏家族，有一个公（窦融）、两个侯（窦友子窦固为显亲侯，窦融弟窦友为显亲侯，此指窦友子窦固及窦融子窦穆？）、三个公主（窦融女嫁大司空王邑，窦穆子窦勋尚东海恭王女沘阳公主，窦固子窦彪尚光武帝女涅阳公主）、四个二千石（窦融为卫尉，窦友城门校尉，窦穆护羌校尉，窦林护羌校尉），同时并存。从祖父到孙子，官府邸第遍布京城洛阳，在皇亲国戚和功臣中无人能比。
等到窦林被杀，明帝多次下诏严厉责备窦融。窦融惶恐不安，请求退休，明帝下诏让他回家养病。
本年： 开始在五郊（东、南、西、北、中）举行迎节气之礼。
阴丰杀妻案： 新阳侯阴就（阴丽华弟）的儿子阴丰娶郦邑公主为妻。公主骄横嫉妒，阴丰将她杀死，因此被处死。阴丰的父母阴就夫妇自杀。
南单于更替： 南单于汗去世，单于比的儿子适（di）继位，为?僮尸逐侯鞮单于。
汉明帝永平三年（庚申年，公元60年）
春季，二月，甲寅日： 太尉赵熹、司徒李讠斤被免职。
丙辰日： 任命左冯翊郭丹为司徒。
己未日： 任命南阳太守虞延为太尉。
册立马皇后与太子：
甲子日： 立贵人马氏（马援之女）为皇后，皇子刘炟为太子。
马皇后是马援的女儿。光武帝时被选入太子宫。她能侍奉阴皇后（阴丽华），和同辈友好相处，礼仪周到，上下和睦，因此特别受到宠幸。明帝即位后，封为贵人。当时马皇后前母姐姐的女儿贾氏也被选入太子宫，生下皇子刘炟。明帝因马皇后没有儿子，命她抚养刘炟，对她说：“人不一定要自己生儿子，只怕爱心不够、抚养不周。”马皇后于是尽心抚育，操劳辛苦胜过亲生母亲。太子刘炟天性孝顺淳厚，母子慈爱，始终没有丝毫隔阂。
马皇后常因明帝子嗣不多，推荐引荐左右嫔妃，唯恐做得不够。后宫嫔妃有进见的，每每和颜悦色接待；如果她们多次被明帝召幸，马皇后总是给予优厚的待遇。等到有关部门奏请选立皇后，明帝还未开口，皇太后（阴丽华）就说：“马贵人在后宫品德最佳，就选她吧。”马皇后登上后位之后，更加谦恭谨慎，爱好读书。常穿粗丝衣服，裙子不加边饰。每月初一、十五嫔妃公主入宫朝见，远远看见皇后衣着粗糙，以为是特制的绮罗绸缎，走近一看，才笑起来。皇后说：“这种绸料特别适宜染色，所以用它罢了。”群臣奏报难以裁决的事项，明帝多次用来试探皇后的才识，皇后就分析其中道理，都合情合理。但她从不以私事干预朝政。明帝因此对她既宠爱又敬重，始终不衰。
云台二十八将： 明帝思念中兴功臣，就在南宫云台画上二十八位将领的肖像。以邓禹为首，其次是马成、吴汉、王梁、贾复、陈俊、耿弇、杜茂、寇恂、傅俊、岑彭、坚镡、冯异、王霸、朱祜、任光、祭遵、李忠、景丹、万修、盖延、邳肜、铫期、刘植、耿纯、臧宫、马武、刘隆，共二十八人。又加上王常、李通、窦融、卓茂，合计三十二人。因为马援是皇后之父，唯独没有他。
夏季，四月，辛酉日： 封皇子刘建为千乘王，刘羡为广平王。
六月，丁卯日： 有彗星出现在天船星座北面。
钟离意谏修宫室与明帝性格：
明帝大修北宫。当时天旱，尚书仆射、会稽人钟离意来到宫门，脱去官帽，上书说：“从前商汤遇到旱灾，用六件事责问自己：‘