何斌站在郑成功身侧，不断根据记忆中岸上微弱的火光、礁石的阴影，低声向舵手发出指令：“左舵半……回正……注意右舷暗沙……稳住……”
郑成功手按剑柄，屹立船头，任凭冰冷的海水与细雨打在脸上。他身后，是数百艘战舰、运输船组成的庞大船队，如同一条沉默的巨蟒，缓缓挤入这狭窄的生死通道。每一次船体与暗流的摩擦，每一次似乎要触底的震动，都让所有人的心提到嗓子眼。
“看！北线尾！”有人低呼。远处荷兰人修建的小堡垒轮廓在晨曦微光中显现，但似乎毫无动静。荷兰人果然认为这道天险万无一失。
东方，海天相接处，泛起了一丝鱼肚白。潮水涨到了最高点。
“加速！全队加速！冲出河道，就是禾寮港！”郑成功厉声下令。
仿佛挣脱了最后的束缚，明郑舰队猛然加速，如同决堤的洪水，冲出了鹿耳门水道！眼前豁然开朗，平静的台江内海（大员湾）展现在眼前，而对岸的赤嵌城（普罗民遮城）在晨雾中若隐若现，毫无戒备。
“登陆！抢占滩头！”郑成功的命令如同霹雳。
第一批满载士兵的舢板、快船，如同离弦之箭，冲向不远处的禾寮港海滩。士兵们吼叫着跳下齐腰深的海水，涉水冲锋。几乎没有遇到任何像样的抵抗，只有零星的荷兰守军和雇佣兵在睡梦中被惊醒，仓皇逃窜。
五月初一上午，明郑大军两万余人，成功在台湾本岛登陆。
当赤嵌城守将猫难实叮被惊慌失措的士兵叫醒，登上城头，看到海面上密密麻麻的帆影和海滩上如潮水般涌来、正在建立营寨的明军时，他几乎不敢相信自己的眼睛。
“上帝……他们是从哪里来的？！”猫难实叮面色惨白。
五月初一，下午，热兰遮城。
总督揆一同样收到了晴天霹雳般的消息。“中国人！成千上万的中国人！他们在北线尾登陆了！” 信使的声音充满恐惧。
揆一冲到总督府的了望台，举起望远镜。当看到台江内海上那庞大的舰队，以及赤嵌城方向隐约传来的喧嚣时，他感到一阵眩晕。鹿耳门？他们怎么可能通过鹿耳门？这一定是魔鬼的帮助！
但他毕竟是东印度公司任命的最高长官，强自镇定下来。“命令阿尔多普上尉，立即率领所有能动用的士兵——两百人，不，三百人！增援赤嵌城！一定要把中国人赶下海！命令‘赫克托’号、‘斯·格拉弗兰’号立即出港，用炮火摧毁他们的船只！”
揆一的应对不能算错，但他严重低估了明军的战斗力和决心，也高估了自己手下那些由荷兰士兵、雇佣兵、奴隶组成的杂牌军的士气。
阿尔多普上尉率领的援军，在北线尾遭遇了郑军前锋陈泽部的迎头痛击。郑军虽然火器不如荷军精良，但人数占优，且悍不畏死，利用地形层层阻击。更致命的是，明郑水师的小型战船利用台江内海相对狭窄的水域，以多打少，用火攻、接舷战围攻荷军战舰。激烈的炮战中，荷军旗舰、装备重炮的“赫克托”号，被数艘郑军火船死死缠住，最终被引爆了火药舱。
“轰隆——！！！”
震天动地的巨响，即便在热兰遮城也清晰可闻。冲天的火光和浓烟从“赫克托”号上升起，这艘巨舰缓缓倾覆、沉没。这场面，彻底摧毁了荷军的抵抗意志。“斯·格拉弗兰”号等舰见势不妙，仓皇撤向外海。
陆上，阿尔多普上尉身负重伤，残部溃退回热兰遮城。赤嵌城，彻底成了孤城。
五月初四，赤嵌城（普罗民遮城）下。
郑成功没有急于强攻这座棱堡式的坚固城堡。他采纳参军陈永华（陈近南）的建议，采取“围三阙一”之策，在赤嵌城周围挖掘壕沟，修筑工事，彻底切断其与热兰遮城的联系以及水源。同时，派兵四出，安抚当地汉人移民和原住民村社，宣布“大明王师，吊民伐罪，只诛红毛，不伤百姓”，开仓放粮，纪律严明。深受荷兰人压迫的汉人百姓纷纷箪食壶浆，不少原住民部落也派出向导，甚至提供协助。
赤嵌城内，缺水缺粮，士气低落。猫难实叮在坚守数日后，眼见援军无望，在郑成功承诺保证其生命安全和个人财产后，于五月初九开城投降。
郑成功信守承诺，厚待降俘，将其送往热兰遮城。此举既展示了“仁义之师”的风范，也沉重打击了热兰遮守军的士气。
接下来的几个月，是漫长而艰苦的围城。
热兰遮城远比赤嵌城高大坚固，储备也相对充足。揆一拒绝了郑成功数次劝降，指望巴达维亚的援军。郑成功也不急躁，在热兰遮城外修筑了数十座炮台和营寨，将其围得水泄不通，并派水师巡逻外海。双方进行了小规模的炮战和袭扰。
期间，巴达维亚的援军（由雅科布·考乌率领）终于到来，但在七月的第二次台江海战中，再次被严阵以待的明郑水师击败，损失数舰后狼狈逃窜。热兰遮城最后的希望破灭。
围城持续到年底。城内疾病蔓延（