岭南地区还没有归附隋朝，几个郡共同推举高凉郡太夫人冼氏当首领，称她为“圣母”，冼氏保卫境内，抵抗隋军。隋文帝下诏派柱国韦洸等人安抚岭南，陈朝豫章太守徐璒占据南康抵抗，韦洸等人无法前进。晋王杨广派陈叔宝给冼夫人写信，告诉她陈朝已经灭亡，让她归附隋朝。冼夫人召集几千名部落首领，哭了一整天，派她的孙子冯魂率领部众迎接韦洸。韦洸进军斩杀徐璒，进入岭南，抵达广州，劝说岭南各州归附，全部平定；韦洸上表推荐冯魂为仪同三司，隋文帝册封冼夫人为宋康郡夫人。韦洸是韦敻的儿子。
衡州司马任镶劝说都督王勇占据岭南，寻找陈氏皇族子孙，立为皇帝；王勇没有采纳，率领部下投降隋朝，任镶弃官离去。任镶是任忠弟弟的儿子。
至此，陈国全境平定。隋朝共得到三十个州、一百个郡、四百个县。隋文帝下诏，将建康的城邑、宫殿全部拆毁开垦为农田，另在石头城设置蒋州。
晋王杨广率军班师，留下王韶镇守石头城，把后续事务托付给他。三月初六（己巳），陈叔宝和他的王公大臣、各级官员从建康出发，前往长安。队伍中无论贵贱，沿途连绵五百里不断。隋文帝下令暂时腾出长安士民的住宅接待他们，内外修整一新，还派人迎接慰问；陈朝人到了长安，如同回到家乡一样安稳。夏季四月十八日（辛亥），隋文帝亲临骊山，亲自慰劳凯旋的军队。四月十二日（乙巳，此处时间或为史料记载顺序调整），各路大军凯旋入城，到太庙举行献俘仪式。陈叔宝和诸王侯将相，以及陈朝的车马服饰、天文图籍等，按次序排列，由铁甲骑兵包围着，跟随晋王杨广、秦王杨俊入宫，在太庙庭院中列阵。隋文帝任命杨广为太尉，赏赐他辂车、战马、衮冕礼服、玄圭、白璧。四月十三日（丙午），隋文帝坐在广阳门观礼，召陈叔宝到面前，连同陈朝太子、诸王共二十八人，以及司空司马消难以下至尚书郎等官员共二百多人。隋文帝先让纳言宣读诏书慰问他们；接着让内史令宣读诏书，责备他们君臣不能互相辅佐，最终导致国家灭亡。陈叔宝和他的大臣们都羞愧恐惧地趴在地上，屏住呼吸无法回应，随后隋文帝赦免了他们。
当初，隋文帝的父亲武元帝（杨忠）迎接司马消难（北齐降将）时，曾和他结为兄弟，感情非常深厚，隋文帝也一直以叔父之礼对待司马消难。等到平定陈国，司马消难被俘到长安，隋文帝特意免他一死，罚他做乐户（乐工），二十天后又赦免了他，还因旧日恩情召见他；不久司马消难在家中去世。
四月十七日（庚戌），隋文帝在广阳门设宴款待将士，从广阳门外到南城门外，道路两侧堆积着布帛，连绵不绝。隋文帝按功劳大小赏赐将士，总共用了三百多万段布帛。他还下令，陈国旧境百姓免除十年赋税徭役，其他各州免除当年租赋。
乐安公元谐上前说：“陛下威望德行远播天下，臣之前请求让突厥可汗当候正（负责侦察的官员），让陈叔宝当令史（低级文书官），现在可以采纳臣的建议了。”隋文帝说：“我平定陈国，本是为了铲除叛逆，不是想炫耀夸张。你这个提议，完全不符合我的心意。突厥人不熟悉中原山川，怎么能担任侦察任务；陈叔宝昏庸嗜酒，又怎么能胜任差遣！”元谐默默退下。
四月二十八日（辛酉），隋文帝晋升杨素爵位为越公，任命他的儿子杨玄感为仪同三司，杨玄奖为清河郡公；赏赐杨素一万段布帛、一万石粮食。隋文帝让贺若弼登上自己的御座，赏赐他八千段布帛，加授上柱国职位，晋升爵位为宋公。还分别额外赏赐两人金银珠宝，以及陈叔宝的妹妹作为妾室。
贺若弼和韩擒虎在隋文帝面前争夺功劳。贺若弼说：“臣在蒋山拼死作战，打败陈朝精锐部队，活捉他们的勇猛将领，彰显朝廷威武，最终平定陈国；韩擒虎几乎没有和敌军交战，怎么能和臣相比！”韩擒虎说：“臣原本奉陛下明确旨意，让臣和贺若弼同时合兵攻取陈朝都城，贺若弼却敢提前进军，遇到敌军就交战，导致将士死伤很多。