杨广因为贺若弼提前决战，违背了军令，把他抓起来交给司法官员处置。隋文帝派人骑驿马召贺若弼，还下诏对杨广说：“平定江南，是贺若弼和韩擒虎的功劳。”赏赐贺若弼一万段丝织品；又分别给贺若弼和韩擒虎下诏，表扬他们的功绩。
开府仪同三司王颁是王僧辩的儿子。夜里，他挖开陈高祖（陈霸先）的陵墓，焚烧尸骨取骨灰，兑水喝了下去。随后他把自己绑起来，到晋王杨广那里请罪。杨广把这事上报隋文帝，隋文帝下令赦免了他。隋文帝还下诏，陈高祖、陈世祖（陈蒨）、陈高宗（陈顼）的陵墓，总共安排五户人家负责看守。
隋文帝派人把陈朝灭亡的消息告诉许善心（陈朝旧臣），许善心穿着丧服，在宫殿西阶下号啕大哭，坐在草席上向东（陈朝故地方向）守了三天。隋文帝下敕书慰问他。第二天，隋文帝又下诏召许善心到馆舍，任命他为通直散骑常侍，赏赐一套衣服。许善心哭到极尽哀伤，进房换上官服，再出来面向北方站立，流着泪拜了两拜接受诏书。第三天他去上朝，趴在殿下哭泣，悲痛得站不起来。隋文帝对身边的人说：“我平定陈国，只得到这一个忠臣。他能怀念旧君，就是我忠诚的大臣啊。”下令让许善心以原官职在门下省任职。
陈朝水军都督周罗睺和郢州刺史荀法尚驻守江夏，秦王杨俊率领三十位总管、十多万水陆大军驻扎在汉口，无法前进，双方对峙了一个多月。陈朝荆州刺史陈慧纪派南康内史吕忠肃驻守岐亭，占据巫峡，在长江北岸的岩石上凿孔，系上三条铁锁链，横截上游江面来阻拦隋军战船。吕忠肃还拿出自己的全部家产充当军费。杨素、刘仁恩率军猛攻，打了四十多场仗，吕忠肃凭借险要地势奋力抵抗，隋军战死五千多人，陈军士兵割下隋军死者的鼻子来邀功请赏。后来隋军多次获胜，抓获陈军士兵后，三次都把他们释放了。吕忠肃放弃营栅逃走，杨素慢慢拆除了铁锁链；吕忠肃又占据荆门的延洲，杨素派一千名巴地士兵，乘坐四艘五牙战船（大型战船），用拍竿（战船上的大型攻击器械）砸坏陈军十多艘战船，最终大败陈军，俘虏两千多名士兵，吕忠肃只自己逃了出去。陈朝信州刺史顾觉驻守安蜀城，弃城逃走。陈慧纪驻守公安，把储备的物资全部烧毁，率军东下，从此巴陵以东再没有坚守的城池。陈慧纪率领三万将士、一千多艘楼船，沿长江东下，想进京救援建康，却被秦王杨俊阻拦，无法前进。当时，陈朝晋熙王陈叔文刚卸任湘州刺史，返回建康途中到了巴州，陈慧纪推举陈叔文当盟主。但陈叔文已经率领巴州刺史毕宝等人写信向杨俊请降，杨俊派人迎接慰问他们。恰逢建康平定，晋王杨广让陈叔宝亲手写信招降上游各将领，派樊毅到周罗睺那里，派陈慧纪的儿子陈正业到陈慧纪那里传达旨意。当时各城守军都已放下武器，周罗睺就和将领们大规模哭吊了三天，遣散士兵，然后到杨俊那里投降，陈慧纪也投降了，上游地区全部平定。杨素率军向下抵达汉口，和杨俊会合。王世积在蕲口，听说陈朝已经灭亡，写信招降江南各郡，于是江州司马黄偲弃城逃走，豫章等郡的太守都到王世积那里投降。
正月二十九日（癸巳），隋文帝下诏派使者巡视安抚陈朝原来的州郡。二月初一（乙未），撤销淮南行台省（杨广之前的办公机构）。苏威上奏请求每五百家设置一个乡正，让乡正管理百姓、处理诉讼。李德林认为：“当初废除乡官判案，就是因为乡官和同乡人亲近熟悉，判断案件不公正。现在让乡正专门管理五百家，恐怕危害更大。况且偏远的小县，有的住户不到五百家，难道要让两个县共管一个乡吗！”隋文帝不听。二月初二（丙申），隋文帝颁布制度：“五百家为一乡，设置乡正一人；一百家为一里，设置里长一人。”
陈朝吴州刺史萧瓛很得民心，陈朝灭亡后，吴地百姓推举萧瓛当首领。右卫大将军、武川人宇文述率领行军总管元契、张默言等人讨伐他。落丛公燕荣率领水军从东海赶来。陈朝永新侯陈君范从晋陵投奔萧瓛，两人合兵抵抗宇文述。宇文述的军队快到的时候，萧瓛在晋陵城东修筑营栅，留下士兵抵抗宇文述，派部将王褒驻守吴州，自己从义兴进入太湖，想偷袭宇文述的后方。宇文述进军攻破营栅，回兵攻击萧瓛，大败萧瓛；又派兵从其他道路袭击吴州，王褒穿着道士服弃城逃走。萧瓛率领残余士兵退守包山，燕荣攻破包山。萧瓛带着几个亲信藏在百姓家里，被人抓住。宇文述进军到奉公埭，陈朝东扬州刺史萧岩献出会稽投降，萧岩和萧瓛都被押送到长安，斩首示众。
杨素攻下荆门时，派部将庞晖率军攻占土地，向南打到湘州。湘州城里的将士，没有谁有坚守的决心。湘州刺史、岳阳王陈叔慎当时