当时陈朝各路军队都沿长江防守，皇宫内兵力空虚。陈叔坚禀报柳皇后，让太子舍人（河内人）司马申以太子的名义，征召右卫将军萧摩诃入宫，接受命令。萧摩诃率领几百名步兵和骑兵赶赴东府，驻扎在东府西门。陈叔陵十分恐慌，派记室韦谅把自己的鼓吹乐队（象征军权）送给萧摩诃，对萧摩诃说：“事情成功后，一定任命你为三公。”萧摩诃骗韦谅回复说：“必须让始兴王的心腹将领亲自来，我才敢听从命令。”陈叔陵派亲信戴温、谭骐驎去见萧摩诃，萧摩诃把两人抓起来，送到皇宫，砍下他们的头颅，在东府城示众。
陈叔陵知道自己大势已去，回到府内，把妃子张氏和七个宠妾投入井中淹死，然后率领几百名步兵、骑兵从便桥渡过秦淮河，想逃往新林，再乘船投奔隋朝。走到白杨路时，被朝廷军队拦截。陈伯固看到官兵来了，转身躲进小巷，陈叔陵骑马追上去，拔刀呵斥，陈伯固才又回来。陈叔陵的部下大多丢弃铠甲溃散逃跑。萧摩诃的侍卫陈智深冲上去刺杀陈叔陵，陈叔陵倒地，陈仲华上前砍下他的头颅；陈伯固被乱兵杀死。这场叛乱从寅时持续到巳时才平定。陈叔陵的儿子们全被赐死，陈伯固的儿子们被赦免为平民。韦谅以及前衡阳内史彭暠、咨议参军兼记室郑信、典签俞公喜都被处死。彭暠是陈叔陵的舅舅，郑信、韦谅深受陈叔陵宠信，经常参与他的密谋；韦谅是韦粲的儿子。
丁巳日，太子陈叔宝即位，宣布大赦天下。
辛酉日，隋朝在并州设置河北道行台，任命晋王杨广为尚书令；在益州设置西南道行台，任命蜀王杨秀为尚书令。隋文帝吸取北周因皇室孤立弱小而灭亡的教训，特意让两个儿子分别镇守一方。因二王年轻，隋文帝精心挑选正直贤良、有声望的人担任他们的僚属：任命灵州刺史王韶为并州道行台右仆射，鸿胪卿（赵郡人）李雄为兵部尚书，左武卫将军（朔方人）李彻总管晋王府军事；任命兵部尚书元岩为益州总管府长史。王韶、李雄、元岩都以刚正不阿闻名，李彻是前朝经验丰富的老将，所以隋文帝重用他们。
起初，李雄家世代以儒学为业，唯独李雄学习骑马射箭。他哥哥的儿子李旦劝他说：“这不是士大夫的本分。”李雄说：“自古以来，圣贤中不兼具文武才能却能成就功业的人很少。我虽然不聪慧，但也读过前代史事，只是不拘泥于书本条文罢了。既能文又能武，兄长有什么可指责的呢！”等到李雄即将前往并州任职，隋文帝对他说：“我儿子经历的事情不多，有你这样文武双全的人辅佐，我就没有北方的忧虑了！”
晋王杨广、蜀王杨秀想做奢侈违法的事，王韶、元岩就拒绝执行他们的命令，有时甚至自锁请罪，或直接闯进门恳切劝谏。二王非常忌惮他们，凡事都要先咨询后再做，不敢违背法度。隋文帝听说后，对王韶、元岩加以赏赐。
隋文帝又任命秦王杨俊为河南道行台尚书令、洛州刺史，统领关东的军队。
癸亥日，陈朝任命长沙王陈叔坚为骠骑将军、开府仪同三司、扬州刺史；任命萧摩诃为车骑将军、南徐州刺史，封绥远公，将陈叔陵家中积累的数万金银丝帛全部赏赐给他；任命司马申为中书通事舍人。
乙丑日，陈后主尊奉柳皇后为皇太后。当时陈后主因被砍伤，躺在承香殿，无法处理朝政。皇太后居住在柏梁殿，所有官员和政务都由她裁决，直到陈后主伤口痊愈，才把政权交还给他。
丁卯日，陈后主封弟弟陈叔重为始兴王，供奉昭烈王（陈道谭，陈叔陵、陈叔宝的父亲）的祭祀。
隋朝的元景山从汉口出兵，派上开府仪同三司邓孝儒率领四千士兵攻打甑山。陈朝镇将军陆纶率领水军救援，被邓孝儒打败；涢口、甑山、沌阳的守将都弃城逃跑。戊辰日，陈朝派使者向隋朝求和，并归还之前夺取的胡墅。
己巳日，陈后主立妃子沈氏为皇后。辛未日，封弟弟陈叔俨为寻阳王，陈叔慎为岳阳王，陈叔达为义阳王，陈叔能为巴山王，陈叔虞为武昌王。隋朝的高颎上奏，认为按照礼仪不应讨伐有国丧的国家；二月己丑日，隋文帝下诏让高颎等人撤兵。
三月己巳日，陈朝任命尚书左仆射晋安王陈伯恭为湘州刺史，永阳王陈伯智为尚书仆射。
夏季四月庚寅日，隋朝大将军韩僧寿在鸡头山打败突厥，上柱国李实在河北山打败突厥。
丙申日，陈后主立皇子永康公陈胤为太子。陈胤是孙姬的儿子，由沈皇后抚养为自己的儿子。
五月己未日，高宝宁带领突厥入侵隋朝平州，突厥出动五位可汗的全部兵力，共四十万骑兵攻入长城。
壬戌日，隋朝任穆公于翼去世。
甲子日，隋朝将传国玺改名为“受命玺”。
六月甲申日，隋朝派使者到陈朝吊唁（陈宣帝去世）。
乙酉日，隋朝上柱国李光在马邑打败突厥。突厥又入侵兰州，凉州总管贺娄子干在可洛峐打败突厥。