九月二十九日，贞阳侯萧渊明退位，搬出皇宫住进王府；文武百官向晋安王萧方智上奏表，劝他登基。冬季，十月初二，晋安王萧方智即位称帝，大赦天下，改年号（为绍泰），朝廷内外文武官员各升一级爵位。任命贞阳侯萧渊明为司徒，封建安公。派人告诉北齐：“王僧辩暗中图谋篡位叛逆，所以杀了他。”同时请求继续向北齐称臣，永远做北齐的藩属国。北齐派行台司马恭和梁朝人在历阳结盟。
十月初四，北齐皇帝前往晋阳。
十月初五，加授陈霸先为尚书令、都督中外诸军事、车骑将军，兼任扬、南徐二州刺史。十月初六，任命宜丰侯萧循为太保，建安公萧渊明为太傅，曲江侯萧勃为太尉，王琳为车骑将军、开府仪同三司。
十月十一日，尊奉皇帝（萧方智）的生母夏贵妃为皇太后，册立妃子王氏为皇后。
杜龛仗着王僧辩的势力，一向对陈霸先无礼。他在吴兴时，常常用律法惩治陈霸先的宗族，陈霸先对他深怀怨恨。等到陈霸先谋划对付王僧辩时，暗中派侄子陈茜返回长城县，修筑营寨防备杜龛。王僧辩死后，杜龛占据吴兴抵抗陈霸先，义兴太守韦载献出郡城响应杜龛。吴郡太守王僧智，是王僧辩的弟弟，也据城坚守。陈茜回到长城县，召集的士兵只有几百人，杜龛派部将杜泰率领五千精兵突然赶到，陈茜的将士吓得脸色发白。陈茜却谈笑自如，部署军队更加严明，军心才安定下来。杜泰日夜猛攻几十天，没能攻克，只好撤退。陈霸先派周文育进攻义兴，义兴所属各县的士兵，大多是陈霸先的旧部，擅长用弩箭。韦载抓来几十名这样的士兵，用长锁链拴住，让亲信监督他们，命令他们射周文育的军队，并且规定：“十箭射不中两箭的就处死。”因此每射一箭就打死一个人，周文育的军队渐渐后退。韦载趁机在城外靠水边修筑营寨，双方对峙几十天。杜龛派堂弟杜北叟领兵迎战，杜北叟战败，逃回义兴。陈霸先听说周文育作战不利，十月二十四日，亲自上表请求东征，留下高州刺史侯安都、石州刺史杜棱守卫皇宫及朝廷机构。十月二十七日，陈霸先的军队抵达义兴，十月二十九日，攻占了韦载的水寨。
谯、秦二州刺史徐嗣徽的堂弟徐嗣先，是王僧辩的外甥。王僧辩死后，徐嗣先逃到徐嗣徽那里，徐嗣徽献出谯、秦二州投降北齐。等到陈霸先东征义兴，徐嗣徽暗中勾结南豫州刺史任约，率领五千精兵趁虚袭击建康，当天就攻占了石头城，巡逻的骑兵甚至到了皇宫门前。侯安都关闭城门、收起旗帜，故意示弱，并且下令城中：“敢登上城墙窥探贼军的，斩首！”到了傍晚，徐嗣徽等人收兵返回石头城。侯安都连夜做好战斗准备，天快亮时，徐嗣徽等人又来攻城，侯安都率领三百名披甲士兵打开东、西掖门出战，把徐嗣徽的军队打得大败，徐嗣徽等人逃回石头城，再也不敢逼近皇宫。
陈霸先派韦载的族弟韦翙带着书信劝降韦载，十月三十日，韦载和杜北叟都投降了。陈霸先厚待他们，任命韦翙监管义兴郡，把韦载留在身边，和他商议军国大事。陈霸先率军轻装返回建康，派周文育讨伐杜龛，救援长城县。将军黄他在吴郡攻打王僧智，没能攻克，陈霸先派宁远将军裴忌协助他。裴忌挑选部下精锐士兵，轻装快速前进，从钱塘径直赶赴吴郡，夜里抵达城下，击鼓呐喊逼近城池。王僧智以为大军来了，乘船逃往吴兴。裴忌进入吴郡并占据它，陈霸先随即任命裴忌为吴郡太守。
十一月初一，北齐派兵五千渡过长江占据姑孰，接应徐嗣徽、任约。陈霸先派合州刺史徐度在冶城修筑营寨。十一月初二，北齐又派安州刺史翟子崇、楚州刺史刘士荣、淮州刺史柳达摩率领一万人马，在胡墅运过三万石米、一千匹战马，送入石头城。陈霸先向韦载询问对策，韦载说：“北齐军队如果分兵先占据通往三吴的要道，攻占东部地区，那局势就无法挽回了。现在可以赶紧在淮南依靠侯景当年的营垒修筑城池，打通向东的运输通道，再分兵切断他们的粮道，让他们前进没有物资补给，这样用不了十天就能擒获北齐将领。”陈霸先采纳了他的建议。十一月初五，派侯安都连夜袭击胡墅，烧毁北齐一千多艘战船；仁威将军周铁虎截断北齐的运输线，活捉了北齐的北徐州刺史张领州；接着派韦载在大