秋天七月，北魏国主拓跋嗣在牛川大规模打猎，到了殷繁水才返回。戊戌日，回到平城。
八月丙午日，东晋大赦天下。
宁州向太尉刘裕进献琥珀枕。刘裕因为琥珀可以治疗刀伤，得到后非常高兴，命令把琥珀捣碎分给北征的将士。
刘裕任命世子刘义符为中军将军，监管太尉留府事务。刘穆之为左仆射，兼任监军、中军二府的军司，住进东府，总管朝廷内外事务。任命太尉左司马东海人徐羡之为刘穆之的副手，左将军朱龄石守卫宫殿台省，徐州刺史刘怀慎守卫京城，扬州别驾从事史张裕负责留州事务。刘怀慎是刘怀敬的弟弟。
刘穆之在内总管朝政，在外供应军队物资，决断事务迅速流畅，没有拖延积压的事情。宾客聚集，各种请求诉讼层出不穷，朝廷内外的咨询禀报，挤满了台阶屋子；他用眼查看诉讼文书，用手批阅书信，用耳听取汇报，用口应答对话，同时进行而不互相干扰，全都处理得恰当周全。他还喜欢宾客，言谈说笑，整天都不疲倦。稍有空闲，就亲手写字，查阅典籍校定书籍。他生性奢侈豪放，吃饭时一定摆满一丈见方的桌子，早上总是准备十个人的饭食，从不独自用餐。他曾经对刘裕说：“我家本来贫贱，生活物资常常匮乏。自从承蒙您的恩宠以来，虽然常常想着节约，但早晚的需要，还是稍微过于丰盛了些。除此之外，我没有一丝一毫辜负您的地方。”中军咨议参军张邵对刘裕说：“人生脆弱，一定要长远考虑。如果刘穆之意外遭遇不幸，谁能代替他呢？您的大业到了这种地步，倘若有不测，该怎么安排呢？”刘裕说：“这自然就委托给刘穆之和你了。”
丁巳日，刘裕从建康出发，派龙骧将军王镇恶、冠军将军檀道济率领步兵从淮水、淝水向许昌、洛阳进军，新野太守朱超石、宁朔将军胡藩奔赴阳城，振武将军沈田子、建威将军傅弘之奔赴武关，建武将军沈林子、彭城内史刘遵考率领水军从石门出发，经汴水进入黄河，任命冀州刺史王仲德统领前锋各军，开辟巨野泽进入黄河。刘遵考是刘裕的同族弟弟。刘穆之对王镇恶说：“主公现在把讨伐后秦的重任交给你，你要努力啊！”王镇恶说：“我不攻克关中，发誓不再渡江回来！”
刘裕出发后，青州刺史檀祗从广陵擅自率领部众到涂中袭击讨伐亡命之徒。刘穆之担心檀祗发动叛乱，商议着要派兵防备。当时檀韶担任江州刺史，张邵说：“现在檀韶占据长江中游，檀道济是军队的首领，如果表现出怀疑他们的迹象，那么太尉府就会陷入危险，不如先派人去慰问犒劳，观察他们的意图，一定不会有祸患的。”刘穆之这才作罢。
起初，北魏国主拓跋嗣派公孙表讨伐白亚栗斯，叮嘱他：“一定要先和后秦洛阳守将互通消息，让他们防备黄河南岸，然后再出兵进攻。”公孙表还没到，胡人就废黜了白亚栗斯，改立刘虎为率善王。公孙表认为胡人内部离心离德，势必会溃败，于是没告知后秦将领就发起进攻，结果被刘虎打得大败，士兵死伤惨重。
拓跋嗣和大臣们商议：“胡人叛乱已过一年，征讨却没能取胜，他们人数众多，祸患越来越深。现在是深秋，不能再出兵，以免妨碍百姓农事，该怎么办呢？”白马侯崔宏说：“胡人的数量虽多，但没有得力将领统领，终究成不了大气候。公孙表等人的军队，兵力不算不足，只是军纪不严，处置失当，才导致失败。派一位素有威望的大将带几百骑兵去统领公孙表的军队，没有打不赢的。相州刺史叔孙建以前在并州时，让胡人、魏人都畏惧服从，其他将领都比不上他，可以派他去。”拓跋嗣听从了这个建议，任命叔孙建为中领军，统领公孙表等人讨伐刘虎。九月戊午日，把刘虎打得大败，斩杀一万多人，刘虎和司马顺宰都战死了，俘虏了十多万人。
太尉刘裕到了彭城，加授兼任徐州刺史；任命太原人王玄谟为从事史。
当初，王弎战败后，僧人昙永藏匿了他的小儿子王华，让王华提着衣裳行李跟着自己，渡口巡逻的人起了疑心。昙永呵斥王华说：“奴才怎么不快走！”打了他几十下，王华才得以幸免。后来遇到大赦，王华回到吴地。因为父亲生死不明，他穿粗布衣服，吃素食，断绝交游，不出来做官，这样过了十多年。刘裕听说王华有贤才，想任用他，就公布了王弎的死讯，让王华穿丧服。服丧期满后，征召他为徐州主簿。
王镇恶、檀道济进入后秦境内，所到之处都打了胜仗。后秦将领王苟生献出漆丘向王镇恶投降，徐州刺史姚掌献出项城向檀道济投降，其他据点的守军都望风归附。只有新蔡太守董遵拒不投降，檀道济攻下城池，抓住董遵，杀了他。接着攻克许昌，俘获后秦颍川太守姚垣和大将杨业。沈林子从汴水进入黄河，襄邑人董神虎聚集一千多人前来投降。太尉刘裕任命他为参军。沈林子和董神虎一起攻打仓垣，攻了下来，后秦兖州刺史韦华投降。董神虎擅自返回襄邑，沈林子杀了他。
后秦东平公姚绍对后秦主姚泓说：“晋军已经过了许昌，安定孤立遥远，难以救援，应该迁徙那里的镇户，充实京畿地区，可以得到十万精