王仲德的水军进入黄河，将要逼近滑台。北魏兖州刺史尉建胆小懦弱，率领部众弃城而逃，向北渡过黄河。王仲德进入滑台，宣告说：“晋朝本来想用七万匹布帛向魏国借道，没想到魏国守将却弃城突然逃走了。”北魏国主拓跋嗣听说后，派叔孙建、公孙表从河内赶到枋头，趁机领兵渡过黄河，在城下斩杀尉建，把尸体投入黄河。又招呼王仲德的士兵，质问他们侵犯的情况。王仲德派司马竺和之回答说：“刘太尉派王征虏从黄河进入洛阳，清扫先帝陵墓，不敢对魏国侵犯。魏国守将自己放弃滑台离去，王征虏借空城来休整军队，很快就会向西进军，对晋、魏两国的友好关系没有损害，何必大张旗鼓来炫耀武力呢！”拓跋嗣派叔孙建质问太尉刘裕，刘裕用谦逊的言辞道歉说：“洛阳是晋朝的旧都，却被羌人占据；晋朝想修复陵墓已经很久了。那些羌人宗族，司马休之、司马国璠兄弟，鲁宗之父子，都是晋朝的祸害，而羌人收留他们，成为晋朝的隐患。现在晋朝将要讨伐他们，想向魏国借道，不敢做不利的事。”北魏河内镇将于栗磾有勇猛的名声，在黄河边修筑营垒防备侵袭。刘裕写信给他，题名为“黑槊公麾下”。于栗磾喜欢使用黑槊来标榜自己，所以刘裕这样称呼他。北魏于是任命于栗磾为黑槊将军。
冬季十月壬戌日，北魏国主拓跋嗣前往豺山宫。
当初，燕国将领库傉官斌投降北魏，不久又叛逃回燕国。北魏国主拓跋嗣派骁骑将军延普渡过濡水攻打库傉官斌，杀了他；接着攻打燕国幽州刺史傉官昌、征北将军库傉官提，把他们都杀了。
后秦的阳城、荥阳两城都投降了晋军，晋军进军到成皋。后秦征南将军陈留公姚洸镇守洛阳，派使者向长安求救。后秦主姚泓派越骑校尉阎生率领三千骑兵救援，武卫将军姚益男率领一万步兵协助守卫洛阳，又派并州牧姚懿向南驻扎在陕津，作为声援。宁朔将军赵玄对姚洸说：“现在晋军入侵越来越深入，人心惶惶，我们寡不敌众，如果出战不能取胜，那么大势就去了。应该集中各据点的兵力，坚守金墉城，等待西边的救兵。金墉城攻不下来，晋军一定不敢越过我们向西进军，这样我们就能不战而坐收其弊。”司马姚禹暗中和檀道济勾结，主簿阎恢、杨虔都是姚禹的同党，一起嫉妒赵玄，对姚洸说：“殿下凭借英明勇武的谋略，肩负一方重任；现在环城固守，向敌人示弱，难道不怕被朝廷责怪吗！”姚洸认为说得对，就派赵玄率领一千多士兵向南驻守柏谷坞，广武将军石无讳向东驻守巩城。赵玄哭着对姚洸说：“我受三代皇帝的大恩，坚守的志向只有一死而已。只是明公不听忠臣的话，被奸人误导，以后一定会后悔的。”不久，成皋、虎牢都投降了晋军，檀道济等人长驱直入，石无讳到了石关，逃了回来。龙骧司马荥阳人毛德祖和赵玄在柏谷交战，赵玄兵败，身受十多处伤，趴在地上大喊。赵玄的司马蹇鉴冒着刀刃抱住赵玄哭泣，赵玄说：“我的伤太重了，你应该赶快离开！”蹇鉴说：“将军不能活命，我离开又能去哪里呢！”两人一起战死。姚禹翻越城墙投奔檀道济，甲子日，檀道济进逼洛阳。丙寅日，姚洸出城投降。檀道济俘获后秦兵四千多人，有人提议把他们全部活埋，筑成京观。檀道济说：“讨伐有罪，安抚百姓，就在今天！”把他们都释放遣送了。于是夷人、汉人都感动喜悦，前来归附的人很多。阎生、姚益男还没到，听说洛阳已经失守，就不敢前进了。
己丑日，朝廷下诏派兼司空高密王司马恢之前往修缮拜谒五座先帝陵墓，设置守卫。太尉刘裕任命冠军将军毛修之为河南、河内二郡太守，兼管司州事务，驻守洛阳。
西秦王乞伏炽磐派秦州刺史王松寿镇守马头，来进逼后秦的上邽。
十一月甲戌日，北魏国主拓跋嗣回到平城。
太尉刘裕派左长史王弘返回建康，暗示朝廷给他加授九锡。当时刘穆之掌管留守事务，而旨意却从北方传来，刘穆之因此又惭愧又害怕，生了病。王弘是王珣的儿子。十二月壬申日，朝廷下诏任命刘裕为相国、总百揆、扬州牧，封十郡为宋公，备齐九锡之礼，地位在诸侯王之上，