朝廷听说刘毅战败，人心惶惶。当时北伐的军队刚回来，将士大多受伤生病，建康的战士不到数千人。卢循攻克两个重镇后，有十多万战士，舟车连绵百里，楼船高达十二丈，败逃回来的人争相诉说他的强盛。孟昶、诸葛长民想侍奉皇帝过江，刘裕不同意。当初，何无忌、刘毅南征时，孟昶预料他们一定会失败，后来果然如此。到这时，他又认为刘裕一定不能抵抗卢循，大家很相信他的话。只有龙骧将军东海人虞丘进在朝廷上驳斥孟昶等人，认为不是这样。中兵参军王仲德对刘裕说：“明公是当世的辅佐大臣，刚立大功，威震天下，妖贼乘虚入侵，听说您凯旋归来，自然会溃散。如果先自行逃跑，就会和普通人一样，普通人发号施令，怎么能威慑众人！如果这个计谋得逞，我请求从此告辞。”刘裕非常高兴。孟昶坚持请求不止，刘裕说：“现在重镇在外沦陷，强寇逼近内地，人心惶恐，没有坚定的意志；如果一旦迁都，就会土崩瓦解，江北又怎么能到达！就算能到达，也不过是拖延时间罢了。现在士兵虽然少，足够一战。如果能成功，君臣就会共享福运；如果厄运必定到来，我会战死在宗庙门前，实现向来以身报国的志向，不能逃窜到草野之间苟且偷生。我的主意已定，你别再说了！”孟昶怨恨自己的意见不被采纳，又认为一定会失败，于是请求去死。刘裕发怒说：“你暂且再打一仗，死又有什么晚的！”孟昶知道刘裕最终不会采用他的意见，就上奏表自己陈述说：“臣刘裕北伐，众人都不同意，只有臣赞成他的计划，导致强贼趁机入侵，国家危急，这是臣的罪过。谨此引咎向天下谢罪！”封好奏表后，服毒而死。
五月十四日，卢循率军抵达淮口，朝廷内外进入戒严状态。琅邪王司马德文都督宫城诸军事，屯驻在中堂皇；刘裕屯驻在石头城，各位将领也分别带兵驻守各处。刘裕的儿子刘义隆才四岁，刘裕派咨议参军刘粹辅佐他，镇守京口。刘粹是刘毅的同族弟弟。
刘裕看到百姓在岸边眺望贼兵，觉得奇怪，就问参军张劭原因。张劭说：“如果您没有回来，百姓们忙着逃跑都来不及，哪里还能在这里观望呢？现在他们应该是不再害怕了。贼兵如果从新亭直接进军，那锋芒确实挡不住，我们应该暂且回避，到时候胜负就难说了；但如果他们回船停靠西岸，那就成了瓮中之鳖。”
徐道覆请求从新亭到白石一带烧毁船只登陆，分几路攻打刘裕。卢循却想求稳，对徐道覆说：“大军还没到，孟昶就吓得自杀了；从大势来看，用不了几天他们自己就会溃败。现在要在一天之内决胜负，靠冒险求利，这不是稳赢的办法，而且还会伤亡士兵，不如按兵不动等着他们败亡。”徐道覆觉得卢循多疑又优柔寡断，叹息道：“我终究会被卢公耽误，事情肯定成不了；要是我能跟着真正的英雄干，平定天下都不在话下。”
刘裕登上石头城眺望卢循的军队，起初见他们往新亭方向移动，不禁回头对身边的人面露惧色；后来看到他们回船停泊在蔡洲，才松了口气。这时，各路军队也陆续集结过来。刘裕担心卢循发动突袭，采用了虞丘进的计策，砍伐树木在石头城和淮口设置栅栏，整修越城，又修筑了查浦、药园、廷尉三个营垒，都派兵把守。
刘毅历经蛮族和汉族地区，好不容易才逃了回来，跟随他的人又饿又累，死了十之七八。五月十五日，他到达建康，等候治罪。刘裕安慰勉励他，让他主持朝廷内外的留守事务。刘毅请求降职，皇上下诏把他降为后将军。
北魏长孙嵩率军到漠北后返回，柔然人在牛川追上并包围了他。五月二十一日，北魏主拓跋嗣向北进军攻打柔然。柔然可汗社仑听说后，逃走了，结果死在路上；他的儿子度拔还年幼，部众就拥立社仑的弟弟斛律，号称蔼苦盖可汗。拓跋嗣带兵回到参合陂。
卢循在南岸埋伏兵力，派老弱士兵乘船往白石方向去，声称要全军从白石登陆。刘裕留下参军沈林子、徐赤特戍守南岸，阻断查浦，告诫他们坚守不要出战；自己则和刘毅、诸葛长民向北出兵迎敌。沈林子说：“妖贼这话，未必是真的，应该严加防备。”刘裕说：“石头城地势险要，而且淮河栅栏很坚固，有你在后面，足够守住了。”沈林子是沈穆夫的儿子。
五月二十九日，卢循烧毁查浦，进军到张侯桥。徐赤特准备出击，沈林子说：“贼兵声称去白石，却多次来挑战，他们的意图很明显。我们兵力少，敌不过他们，不如坚守险要等待大军回来。”徐赤特不听，出兵交战。卢循的伏兵突然杀出，徐赤特大败，独自驾着一条船逃到淮北。沈林子和将军刘钟据守栅栏奋力作战，朱龄石赶来救援，贼兵才撤退。卢循率领精兵大规模登陆，到达丹阳郡。刘裕率领各路军队火速赶回石头城，斩杀了徐赤特，让士兵卸下铠甲休整。过了很久，才出兵在南塘列阵。
六月，朝廷任命刘裕为太尉、中书监，加授黄钺；刘裕接受了黄钺，其余职位坚决推辞。任命车骑中军司马庾悦为江州刺史。庾悦是