安成忠肃公何无忌从寻阳率军抵抗卢循。长史邓潜之劝谏说：“国家的安危，就在这一战。听说卢循的兵舰声势浩大，又处于上游，应该决开南塘，坚守两座城池等待他们，他们一定不敢丢下我们远攻下游。我们积蓄力量，养精蓄锐，等他们疲惫衰老，然后再进攻，这是万全之策。现在要在一战中决定成败，万一失利，后悔就来不及了！”参军殷阐说：“卢循率领的都是三吴的旧贼，身经百战还有勇力，始兴的溪子，矫健善斗，不能轻视。将军应该留驻豫章，向所属城池征兵，等兵力到齐了再交战，还不晚。如果用这些兵力轻率进军，恐怕一定会后悔。”何无忌不听。三月二十日，与徐道覆在豫章相遇，贼兵命令数百名强弩手登上西岸的小山拦击他们。恰逢西风猛烈，把何无忌乘坐的小舰吹向东岸，贼兵乘风向用大舰逼近，士兵于是溃散。何无忌厉声说：“拿我的苏武节来！”节送到后，他手持节督战。贼兵云集，何无忌言辞神色毫无屈服，握着节死去。于是朝廷内外震惊恐惧，大臣们商议想侍奉皇帝向北逃跑去投靠刘裕；不久知道贼兵还没到，才作罢。
西秦王乞伏乾归攻打后秦的金城郡，攻了下来。
夏王赫连勃勃派尚书金纂攻打平凉。后秦王姚兴救援平凉，进攻金纂，杀了他。赫连勃勃又派侄子左将军罗提攻下定阳，活埋了四千多名将士。后秦将领曹炽、曹云、王肆佛等人各自率领数千人逃到内地，姚兴把他们安置在湟山和陈仓。赫连勃勃侵犯陇右，攻破白崖堡，于是直奔清水，略阳太守姚寿都弃城逃跑，赫连勃勃把那里的一万六千户百姓迁到大城。姚兴从安定追击，到了寿渠川，没追上就返回了。
当初，南凉王秃发傉檀派左将军枯木等人讨伐沮渠蒙逊，掠夺了临松一千多户后返回。沮渠蒙逊讨伐南凉，到了显美，迁走数千户后离去。南凉太尉俱延又讨伐沮渠蒙逊，大败而回。这个月，秃发傉檀亲自率领五万骑兵讨伐沮渠蒙逊，在穷泉交战，秃发傉檀大败，单人匹马逃回。沮渠蒙逊乘胜进军包围姑臧，姑臧人鉴于王钟被杀的教训，都惊慌溃散，一万多户夷人、汉人投降了沮渠蒙逊。秃发傉檀害怕，派司隶校尉敬归和儿子秃发佗作为人质到沮渠蒙逊那里请求讲和，沮渠蒙逊答应了。敬归到了胡坑，逃了回来，秃发佗被追兵抓住，沮渠蒙逊迁走他的部众八千多户后离去。右卫将军折掘奇镇占据石驴山叛乱。秃发傉檀害怕沮渠蒙逊的逼迫，又担心岭南被折掘奇镇占据，于是迁都到乐都，留下大司农成公绪镇守姑臧。秃发傉檀刚出城，魏安人侯谌等人就关闭城门作乱，聚集三千多家，占据南城，推举焦朗为大都督、龙骧大将军，侯谌自称凉州刺史，向沮渠蒙逊投降。
刘裕到了下邳，用船运载物资，亲自率领精锐部队步行返回。到了山阳，听说何无忌战败而死，担心京城失守，收起铠甲日夜兼程，和数十人到了淮河岸边，向行人询问朝廷的消息，行人说：“贼兵还没到，刘公如果回来，就没什么可担心的了。”刘裕非常高兴。将要渡江时，风很大，大家都觉得难行。刘裕说：“如果天命帮助国家，风自然会停；如果不是这样，淹死了又有什么害处！”立即命令登船，船刚移动风就停了。过江后，到了京口，大家才安定下来。夏四月初二，刘裕到达建康。因为江州失陷，上奏表请求交回印绶，诏书不允许。
青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜各自率军进入建康保卫。刘藩是兖州刺史刘毅的堂弟。刘毅听说卢循侵犯，将要抵抗，却生病了；病好后，准备出发。刘裕写信给刘毅说：“我过去熟悉攻打妖贼，了解他们的变化。贼兵刚获得胜利，锋芒不可轻视。现在修船即将完毕，我会和弟弟一起出兵。平定贼兵后，上游的重任，都交给你。”又派刘藩前去劝止他。刘毅发怒，对刘藩说：“以前不过是因为一时的功劳推让罢了，你就以为我真的比不上刘裕吗！”把信扔在地上，率领二万水军从姑孰出发。
卢循刚开始入侵时，派徐道覆攻向寻阳，自己率军攻打湘中各郡。荆州刺史刘道规派军队迎战，在长沙战败。卢循进军到巴陵，将要攻向江陵。徐道覆听说刘毅将要到来，派使者火速报告卢循说：“刘毅的兵力很强大，成败的关键，就在这一战，应该合力打败他。如果这一战胜利，江陵就不值得担心了。”卢循当天从巴陵出发，和徐道覆合兵东下。五月初七，刘毅和卢循在桑落洲交战，刘毅的军队大败，他弃船，率领数百人步行逃跑，其余的士兵都被卢循俘虏，丢弃的物资堆积如山。
当初，卢循到了寻阳，听说刘裕已经返回，还不相信；打败刘毅后，才得到确切消息，和他的党羽相视失色。卢循想退回寻阳，攻取江陵，占据这两个州来对抗朝廷。徐道覆认为应该乘胜直接进军，坚决争辩。卢循犹豫了几天，才听从了他的意见。
五月初八，宣布大赦。刘裕招募人当兵，赏赐和京口响应义举时一样。征发百姓修建石头城。商议的人认为应该分兵把守各渡口要地，刘裕说：“贼众我寡，如果分兵驻守，就会让敌人摸清我们的虚实；而且一处失利，就会动摇三军的士气。现在把