司马国璠和他的弟弟司马叔璠、司马叔道投奔后秦。后秦王姚兴说：“刘裕正在诛杀桓玄，辅佐晋室，你们为什么要来投奔我？”他们回答说：“刘裕削弱王室，我们宗族中只要有自己立身行事的人，就会被他除掉。他将来会成为国家的祸患，比桓玄还厉害。”姚兴任命司马国璠为扬州刺史，司马叔道为交州刺史。
卢循在各县抢掠却没什么收获，对徐道覆说：“军队已经疲惫了，不如回寻阳，合力攻取荆州，占据天下的三分之二，再慢慢和建康争夺天下。”秋七月初十，卢循从蔡洲向南返回寻阳，留下他的党羽范崇民率领五千人据守南陵。七月十四日，刘裕派辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史兰陵人蒯恩、中军咨议参军孟怀玉等人率领军队追击卢循。
七月十五日，北魏主拓跋嗣回到平城。
西秦王乞伏乾归讨伐越质屈机等十多个部落，降服了二万五千部众，把他们迁到苑川。八月，乞伏乾归又把都城迁回苑川。
沮渠蒙逊讨伐西凉，在马庙打败了西凉世子李歆，活捉了他的将领朱元虎后返回。西凉公李暠用二千斤白银、二千两黄金赎回朱元虎；沮渠蒙逊把朱元虎放回，于是和李暠结盟后返回。
刘裕回到东府，大力整顿水军，派建威将军会稽人孙处、振武将军沈田子率领三千人从海路袭击番禺。沈田子是沈林子的哥哥。大家都认为“海路艰难遥远，肯定很难到达，而且分散现有的兵力，不是眼前急需做的事”。刘裕不听，命令孙处说：“大军在十二月初一定能打败妖贼，到时候你要先捣毁他们的老巢，让他们逃跑都没地方去。”
谯纵派侍中谯良等人到后秦去朝见，请求派兵讨伐东晋。谯纵任命桓谦为荆州刺史，谯道福为梁州刺史，率领二万人侵犯荆州；后秦王姚兴派前将军苟林率领骑兵和他们会合。
江陵自从卢循东下后，就得不到建康的消息，盗贼四起。荆州刺史刘道规派司马王镇之率领天门太守檀道济、广武将军彭城人到彦之进军救援建康。檀道济是檀祗的弟弟。
王镇之到了寻阳，被苟林打败。卢循听说后，任命苟林为南蛮校尉，分给他一些兵力，让他乘胜讨伐江陵，还声称徐道覆已经攻克建康。桓谦在路上招募旧部和同情自己的人，有二万百姓投奔他。桓谦屯驻在枝江，苟林屯驻在江津，两股贼寇相互逼近，江陵的士人百姓很多都有了二心。刘道规于是召集将士们告诉他们说：“桓谦现在就在附近，听说有些德高望重的人有了离开的想法，我从东边带来的文武官员足够应付事情，如果有人想走，我绝不禁止。”接着在夜里打开城门，到天亮都没关闭。众人都既敬畏又佩服他，没有一个人离开。
雍州刺史鲁宗之率领几千人从襄阳赶到江陵。有人说鲁宗之的心意难测，刘道规却单人匹马去迎接他，鲁宗之很感动，也很喜悦。刘道规让鲁宗之留守江陵，把他当作心腹，自己率领各路军队攻打桓谦。将领们都说：“现在远距离出兵讨伐桓谦，能不能取胜很难说。苟林就在附近的江津，窥伺我们的动静，如果他来攻城，鲁宗之未必能守住；万一有什么闪失，大事就完了。”刘道规说：“苟林愚蠢懦弱，没什么奇计，他知道我离城不远，一定不敢攻城。我现在去攻打桓谦，到了就能攻克；在他犹豫不决的时候，我已经回来了。桓谦失败了，苟林就会吓破胆，哪里还敢来！而且鲁宗之独自守城，怎么会撑不了几天呢！”于是火速进军攻打桓谦，水路陆路同时推进。桓谦等人大规模部署水军，加上步兵骑兵，在枝江交战。檀道济率先冲锋，攻破敌阵，桓谦等人大败。桓谦独自乘船投奔苟林，刘道规追击并斩杀了他。返回途中，到了涌口，讨伐苟林，苟林逃走，刘道规派咨议参军临淮人刘遵率领军队追击。起初，桓谦到枝江时，江陵的士人百姓都给桓谦写信，告诉他城内的虚实，想做内应；到这时，这些信被搜了出来，刘道规却把它们全部烧掉，看都不看，众人于是都安定下来。
江州刺史庾悦任命鄱阳太守虞丘进为先锋，多次击败卢循的军队，进军占据豫章，切断了卢循的粮道。九月，刘遵在巴陵斩杀了苟林。
桓石绥趁着卢循入侵，在洛口起兵，自称荆州刺史；征阳令王天恩自称梁州刺史，袭击并占据了西城。梁州刺史傅韶派他的儿子魏兴太守傅弘之讨伐桓石绥等人，把他们都斩杀了，桓氏家族就此灭绝。傅韶是傅畅的孙子。
西秦王乞伏乾归攻打后秦的略阳、南安、陇西等郡，全都攻克了，把二万五千户百姓迁到苑川和枹罕。
九月十七日，北魏把拓跋珪安葬在盛乐金陵，谥号宣武，庙号烈祖。
刘毅坚决请求追击讨伐卢循，长史王诞秘密对刘裕说：“刘毅已经战败，不适合再让他立功。”刘裕听从了他的意见。冬季十月，刘裕率领兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等人南下攻打卢循，让刘毅监管太尉留府，后方事务都委托给他。十月二十七，刘裕从建康出发。
徐道覆率领三万部众直奔江陵，突然到达破冢。当时鲁宗之已经返回襄阳，来不及追回，人心大为