记室江统、陈留蔡克、颍川枣嵩等人上书说：“陆机谋略不足导致战败，杀了他也就罢了。但要说他谋反，大家都知道不是这么回事。应该先彻查陆机谋反的证据，如果真有实据，再杀陆云等人也不迟。”江统等人不停地恳求，司马颖犹豫了三天。蔡克去见司马颖，在他面前叩头，额头都流血了，说：“陆云被孟玖刁难，远近的人都知道。现在要是真杀了他，我实在为您感到惋惜！”跟着蔡克进去求情的僚属有几十人，大家都流着眼泪苦苦相求，司马颖也有些不忍心，脸上露出想赦免陆云的神色。这时孟玖把司马颖拉进内室，催促他赶紧杀掉陆云、陆耽，还下令灭了陆机三族。狱吏对孙拯严刑拷打几百次，把他的两个脚踝都打得露出骨头，孙拯始终坚持说陆机是冤枉的。狱吏知道孙拯是个忠义之人，就对他说：“二陆被冤枉，谁不知道啊！您就不能为自己的性命考虑考虑吗？”孙拯仰天长叹说：“陆机兄弟，都是世间少有的奇才，我承蒙他们赏识关爱，现在既然不能救他们的命，怎么忍心再去诬陷他们呢！”孟玖等人见孙拯不肯屈服，就叫狱吏伪造了孙拯的认罪书。司马颖杀了陆机之后，心里常常后悔，等看到这份伪造的认罪书，大喜过望，对孟玖等人说：“要不是你们忠心，怎么能查清这个大奸贼！”于是又下令灭了孙拯三族。孙拯的学生费慈、宰意两人跑到监狱，想证明孙拯的清白，孙拯劝他们说：“我坚守道义，不能辜负二陆，死是我命中注定的；你们何必这样呢！”费慈、宰意说：“您既然不辜负二陆，我们又怎么能辜负您呢！”两人坚持为孙拯喊冤，孟玖又把他们也杀了。
太安二年，太尉司马乂带着皇帝攻打张方。张方的士兵远远看到皇帝的车驾，吓得掉头就跑，张方军队大败，死伤五千多人。败退后，张方的手下都慌了，想趁夜逃跑。张方却很镇定：“胜败是常事，会用兵的人能反败为胜。咱们现在反而往前扎营，打他们个措手不及！”当晚，他就悄悄率军逼近洛阳，在离城七里的地方筑起好几层营垒，还从外面运粮，把后勤安排得明明白白。
司马乂打赢后，根本没把张方放在眼里。等听说张方营垒建好，十一月带兵去攻打，结果吃了败仗。朝廷里有人觉得司马乂和司马颖是兄弟，说不定能靠谈判和解，就派中书令王衍去劝司马颖，提议像当年周公召公那样“分陕而治”。司马颖根本不买账。司马乂又写信跟他摆事实讲道理，司马颖直接回：“杀了皇甫商等人，我就退兵！”司马乂当然不同意。司马颖一怒之下进逼京城，张方更是决开千金堨，城里的水碓全干了。没办法，朝廷只能征发王公贵族的奴婢舂米，让三品以下没去打仗的男子，只要满十三岁都得服劳役，连家奴都被拉去当兵。洛阳城里公私财物耗尽，一石米涨到一万钱，皇帝的诏书出了洛阳城就没人听了。
骠骑主簿祖逖给司马乂出主意：“刘沈这个人又忠诚又果断，雍州的兵力足够对付河间王司马颙。您让皇帝下诏书，让刘沈偷袭司马颙，他一着急，肯定会把张方叫回去救自己！”司马乂觉得这招妙，马上照做。刘沈接到诏书后四处发檄文，周边好几个郡都起兵响应，很快集结了一万多人杀向长安。司马乂还派皇甫商偷偷带着皇帝诏书，让游楷等人撤兵，命令皇甫重讨伐司马颙。可惜皇甫商走到新平，碰上了恨他的外甥，被外甥告密，司马颙派人抓住他杀了。
十二月，议郎周玘和长沙王矩在江东起兵，讨伐石冰。他们推举前吴兴太守顾秘当总指挥，发檄文号召各州郡，把石冰任命的官员全杀了。会稽的贺循、广陵的华谭，还有丹扬的葛洪、甘卓都起兵响应。石冰派羌毒带几万兵抵抗，被周玘斩杀，石冰只能逃到寿春。征东将军刘准吓得手足无措，这时广陵度支陈敏站出来：“这些人造反都是被逼的，就是一群乌合之众，我带军保证能打败他们！”刘准给陈敏增派兵力，让他出战。
同一时间，李雄猛攻罗尚。罗尚军队没粮