这年秋天九月，曹操亲自带兵东征袁术。袁术听说曹操来了，吓得扔下军队就跑，只留下桥蕤等将领在蕲阳抵抗。曹操轻松打败桥蕤，把这些将领全部斩杀。袁术一路逃到淮河以南，当时正赶上大旱，庄稼绝收，士兵和百姓又冷又饿。从此，袁术的势力一落千丈。
曹操征召陈国的何夔做自己的属官，问他怎么看袁术。何夔说：“老天爷帮的是顺应天道的人，老百姓帮的是讲信用的人。袁术既不讲信用，又违背天道，还想得到老天和百姓的帮助，怎么可能呢？”曹操笑着说：“治国要是失去贤才肯定会灭亡，你不肯为袁术效力，他灭亡也是活该！”曹操治军严厉，属官要是犯错，经常会被杖责。何夔为了不受辱，身上总带着毒药，宁可自杀也不愿挨打，所以一直没被曹操责罚过。
沛国的许褚力大无穷，他召集了几千名年轻人和宗族乡亲，修筑防御工事，抵御外敌。淮河、汝水、陈国、梁国一带的人都怕他。曹操攻打淮河、汝水地区时，许褚带着众人投靠。曹操大喜：“这就是我的樊哙啊！”当天就封许褚为都尉，让他做自己的贴身侍卫，许褚带来的侠客们也都成了曹操的精锐虎士。
原太尉杨彪和袁术是姻亲，曹操一直看他不顺眼，就诬陷他图谋废立皇帝，把他关进大牢，还定了个“大逆不道”的罪名。将作大匠孔融听说后，连朝服都没换，就跑去见曹操：“杨公四代人都清正廉洁，深受天下人敬重。《周书》里说，父子兄弟犯罪都不互相牵连，怎么能因为袁术的事怪罪杨公呢？”曹操推脱：“这是朝廷的意思。”孔融反驳：“要是周成王杀了召公，周公能说自己不知道吗？”曹操派许县县令满宠审理杨彪的案子，孔融和尚书令荀彧都叮嘱满宠：“问问口供就行了，别用刑！”满宠却像没听见一样，照旧严刑拷打。几天后，满宠求见曹操：“杨彪受了刑，但始终没招供。他在天下人心中声望很高，如果罪名不成立就治他的罪，肯定会失去民心，希望您慎重考虑！”曹操这才当天就赦免了杨彪。一开始，荀彧和孔融听说满宠对杨彪用刑，都很生气；等杨彪因为满宠的坚持被释放，反而对满宠刮目相看。杨彪眼看汉朝衰落，大权都在曹操手里，就谎称腿脚痉挛，十多年不出门，这才躲过了杀身之祸。
马日磾去世后，灵柩运回京城，朝廷讨论是否要厚葬他。孔融反对：“马日磾身为上公，奉命出使，却讨好奸臣，被坏人牵着鼻子走。作为朝廷大臣，怎么能拿‘被胁迫’当借口？皇上念他是老臣，不忍心追究，已经很宽容了，绝不能再给他加礼。”朝廷采纳了孔融的建议。金尚的灵柩运到京城后，皇帝下诏让百官吊唁，还封他的儿子金玮为郎中。
韩暹、杨奉在下邳待不下去，就想去荆州投奔刘表。吕布不同意他们离开。杨奉知道刘备和吕布有仇，就偷偷联系刘备，想一起攻打吕布。刘备表面答应，等杨奉带兵到了沛县，刘备请他进城吃饭。饭还没吃完，刘备突然动手，在宴席上把杨奉绑起来杀了。韩暹没了杨奉这个帮手，成了光杆司令，带着十几个骑兵逃往并州，结果被抒秋县令张宣杀掉。胡才、李乐留在河东，胡才被仇家杀死，李乐自己病死，郭汜也被部将伍习杀害。
颍川人杜袭、赵俨、繁钦为躲避战乱，逃到荆州，刘表把他们当贵宾招待。繁钦很受刘表赏识，杜袭却劝他：“咱们来荆州，只是为了保命等机会，难道真觉得刘表能平定乱世？你要是一直想在刘表这儿出风头，就不是我的同伴，咱们绝交吧！”繁钦这才醒悟：“听您的！”曹操迎接天子迁都许县后，赵俨对繁钦说：“曹镇东肯定能拯救天下，我找到明主了！”于是两人一起投奔曹操，曹操任命赵俨为朗陵长。阳安都尉李通的妻子的伯父犯了法，赵俨依法将他判处死刑。当时生杀大权都在州牧太守手里，李通的妻子哭着求他网开一面。李通却说：“我正和曹公一起打天下，不能因为私情坏了国法！”他还很欣赏赵俨执法公正，和赵俨成了好朋友。
建安三年（公元198年）春天正月，曹操回到许县。三月，他又打算攻打张绣。荀攸劝他：“张绣和刘表互相依靠，看起来势力不小。但张绣的军队没有固定地盘，全靠刘表供应粮草，刘表迟早养不起他，两人肯定会闹掰。不如先按兵不动，等他们内斗，再趁机拉拢张绣；要是逼得太紧，他们反而会联手抵抗。”曹操不听，直接带兵把张绣围困在穰城。
四月，皇帝派谒者仆射裴茂带着诏书，让关中将领段煨等人讨伐李傕，灭了他三族。朝廷封段煨为安南将军、闅乡侯。
之前，袁绍每次接到诏书，只要发现对自己不利的内容，就想把天子接到离自己近的地方。他派人劝曹操：“许县地势低洼潮湿，洛阳又残破不堪，不如把都城迁到鄄城，那儿更安全。”曹操拒绝了。田丰劝袁绍：“迁都的建议曹操不答应，那就该早点攻打许县，把天子抢过来，以后发号施令都能借天子的名义，这才是上策。不然迟早会被曹操打败，到时候后悔都来不及！”袁绍还是不听。正巧有个逃兵跑到曹操那儿，说田丰劝袁绍偷袭许县。曹操担心许县有失，立刻解了穰城之围往