董卓征召京兆尹盖勋为议郎，当时左将军皇甫嵩正率领三万大军驻扎在扶风。盖勋秘密联系皇甫嵩，谋划讨伐董卓。恰好此时董卓也征召皇甫嵩担任城门校尉，皇甫嵩的长史梁衍劝他：“董卓在京城烧杀抢掠，随意废立皇帝。现在召您进京，往大了说是性命不保，往小了说也是受困受辱。趁董卓还在洛阳，天子要往西迁都，您可以率领大军迎接天子，打着天子的旗号讨伐逆贼，再联合各路将领。袁绍在东边施压，您在西边进攻，一定能擒住董卓！”但皇甫嵩没听，还是应召进京。盖勋见自己势单力薄，也回到了京城。董卓任命盖勋为直骑校尉。河南尹朱俊向董卓分析军事形势，董卓不耐烦地打断他：“我百战百胜，心里自有决断，你别乱说，小心脏了我的刀！”盖勋反驳：“当年贤明的武丁，还寻求别人的谏言，何况是你，难道想堵住天下人的嘴？”董卓这才道歉。
董卓的军队来到阳城，正好碰上百姓在社庙集会，竟将所有人斩杀，抢走他们的车马，掳走妇女。士兵们把百姓的头颅挂在车辕上，一路唱歌回到洛阳，谎称是大破贼军。回到洛阳后，董卓下令焚烧头颅，把妇女赏给士兵做婢妾。
丁亥日，天子被迫迁都长安。董卓把洛阳的富户都抓起来，随便安个罪名就处死，没收他们的财产，死者不计其数。又强迫数百万百姓迁往长安，一路上，士兵们像驱赶牲口一样对待百姓，人挤人，互相踩踏，很多人饿死，还有人趁机抢劫，路上堆满了尸体。董卓自己留在毕圭苑，下令烧毁宫殿、宗庙、官府和民宅，方圆二百里内，房屋全被烧光，连鸡犬的声音都听不到了。他还派吕布挖掘历代皇帝的陵墓，以及公卿大臣的坟墓，盗取其中的珍宝。董卓抓到关东联军的士兵后，用十几匹涂满猪油的布裹住他们，从脚开始点燃，将人活活烧死。
三月乙巳日，天子抵达长安，暂时住在京兆府衙，后来才慢慢修缮宫殿居住。当时董卓还没到长安，朝廷大小事务都交给王允处理。王允表面上迎合董卓，暗中却谋划复兴汉室，很有大臣的风范，天子和朝廷官员都倚重他。因为王允刻意讨好，董卓也很信任他。
戊午日，因为袁绍带头起兵反对自己，董卓一怒之下，杀掉了太傅袁隗、太仆袁基，以及袁家上下五十多口人。
当初，荆州刺史王睿和长沙太守孙坚一起攻打零陵、桂阳的贼寇。王睿因为孙坚是武官，说话时经常轻视他。等到各州郡起兵讨伐董卓，王睿和孙坚也都响应。王睿向来和武陵太守曹寅不和，还扬言要先杀了曹寅。曹寅害怕，就伪造了一份按行使者的公文给孙坚，列举王睿的罪状，让孙坚将他逮捕处决，然后上报。孙坚接到公文，立刻带兵袭击王睿。王睿听到军队来了，登上城楼询问：“你们想干什么？”孙坚的前锋部队回答：“我们打仗太久，又累又苦，想来找您要点赏赐。”王睿看到孙坚，大惊失色：“士兵要赏赐，孙太守怎么也来了？”孙坚说：“我接到使者的公文，要杀了你！”王睿问：“我犯了什么罪？”孙坚说：“你罪在一无所知！”王睿走投无路，刮下金粉，吞服而死。
孙坚继续前进，到达南阳时，手下已经有几万人。南阳太守张咨不肯供应军粮，孙坚设下圈套将他斩杀。南阳郡上下震惊，此后孙坚要什么就有什么。孙坚又带兵来到鲁阳，与袁术合兵一处。袁术因此占据了南阳，他上表推荐孙坚代理破虏将军，兼任豫州刺史。
朝廷下诏，任命北军中候刘表为荆州刺史。当时荆州境内盗贼横行，道路不通。刘表单人匹马来到宜城，请来南郡的名士蒯良、蒯越商议：“现在江南的宗族武装势力很强，各自拥兵自重，要是袁术利用他们，大祸就临头了。我想征兵，又怕召集不起来，该怎么办？”蒯良说：“百姓不归附，是因为仁德不够；归附了却管不好，是因为道义不足。只要推行仁义，百姓就会像水往低处流一样归附，还愁征不到兵？”蒯越说：“袁术骄横又没谋略，那些宗族武装的首领大多贪婪残暴，被手下人厌恶。如果派人用利益引诱他们，肯定会带着人马前来。您趁机杀掉其中无道的人，收编他们的手下。这样一来，荆州百姓渴望安定，听到您的威望德行，一定会拖家带口来归附。等兵力聚集、人心归附，我们南据江陵，北守襄阳，荆州八郡发一道檄文就能平定。到时候就算袁术来了，也成不了气候。”刘表觉得有理，就让蒯越去引诱宗族武装首领，来了五十五人，刘表将他们全部斩杀，收编了他们的队伍。随后，刘表把治所迁到襄阳，安抚各地郡县，江南地区全部平定。
董卓坐镇洛阳，袁绍等各路讨董联军却畏惧他的强大兵力，谁也不敢带头先发动进攻。曹操着急地说：“咱们起兵是为了铲除董卓这个乱臣贼子，现在大军都集结好了，大家还在犹豫什么？要是董卓凭借着朝廷的名义，占据洛阳这座旧都，向东进军，就算他行事无道，也够我们头疼的。可现在他烧了皇宫，裹挟天子迁都，天下人心惶惶，不知道该何去何从，这正是老天要让他灭亡的时候，只要打一场仗就能平定天下！”
曹操说完，就亲自带兵西进，打算占据成皋这个重要关隘