此时，各地豪杰大多想起兵讨伐董卓。袁绍在渤海，冀州牧韩馥却派了好几批从事监视他，不让他有所行动。东郡太守桥瑁想出一计，伪造了一份京城三公写给各州郡的书信，信中痛陈董卓的罪行，还说：“我们被董卓逼迫，无法自救，盼望着义兵前来，解救国家于危难之中。”韩馥收到信后，召集下属询问：“咱们现在是该帮袁绍，还是帮董卓？”治中从事刘子惠斥责道：“我们兴兵是为了国家，怎么能说帮袁、帮董这种话！”韩馥听了，满脸羞愧。刘子惠又说：“打仗是凶险的事，咱们不能带头。不如先看看其他州的动静，要是有人率先起兵，咱们再响应。冀州的实力不比其他州弱，到时候功劳肯定不会比别人小。”韩馥觉得有道理，便写信给袁绍，痛斥董卓的恶行，表示支持他起兵。
初平元年（公元190年）
这年春天正月，函谷关以东的各州郡纷纷起兵，共同讨伐董卓，并推举渤海太守袁绍为盟主。袁绍自封车骑将军，还擅自给其他将领授予官职。袁绍与河内太守王匡驻军河内；冀州牧韩馥留守邺城，负责供应军粮；豫州刺史孔伷驻扎在颍川；兖州刺史刘岱、陈留太守张邈、张邈的弟弟广陵太守张超、东郡太守桥瑁、山阳太守袁遗、济北相鲍信，与曹操一同屯兵酸枣；后将军袁术则驻军鲁阳，各路兵马加起来号称有数万人。当时，大部分豪杰都拥护袁绍，唯独鲍信对曹操说：“能拯救乱世、拨乱反正的人，非您莫属。如果不是合适的人，就算暂时强大也必定失败，您或许就是上天选定的那个人！”
辛亥日，朝廷宣布大赦天下。
癸酉日，董卓派郎中令李儒用毒酒害死了弘农王刘辩。
董卓打算大举征兵，去攻打关东联军。尚书郑泰劝说道：“治国靠的是德行，而不是兵力。”董卓很不高兴：“照你这么说，军队就没用了？”郑泰解释道：“我不是这个意思，只是觉得没必要对关东大动干戈。您出身西州，从小就担任将帅，精通军事。袁绍是公卿子弟，一直在京城长大；张邈是东平的老实人，连厅堂之外的事都很少过问；孔伷只会高谈阔论。他们都不懂军事，根本不是您的对手。而且关东联军内部没有统一指挥，尊卑混乱，如果他们仗着人多，只会各自观望，不会齐心协力。再说，关东长期太平，百姓不习战事；关西地区经常遭受羌人侵扰，连妇女都能拉弓战斗。您手下的并州、凉州士兵和羌胡骑兵，是天下人畏惧的精锐，用他们对付关东联军，就像驱使虎豹去扑杀羔羊，刮大风清扫枯叶，谁能抵挡？无缘无故征兵，反而会惊扰天下，让那些苦于徭役的百姓聚众生乱，这是放弃德行、空恃武力，反而损害您的威严。”董卓听后，这才打消了大规模征兵的念头。
董卓见关东联军声势浩大，就想迁都长安躲避，公卿大臣们心里都不赞同，却没人敢说。董卓上表推荐河南尹朱俊担任太仆，做自己的副手，派使者去召朱俊接受任命。朱俊拒绝道：“国家西迁，一定会让天下人失望，还会加剧与关东的矛盾，我认为不能这么做。”使者质问：“朝廷召你任职，你拒绝；没人问迁都的事，你却发表意见，为什么？”朱俊回答：“做相国的副手，我能力不够；但迁都不是好办法，这是当前最要紧的事。拒绝我做不了的事，说出我认为紧急的事，这是我的职责。”于是，朱俊没去做董卓的副手。
董卓召集公卿开会，说：“高祖定都关中，传了十一代；光武帝定都洛阳，到现在也是十一代了。根据《石包谶》的预言，应该迁都长安，顺应天意民心。”百官都不敢说话。司徒杨彪站出来反对：“迁都改制度，这是天下大事。当年盘庚迁都亳，百姓都埋怨。以前关中被王莽破坏，所以光武帝才迁都洛阳，这么多年过去，百姓已经安居乐业。现在无缘无故抛弃宗庙、皇陵，肯定会惊动百姓，引发大乱。《石包谶》这种妖邪的书，怎么能信！”董卓反驳：“关中土地肥沃，所以秦国能吞并六国。而且陇山一带木材丰富，杜陵还有汉武帝时的陶灶，只要集中力量建造，很快就能完工。百姓懂什么！谁敢反对，我就用大军驱赶，让他们滚到海边去！”杨彪说：“让天下动荡很容易，想安定下来却很难，希望您慎重考虑！”董卓生气地说：“你想阻挠国家大计？”太尉黄琬打圆场：“这是国家大事，杨公说的话或许值得考虑。”董卓没理他。司空荀爽见董卓气势汹汹，怕他害了杨彪等人，就缓和气氛说：“相国也不想这样啊！关东叛军一时难以平定，迁都也是为了长远打算，这和秦汉时期的做法是一样的。”董卓的怒气这才消了一些。黄琬退下后，又上书反对迁都。二月乙亥日，董卓以发生灾异为由，上奏罢免了黄琬、杨彪，任命光禄勋赵谦为太尉，太仆王允为司徒。
城门校尉伍琼、督军校尉周毖坚决劝阻迁都，董卓大怒：“我刚入朝时，你们劝我任用贤才，我听从了。可你们到任后，却支持关东起兵反对我，这是你们背叛我，我哪里对不起你们？”庚辰日，董卓将伍琼、周毖抓起来处死。杨彪、黄琬害怕，赶紧去向董卓谢罪。董卓也后悔杀了伍琼、周毖，又上表