与此同时，北地的先零羌，以及枹罕、河关的盗贼发动叛乱，他们拥立湟中义从胡的北宫伯玉、李文侯为将军，杀死护羌校尉泠征。金城人边章、韩遂在西州一带很有名望，这群盗贼把他们劫持过来，让他们掌管军事。边章、韩遂杀了金城太守陈懿，还四处攻打州郡。
以前，武威太守仗着朝中有人，贪赃枉法、胡作非为。凉州从事、武都人苏正和调查后，要治他的罪。刺史梁鹄害怕牵连到自己，想杀了苏正和灭口，就去问汉阳长史、敦煌人盖勋的意见。盖勋和苏正和向来有仇，有人劝盖勋趁这个机会报复，但盖勋说：“为了掩盖阴谋杀害好人，这不是忠诚；趁人之危报复，这不是仁义。”他还劝梁鹄：“养鹰就是为了让它捕猎，要是它抓住猎物就被煮了，那养它还有什么用？”梁鹄这才打消念头。苏正和想去感谢盖勋，盖勋却避而不见，说：“我是为梁使君出谋划策，不是为了苏正和。”两人的仇怨还是和以前一样。后来，刺史左昌挪用了几万军粮，盖勋前去劝阻，左昌大怒，派盖勋和从事辛曾、孔常到阿阳驻扎抵御贼寇，想找机会借军事问题治他的罪。但盖勋屡立战功。等到北宫伯玉攻打金城时，盖勋劝左昌去救援，左昌不听。陈懿被杀后，边章等人又把左昌围困在冀城。左昌只好召盖勋等人来救，辛曾等人犹豫不决，不想前去。盖勋生气地说：“当年庄贾迟到，穰苴就挥剑斩了他。如今的从事，难道比古时候的监军还重要？”辛曾等人这才害怕地跟着去了。盖勋到了冀城，斥责边章等人背叛朝廷。边章等人说：“左使君要是早点听您的话，派兵来打我们，我们或许还有改过的机会；现在我们罪大恶极，投降也没用了。”说完就解围而去。后来，叛乱的羌人把校尉夏育围困在畜官，盖勋和州郡军队前去救援，在狐盘被羌人打败。盖勋身边只剩不到一百人，自己也受了三处伤，但他仍端坐不动，指着木牌说：“把我的尸体放在这儿！”句就种羌的滇吾拦住手下说：“盖长史是个贤人，杀了他就是违背天意。”盖勋仰头大骂：“该死的反贼，你们怕什么，快来杀我！”羌人听了都很震惊。滇吾下马把马让给盖勋，盖勋不肯骑，最终被羌人俘虏。羌人佩服他的英勇忠义，没敢加害，还把他送回汉阳。后来，刺史杨雍上表举荐，盖勋兼任汉阳太守。
张曼成死后，他的残余部下推举赵弘为首领，黄巾军的势力又壮大起来，达到十多万人，他们占据宛城。朱俊和荆州刺史徐璯等人合兵围困宛城，从六月一直打到八月，都没能攻破。有关部门上奏，请求召回朱俊。司空张温上书说：“以前秦国任用白起，燕国任用乐毅，都是历经多年才打败敌人。朱俊讨伐颍川已经有了战果，如今他率军南下，作战方略也已制定。临阵换将是兵家大忌，不如再给他一些时间，让他将功赎罪。”皇帝这才作罢。朱俊继续进攻，终于斩杀赵弘。但黄巾军又推出韩忠为首领，继续据守宛城抵抗。朱俊擂鼓攻打宛城西南，韩忠把全部兵力都调去防守；朱俊却亲自率领精锐从东北方向突袭，登上城墙杀入城中。韩忠只好退守内城，惶恐之下请求投降。将领们都想接受，朱俊却说：“打仗有时看似情况相同，实际形势却不一样。当年秦末和楚汉相争时，天下没有固定的君主，所以要奖赏归降的人，鼓励更多人来投奔。但现在天下一统，只有黄巾军造反。接受他们投降，无法起到劝人向善的作用，只有坚决讨伐，才能起到惩戒的效果。要是这次接受投降，以后他们尝到甜头，有利就进攻，失利就乞降，这是纵容敌人，绝非良策。”于是下令继续猛攻，但连续进攻都没能成功。朱俊登上土山观察敌情，对司马张超说：“我明白怎么回事了。敌人现在外围坚固，内营被困，我们不接受投降，他们又冲不出去，所以才拼死抵抗。万人一心，尚且难以抵挡，何况十万大军！不如撤掉包围圈，集中兵力攻城。韩忠看到包围解除，肯定会出城逃跑。一旦出城，军心就散了，到时候就好对付了。”果然，朱俊一撤围，韩忠就带兵出战，朱俊趁机出击，大破敌军，斩杀一万多人。南阳太守秦颉却趁乱杀了韩忠。剩下的黄巾军又推举孙夏为首领，退回宛城驻扎。朱俊加紧进攻，司马孙坚一马当先，率先登城。癸巳日，汉军攻破宛城，孙夏逃走。朱俊追到西鄂精山，再次打败黄巾军，又斩杀一万多人。至此，黄巾军主力被打散，其他州郡陆续平定叛乱，每个郡都斩杀了几千名黄巾军。十二月，己巳日，皇帝大赦天下，改了年号。
豫州刺史、太原人王允打败黄巾军后，缴获了张让宾客和黄巾军勾结的书信，并上奏朝廷。皇帝因此斥责张让，张让赶紧磕头谢罪，最后竟然没被治罪。从此，张让怀恨在心，找机会诬陷王允，导致王允被捕