朱俊讨伐黄巾军的时候，他的护军司马、北地人傅燮上书说：“我听说，天下的灾祸都不是从外部来的，而是从内部产生的。当年虞舜先除掉四个恶人，然后才任用十六位贤能的大臣，这说明不除掉坏人，好人就没办法施展才能。现在张角在赵、魏地区起兵，黄巾军在六个州作乱，这都是内部矛盾引发的灾祸，最后蔓延到了天下。我奉命出征，讨伐叛贼，刚到颍川，每战必胜。黄巾军虽然声势浩大，但不值得朝廷过于忧虑。我真正担心的是，就像治水不治理源头，水流只会越来越泛滥。陛下仁德宽容，对很多事情都不忍心处置，才让宦官得以专权，忠臣无法进谏。就算把张角杀了，让黄巾军投降，我担心真正的祸患才刚刚开始。为什么呢？因为正直的人和奸邪的人不能共事，就像冰和炭不能放在同一个容器里。那些奸邪的人看到忠臣立功，就知道自己离危险不远了，一定会用花言巧语，一起编造谎言来迷惑陛下。就像曾参的母亲听多了谣言也会怀疑儿子，集市里本没有老虎，三个人说有，大家就信了。如果陛下不仔细分辨真假，忠臣恐怕又会像白起在杜邮那样含冤被杀！陛下应该学学虞舜惩处恶人的做法，赶紧杀掉那些进谗言的奸佞小人，这样忠臣才会愿意为朝廷效力，奸邪之徒自然就不敢嚣张了。”赵忠看到这份奏疏后，对傅燮恨之入骨。傅燮讨伐黄巾军立了很多功，按说应该封侯，但因为赵忠的诬陷，皇帝虽然明白傅燮说得有道理，没有治他的罪，可最终也没给他封侯 。
张曼成率领黄巾军在宛城驻扎了一百多天。到了六月，南阳太守秦颉主动出击，一举斩杀张曼成，给当地黄巾军沉重一击。
交趾地区物产丰富，珍宝众多。但之前的几任刺史大多贪腐成性，在当地搜刮大量钱财后，就谋求调往别处升官。这种行为惹得当地官民怨声载道，最终爆发叛乱。愤怒的民众抓了刺史和合浦太守来达，还打出“柱天将军”的旗号。三公府经过挑选，派京县县令、东郡人贾琮担任交趾刺史。贾琮到任后，详细询问百姓造反的原因，大家都说：“官府赋税太重，百姓被搜刮得一干二净。京城又离得太远，有冤屈也没处说，实在活不下去才聚众为盗。”贾琮立刻发布告示，让百姓安心生产，还招回流亡民众，免除徭役，杀掉罪大恶极的叛乱首领，并选拔能干的官吏管理各县。一年之内，交趾就恢复了太平，百姓们安居乐业，还编了歌谣唱道：“贾大人来晚了，害得我们先造反；如今太平日子到，官吏不敢胡乱要！”
皇甫嵩和朱俊打了胜仗后，乘胜追击汝南、陈国的黄巾军，在阳翟追着波才打，在西华进攻彭脱，接连获胜。残余的黄巾军有的投降，有的逃散，这三个郡的叛乱全部平定。皇甫嵩向朝廷奏报战功时，把功劳都归给朱俊。于是，朱俊被晋封为西乡侯，还升任镇贼中郎将。朝廷又下令，让皇甫嵩去讨伐东郡的黄巾军，朱俊去攻打南阳的黄巾军。
北中郎将卢植和张角交战，多次取胜，斩杀俘虏一万多人，张角等人被迫退守广宗。卢植修筑营垒、挖掘壕沟，还制造云梯，眼看就要攻破城池。这时，皇帝派小黄门左丰到军中视察。有人劝卢植给左丰送点礼，卢植坚决不肯。左丰回去后，对皇帝说：“广宗的贼寇很容易打败，可卢中郎却高筑营垒，停滞不前，分明是想等老天爷收拾他们。”皇帝听了大怒，用囚车把卢植押回京城，判了减死一等的罪，改派东中郎将、陇西人董卓接替他。
巴郡有个叫张修的人，用类似张角的妖术给人治病，他让病人交出五斗米，因此被叫做“五斗米师”。这年秋天，七月，张修聚众造反，攻打郡县，当时的人把他们称为“米贼”。
八月，皇甫嵩在苍亭和黄巾军交战，抓获了首领卜已。董卓攻打张角却毫无战果，最后获罪。己巳日，朝廷又下令让皇甫嵩去讨伐张角。
九月，安平王刘续因犯下大逆不道的罪行被处死，封国也被废除。一开始，刘续被黄巾军俘虏，安平国人凑钱把他赎了回来。朝廷讨论要不要恢复他的封国，议郎李燮说：“刘续作为藩王不称职，还损害了朝廷的尊严，不该恢复封国。”但朝廷没听他的。李燮反而因为这番话，被指控诽谤宗室，罚去左校劳作。没想到不到一年，刘续就因罪被杀，李燮这才官复原职，重新做回议郎。京城的人为此编了句话：“父亲不愿拥立皇帝，儿子不愿拥立藩王。”
这年冬天，十月，皇甫嵩和张角的弟弟张梁在广宗决战。张梁的军队精锐勇猛，皇甫嵩一开始没能取胜。第二天，他下令闭营休整，观察敌军动向，发现黄巾军渐渐松懈。于是，皇甫嵩趁夜部署军队，天刚蒙蒙亮就冲向敌阵，一直战到下午，终于大破敌军，斩杀张梁，斩获三万首级，