曹节被升为长乐卫尉，封为育阳侯。王甫升为中常侍，还兼任黄门令。朱瑀、共普、张亮等六个人都被封为列侯，十一个人被封为关内侯。这下这些小人得志了，士大夫们都灰心丧气。陈蕃的朋友陈留人朱震收葬了陈蕃的尸体，还把陈蕃的儿子陈逸藏起来。事情被发现后，朱震被关进监狱，全家都被戴上了枷锁。朱震受尽拷打，宁死也不说出陈逸的下落，陈逸这才逃过一劫。窦武的属官桂阳人胡腾为窦武收尸下葬，还为他守丧，因此被禁止做官。窦武两岁的孙子窦辅，被胡腾冒充成自己的儿子，和南阳的令史张敞一起藏在零陵地界，也幸免于难。张奂被升为大司农，还因为平叛功劳被封侯。但张奂特别后悔被曹节等人利用，坚决推辞不接受封侯。
朝廷任命司徒胡广为太傅，处理尚书事务；司空刘宠为司徒；大鸿胪许栩为司空。
冬天十月最后一天（甲辰日），又发生了日食。
十一月，太尉刘矩被撤职，来自沛国的太仆闻人袭顶上，当上了太尉。十二月，鲜卑和濊貊两个部落联手，在幽州、并州一带烧杀抢掠。这一年，西域的疏勒国也出事了——国王的叔叔和得杀了国王，自己坐上了王位。北方的乌桓各部落也不安分，上谷的难楼手下有九千多部落，辽西的丘力居管着五千多部落，他们干脆自封为王；辽东的苏仆延、右北平的乌延也跟风，分别带着千余和八百多部落，一个称峭王，一个叫汗鲁王，都想在乱世中占山头。
建宁二年（169年）
正月，皇帝下令大赦天下，给新年添点“和气”。三月，他把母亲董贵人从河间老家接到京城，尊称为孝仁皇后，安排她住进永乐宫，还给舅舅董宠封了执金吾（京城治安长官），表弟董重当了五官中郎将，一家子鸡犬升天。
四月，皇宫里接连发生怪事：先是御座上出现青蛇，第二天狂风大作，冰雹砸落，雷电劈开大树。皇帝慌了，让大臣们写密奏分析原因。
大司农张奂上书说，窦武、陈蕃忠心报国却含冤而死，老天降灾就是警示。他建议给二人平反，接回窦太后好好赡养。此外，他还推荐王畅、李膺入朝为官。这话得罪了宦官曹节等人，皇帝被宦官左右，不仅没采纳，还下诏斥责张奂。张奂等人只能自投监狱，最后交了三个月俸禄才脱身。
郎中东郡的谢弼也上书，批评皇帝不该幽禁窦太后，还指出外戚董氏无功受封、宦官祸乱朝纲，建议重用贤臣。结果他被贬为广陵府丞，后来被曹节侄子找借口抓进监狱，活活打死。
光禄勋杨赐借着解读蛇妖，暗示皇帝要平衡权力，别让外戚和宠妃乱政，否则灾异难消。
五月，太尉闻人袭、司空许栩被免职。六月，刘宠升任太尉，许训为司徒，刘嚣为司空。这刘嚣因为讨好宦官，才坐上三公高位。
此时，朝廷派谒者冯禅去招降汉阳的羌人，但大将段颎反对：“春天百姓忙着种地，羌人就算暂时投降，没饭吃还得反，不如直接出兵灭了他们！”于是，段颎率军逼近羌人营地，先派田晏、夏育率五千人突袭，把羌人打得东逃西窜。羌人退守射虎谷，段颎用一万人设下四十里木栅栏堵截，又分兵趁夜占领西山、东山，前后夹击。最终，羌人首领以下1.9万人被杀，4千人投降后被安置在三郡，东羌之乱彻底平定。段颎历经180战，杀敌3.8万，缴获牲畜42万头，自己仅损失400人，因功被封新丰县侯，食邑万户。
司马光点评：羌人反叛是被郡县欺压，朝廷平叛不力是用人不当。段颎不分青红皂白滥杀，虽然立了功，但这种做法