尚书何敞上密奏说：“从前，郑武姜宠爱小儿子共叔段，卫庄公溺爱州吁，对他们一味宠爱却不加教导，最终导致他们走上邪路。由此可见，像这样溺爱孩子，就好比在孩子饥饿时喂他毒药，看似疼爱，实则是在害他。大将军窦宪在先帝驾崩之初，公卿大臣接连上奏，希望他主持国事。当时窦宪坚持谦逊退让，坚决推辞高位，言辞恳切，天下人听说后，无不称赞。可没过多久，先帝丧期未满，他的态度突然转变，窦氏兄弟把持朝政。窦宪掌握军队大权，窦笃、窦景统领宫廷卫队，他们虐待百姓，生活奢侈，僭越本分，随意诛杀无罪之人，只为满足一己私欲。如今议论纷纷，大家都说共叔段、州吁这样的人物又在汉朝出现了。我看公卿大臣们大多持观望态度，不肯直言进谏，是因为他们觉得，如果窦宪等人能勤勉尽责，自己就可以像尹吉甫褒奖申伯那样，获得举荐贤才的功劳；如果窦宪等人犯罪，自己也能像陈平、周勃顺从吕后那样，顺势而为，所以根本不把窦宪等人的吉凶当回事！我一心希望想出两全之策，防微杜渐，既不想让皇太后有损贤德太后的名号，也不想让陛下背上郑庄公‘不及黄泉不相见’那样的讥谤，同时也希望窦宪等人能长久保有福禄。驸马都尉窦瑰多次请求退隐，希望抑制家族权势，可以让他参与谋划，听从他的意见，这才是对国家、对窦氏家族都有利的大计！”当时，济南王刘康地位尊贵，十分骄横，窦宪便奏请皇帝，把何敞调出京城，担任济南太傅。刘康有过错时，何敞总是直言劝谏。刘康虽然不一定听从，但一向敬重何敞，两人没有矛盾。
冬天十月庚子日，阜陵质王刘延去世。
这一年，有九个郡国发生严重水灾。
永元二年（公元90年）
春天正月丁丑日，大赦天下。
二月壬午日，发生日食。
夏天五月丙辰日，皇帝封弟弟刘寿为济北王，刘开为河间王，刘淑为城阳王；又封原淮南顷王的儿子刘侧为常山王，延续封国。
窦宪派副校尉阎盘率领两千多骑兵，突袭北匈奴驻守伊吾的军队，重新夺回伊吾。车师国大为震惊，前、后王分别派儿子到汉朝做人质。
月氏国派使者前来，请求迎娶汉朝公主，班超拒绝了他们，并让使者回去。月氏国因此怀恨在心，派副王谢率领七万大军攻打班超。班超兵力少，部下都十分恐慌。班超却安抚他们说：“月氏军队虽然人多，但他们从数千里外翻越葱岭而来，粮草运输困难，有什么可担心的？我们只要收好粮食，坚守城池，等他们饥饿困乏，自然就会投降，不出几十天就能见分晓！”谢率军前来攻打，无法攻克城池，四处劫掠也一无所获。班超估计他们粮草即将耗尽，一定会向龟兹求援，就派几百士兵在东边要道埋伏。谢果然派骑兵带着金银珠宝去贿赂龟兹，班超的伏兵突然出击，将他们全部杀死，并把使者的首级拿给谢看。谢大惊失色，连忙派使者请罪，希望能放他们活着回去。班超放他们离开了。月氏国从此对汉朝大为敬畏，每年都向汉朝进贡。
当初，北海哀王没有后代，汉章帝因为齐武王是汉朝开创基业的功臣，他的后代却断绝了封国，心中常感怜悯，便留下遗诏，恢复齐国和北海国的封国。丁卯日，朝廷封芜湖侯刘无忌为齐王，北海敬王的庶子刘威为北海王。
六月辛卯日，中山简王刘焉去世。刘焉是东海恭王的同母弟弟，窦太后是东海恭王的外甥女。因此，朝廷赏赐一亿钱办理丧事，大规模修建坟墓，铲平的官民坟墓数以千计，征调一万多人施工，总共征发调动了六个州十八个郡的人力物力。
皇帝下诏封窦宪为冠军侯，窦笃为郾侯，窦瑰为夏阳侯，只有窦宪不肯接受封爵。
秋天十月乙卯日，窦宪出兵屯驻凉州，任命侍中邓叠代理征西将军，作为他的副将。
北单于因为汉朝送回了他的弟弟，在九月再次派使者到边塞，表示愿意称臣，并希望入朝拜见皇帝。冬天十月，窦宪派班固、梁讽前去迎接。这时，南单于又上书请求消灭北匈奴王庭。于是，汉朝派左谷蠡王师子等人率领左右两部八千骑兵从鸡鹿塞出发，中郎将耿谭派从事协助他们，一同袭击北单于。夜里，汉军包围北单于营帐，北单于受伤，侥幸逃脱。汉军俘虏了单于的阏氏和男女五人，斩杀八千，俘虏数千。班固抵达私渠海后返回。此时，南匈奴的人口和兵力日益壮大，有三万四千户，能作战的士兵达五万之多。
春，正月甲子日，皇帝依照曹褒制定的新礼仪，举行加冠礼，正式成年亲政，随后提拔曹褒为监羽林左骑。此时的新礼仪，为皇家礼制增添了新内容，也标志着曹褒在礼制建设上的成果得到认可 。
窦宪见北匈奴势力衰微，妄图一举将其消灭。二月，他派遣左校尉耿夔、司马任尚从居延塞出兵，在金微山包围北单于，给予其沉重打击