山阳王刘荆在刘秀的丧礼上毫无哀伤之情，还写匿名信，让奴仆冒充大鸿胪郭况，给东海王刘强写信，说他无罪却被废黜，郭后也遭受屈辱，劝他回东方起兵夺取天下，信中还说：“高祖从亭长起家，陛下在白水兴起，何况大王您是陛下的长子、原来的太子！应该像秋霜一样果断，别像圈养的羊一样懦弱。皇帝驾崩，平民百姓都会去当盗贼以谋出路，何况大王您呢！”刘强收到信后十分惶恐，立刻抓住送信的奴仆，将信密封后上交朝廷。汉明帝因刘荆是同母弟弟，没有公开此事，只是让刘荆搬到河南宫居住 。
三月丁卯日，刘秀被安葬在原陵。四月丙辰日，汉明帝下诏：“如今上无天子（刚驾崩），下无地方长官（比喻失去主心骨），就像要渡深渊却没有船只。皇位责任重大，而年轻人思虑不周，实在需要有德之人辅佐我。高密侯邓禹，是开国首功之臣；东平王刘苍，宽厚博学，富有谋略。任命邓禹为太傅，刘苍为骠骑将军。”刘苍极力推辞，汉明帝没有答应。又下诏规定，骠骑将军可设置长史、掾史等属官四十人，地位在三公之上。刘苍曾举荐西曹掾、齐国人吴良，汉明帝说：“举荐贤才，辅助国家，这是宰相的职责。当年萧何举荐韩信，设坛拜将，不再考核。如今任命吴良为议郎。”
当初，烧当羌的首领滇良打败先零羌，夺取了他们的土地。滇良死后，儿子滇吾继位，部落势力越发强大。秋天，滇吾和弟弟滇岸率领部众侵犯陇西，在允街击败太守刘盱，驻守边塞的各羌人部落纷纷反叛。明帝下诏，派谒者张鸿率领各郡军队前去平叛，在允吾交战，张鸿的军队全军覆没。冬天，十一月，又派中郎将窦固监督捕虏将军马武等两位将军，率领四万人前去征讨 。
这一年，南单于莫去世，他的弟弟汗继位，称为伊伐于虑鞮单于。
永平元年（公元58年）
春天正月，汉明帝率领公卿及以下官员到原陵朝拜刘秀，仪式和正月初一的朝会一样。明帝叩拜刘秀神位后，退坐在东厢房；侍卫官站在神位后面，太官进献食物，太常演奏礼乐；各郡国负责上报情况的上计吏依次上前，在神座前禀报本郡的粮价和百姓疾苦。此后，这成为固定仪式 。
夏天五月，高密元侯邓禹离世。
东海恭王刘强患病，明帝派使者和太医乘坐驿车前去诊治，车马往来不断。又下诏让沛王刘辅、济南王刘康、淮阳王刘延前往鲁地探望。戊寅日，刘强去世，临终前，他上书谢恩，写道：“我寿命将尽，留下孤弱家人，还要让皇太后和陛下为我担忧，实在又悲痛又惭愧！我的儿子刘政，才能平庸，却要继承我的爵位，这一定不利于他。希望能归还东海郡。如今天下刚经历先帝去世的大事，希望陛下多侍奉皇太后，让她按时用餐。我身体虚弱，说不出来太多话，希望向各位王爷道别，没想到再也见不到了！”明帝看了奏章悲痛万分，和太后到津门亭哀悼，派大司空持符节办理丧事，用特殊礼仪进行安葬，并下诏让楚王刘英、赵王刘栩、北海王刘兴以及京城的亲戚都来参加葬礼。明帝想到刘强一直谦逊节俭，不想厚葬违背他的意愿，特别下诏：“送葬物品务必简约，衣服能包裹身体就行，用茅草车、瓦制器具，陪葬物品比规制减少，彰显刘强与众不同的志向。”还让将作大匠留下修建陵庙 。
秋天七月，马武等人攻打烧当羌，大败敌军，其余羌人纷纷投降或逃散。
山阳王刘荆私下请来会观星占卜的人，一起谋划，盼着天下大乱好趁机起事。明帝得知后，将刘荆改封为广陵王，打发他前往封国。
辽东太守祭肜派偏何讨伐赤山乌桓，大获全胜，斩杀乌桓首领。消息传出，塞外震动，西边从武威，东边到玄菟，各部落纷纷归附汉朝，边境不再有战事，明帝于是将边境屯兵全部撤回。
东平王刘苍认为汉朝复兴三十多年，四方太平，应该修订礼乐制度。他和公卿一起商议确定了南北郊祭祀时的冠冕、车服制度，以及光武帝庙祭祀时的登歌、八佾舞的规模等，上奏给明帝 。
好畤愍侯耿弇离世。
永平二年（公元59年）
春天正月辛未日，明帝在明堂祭祀光武帝刘秀，明帝和公卿列侯首次戴着冠冕、佩戴玉佩举行祭祀仪式。祭祀结束后，登上灵