中元元年（公元56年）
正月，淮阳王进京朝见，第五伦跟着王府官员一同得到了刘秀召见。刘秀询问政务，第五伦对答如流，刘秀十分高兴。第二天，又单独召见他，两人一直谈到天黑。刘秀问第五伦：“听说你当官吏时，曾殴打岳父，还不肯给堂兄饭吃，真有这事吗？”第五伦回答：“我娶过三任妻子，她们都没有父亲。我年轻时遭遇饥荒战乱，实在不敢随便请人吃饭。大家觉得我迂腐不懂人情，所以才编出这样的话。”刘秀听后大笑，任命他为扶夷县长。第五伦还没到任，又被改任为会稽太守。他施政清廉，造福百姓，深受爱戴 。
刘秀读《河图会昌符》，其中“赤刘之九，会命岱宗”这句话触动了他。他命梁松等人查找《河图》《洛书》中的谶文，发现有三十六处提到汉朝第九代皇帝应当封禅泰山。张纯等人再次上奏请求封禅，刘秀便答应了。他让有关部门参考汉武帝元封年间封禅的旧例，得知需要用方形石头垒叠，再用玉检、金泥加封。刘秀觉得制作这种石头工程浩大，想直接用汉武帝封禅时的旧封石，在里面放置刻有文字的玉牒。梁松坚决反对，刘秀只好让石匠选取完整的青石，不要求必须是五色石。丁卯日，刘秀东行巡视。二月己卯日，抵达鲁国，后前往泰山。辛卯日清晨，在泰山下南方燃起大火祭祀上天，众神一同受祭，所用礼乐和在京城南郊祭天一样。仪式结束后，到了吃早饭的时候，刘秀乘坐御辇登山，中午过后到达山顶，更换衣服。傍晚时分，登上祭坛，面朝北方，尚书令奉上玉牒和玉检，刘秀用一寸二分的御玺亲自封印。之后，太常命令两千多骑兵掀开祭坛上方的石头，尚书令将玉牒藏好，再把石头盖回去，接着用五寸的印章封住石检。一切完毕，刘秀拜了两拜，群臣高呼万岁，随后从原路下山。半夜过后，刘秀才回到山下，百官到第二天早上才全部下山。甲午日，在梁父山的北面祭祀大地，以高后吕雉配享，山川众神一同受祭，仪式和元始年间在北郊祭地一样 。
三月戊辰日，司空张纯去世。四月癸酉日，刘秀回到皇宫；己卯日，大赦天下，更改年号。刘秀前往长安，五月乙丑日返回。六月辛卯日，任命太仆冯鲂为司空。乙未日，司徒冯勤去世。此时，京城有甘甜的泉水涌出，水边还长出红色的草，各郡国也频繁上报出现甘露。群臣上奏：“祥瑞不断降临，应该让太史记录下来，流传后世。”刘秀没有采纳。他常常谦虚地说自己没有什么德行，每次郡国上报祥瑞，他都认为言过其实，所以史官很少有相关记载。秋天，有三个郡国发生蝗灾。十月辛未日，任命司隶校尉、东莱人李为司徒。甲申日，派司空到高祖庙祭告，尊薄太后为高皇后，配享地神，把吕太后的神主迁到陵园，四季进行祭祀。十一月甲子日（月末），发生日食 。
这一年，朝廷修建明堂、灵台、辟雍，并向天下公布图谶。当初，刘秀凭借《赤伏符》称帝，从此相信谶文，很多疑难事情都依据谶文来决断。给事中桓谭上书劝谏：“一般人往往不重视身边常见的事，却看重奇闻异事。先王的着述，都以仁义正道为根本，没有怪诞虚妄的内容。天道和性命这些深奥的道理，连圣人都很少谈论，子贡之后的人都没机会听到，何况后世学识浅薄的儒生，怎么可能真正理解呢？如今那些耍小聪明、搞旁门左道的人，随意增删图书内容，假称是谶记，用来欺骗贪婪邪恶之人，误导君主，怎能不加以抵制和远离呢！我听说陛下曾深入驳斥方士们炼金术之类的邪说，这非常明智，可为什么又要相信谶记呢？谶文的说法有时看似巧合，就像占卜偶尔蒙对一样。陛下应该明辨是非，依据圣贤的本意，摒弃小人的邪说，弘扬《五经》的真正教义。”奏章呈上后，刘秀很不高兴。后来商议灵台的选址，刘秀问桓谭：“我用谶文来决定怎么样？”桓谭沉默许久，说：“我不读谶文。”刘秀追问原因，桓谭又极力陈述谶文不符合经典。刘秀大怒：“桓谭诋毁圣人，无视国法，拉下去斩了！”桓谭拼命磕头，血流满面，过了很久，刘秀才消气。之后，桓谭被贬为六安郡丞，在赴任途中因病去世。范晔评论道：桓谭因反对谶文流亡，郑兴因言辞恭顺才勉强免罪，贾逵善于附会谶文，所以最为显贵，君主以这种方式来评判学术，实在可悲！贾逵是扶风人 。
南单于比去世，他的弟弟左贤王莫继位，称为丘浮尤鞮单于。刘秀派使者带着玺书授予他单于玺绶，还赏赐了衣帽和彩色丝帛，此后这成了惯例 。
中元二年（公元57年）
正月辛未日，首次在北郊设立祭坛，祭祀后土神。二月戊戌日，刘秀在南宫前殿去世，享年六十二岁。刘秀每天清晨上朝处理政务，直到太阳偏西才结束，还经常召集公卿、郎将讨论儒家经典，到半夜才休息。皇太子见他如此操劳，找机会劝道：“陛下有夏禹、商汤那样