三月，明帝到辟雍，首次举行大射礼。
冬天十月壬子日，明帝到辟雍，首次举行养老礼，任命李躬为三老，桓荣为五更。三老穿着都纻大袍，戴着进贤冠，拄着玉杖；五更服饰和三老一样，只是不拄杖。明帝来到辟雍礼殿，坐在东厢房，派使者用安车到太学讲堂迎接三老、五更，自己在门屏处迎接，行交拜之礼；然后请三老从东阶上殿，自己从西阶上殿；到台阶处，按礼仪作揖。三老上殿后，面朝东，三公摆放好凭几，九卿为三老整理鞋子，明帝亲自袒露上衣，切割祭祀用的牲畜，端着肉酱进献，拿着酒爵进酒，有专门人员在前面祝祷不要哽噎，在后面祝祷不要噎住。五更面朝南方，由三公进献食物，礼仪和三老相同。礼毕后，明帝请桓荣和他的弟子上堂，亲自讲解经书，众儒生拿着经书在前面提问，穿着正式服装来围观听讲的人，数以万计。仪式结束后，明帝下诏赐桓荣关内侯爵位；三老、五更都享受二千石的俸禄，终身供养。还赏赐天下年满八十的老人，每人一石酒、四十斤肉 。明帝做太子时，就跟着桓荣学习《尚书》，即位后，仍以师礼尊敬桓荣。曾到太常府，让桓荣面朝东而坐，摆放好凭几和手杖，召集百官和桓荣的数百名学生，自己亲自听讲；学生们有时站起来提问，明帝就谦虚地说：“太师在这里呢。”结束后，把太官准备的食物都赏赐给桓荣家。桓荣每次生病，明帝就派使者慰问，太官送食物、太医看病的人在路上络绎不绝。桓荣病重时，上书谢恩，要归还爵位。明帝亲自到他家探望，进入街巷就下车，拿着经书走到桓荣床前，拉着他的手流泪，赏赐床褥、帷帐、刀剑、衣被，过了很久才离开。从此，诸侯、将军、大夫来探病，都不敢乘车到门口，而是在床下拜见。桓荣去世，明帝亲自换丧服吊唁送葬，赐给他在首山之南的墓地。桓荣的儿子桓郁本应继承爵位，想让给兄长的儿子桓泛，明帝不答应，桓郁才接受封爵，但把所有租税收入都给了桓泛。明帝任命桓郁为侍中 。
中山王刘焉是郭太后的小儿子，太后特别疼爱他，所以一直留在京城，到这时才和其他王爷一起前往封国。明帝赐给他虎贲武士和骑兵，对他格外恩宠，只有他能自由往来京城。明帝对待阴氏、郭氏家族，事事都力求公平，他们多次得到赏赐，都备受恩宠 。
甲子日，明帝前往长安。十一月甲申日，派使者用猪、羊二牲祭祀萧何、霍光，明帝路过他们的墓地时，下车致敬。之后前往河东，癸卯日返回皇宫 。
十二月，护羌校尉窦林因欺君和贪污罪，被关进监狱处死。窦林是窦融堂兄的儿子。当时窦氏家族有一人为公爵、两人为侯爵、三人是公主、四人担任二千石官职，同时显贵，从祖辈到孙辈，官府和宅第在京城鳞次栉比，在皇亲国戚和功臣中无人能比。窦林被处死后，明帝多次下诏严厉斥责窦融，窦融十分惶恐，请求退休，明帝下诏让他回家养病 。
这一年，首次在五郊举行迎气仪式。新阳侯阴就的儿子阴丰娶郦邑公主为妻。公主骄横善妒，阴丰一气之下杀了她，自己也被处死，阴丰的父母自杀谢罪。南单于汗去世，单于比的儿子适继位，称为僮尸逐侯鞮单于 。
永平三年（公元60年）
春天二月甲寅日，太尉赵熹被免职。丙辰日，任命左冯翊郭丹为司徒。己未日，任命南阳太守虞延为太尉 。
甲子日，立贵人马氏为皇后，皇子刘炟为太子。马皇后是马援的女儿，光武帝时入选太子宫，她能侍奉好阴皇后，和其他妃嫔友好相处，礼仪周全，宫里上上下下都很满意，因此备受宠爱；明帝即位后，她成为贵人。当时马皇后异母姐姐的女儿贾氏也被选入宫中，生下皇子刘炟。明帝因马皇后没有儿子，就让她抚养刘炟，说：“人不一定要自己生孩子，就怕用心不够！”马皇后于是尽心抚养，比照顾亲生儿子还要辛苦。太子刘炟也生性孝顺，母子感情深厚，始终没有一点矛盾。马皇后常觉得皇子数量太少，积极向明帝推荐身边女子。后宫有被明帝召见的妃嫔，她都会好言安慰；对受宠爱的妃嫔，更是多加照顾。等到有关部门奏请立皇后，明帝没表态，皇太后说：“马贵人品德在后宫无人能及，就是她了。”马皇后成为皇后后，更加谦逊恭谨，喜欢读书。她常穿粗布衣服，裙子也不加边饰；每月初一、十五，妃嫔和公主来朝见，远远看见她的衣服粗糙，以为是精细的绸缎，走近一看才发笑。马皇后说：“这种布料容易染色，所以我用它。”群臣奏报有难以决断的事，明帝多次让马皇后来分析，她总能理清头绪，抓住关键，却从不因私事干涉朝政。明帝因此对她既宠爱又敬重，感情始终不变 。
汉明帝怀念那些助力汉朝中兴的功臣，便在南宫云台绘制了二十八位功臣的画像。画像以邓禹居首，后面依次是马成、吴汉、王梁、贾复、陈俊、耿弇、杜茂、寇恂、傅俊、岑彭、坚镡、冯异、王霸、朱祜、任光、祭遵、李忠、景丹、万修、盖延、邳肜、铫期、刘植、耿纯、臧宫、马武、刘隆。后来又增补了王常、李通、窦融、卓茂，总计三十二人。不过，马援因为是皇后的亲属