冬季，十一月甲戌日，大司徒欧阳歙出事了。原来他以前当汝南太守时，丈量土地弄虚作假，贪赃枉法的金额多达一千多万，被关进了监狱。欧阳歙家世代传授《尚书》，八代人都是博士。他被抓后，一千多个学生跑到宫门前为他求情，有的甚至剃光了头发表示诚意。平原人礼震才十七岁，也请求替欧阳歙去死。但刘秀最终没有赦免他，欧阳歙死在了狱中。
十二月庚午日，刘秀任命关内侯戴涉为大司徒。卢芳从匈奴又回到内地，占据高柳县。这一年，骠骑大将军杜茂因为纵容军吏杀人，被免职。刘秀让扬武将军马成接替杜茂，负责修缮边塞堡垒，每隔十里设置一个了望哨，防备匈奴。还让骑都尉张堪接管杜茂的军营，张堪在高柳县打败了匈奴。刘秀就任命张堪为渔阳太守。张堪在任八年，把渔阳治理得很好，匈奴不敢来侵犯，他还鼓励百姓耕种，让大家都过上了好日子。百姓们编歌唱道：“桑树没有多余枝，麦穗饱满分叉齐。张太守来把政理，日子幸福乐无比！”
安平侯盖延去世。
交趾郡麊泠县有个雒将的女儿叫征侧，非常勇猛。交趾太守苏定依法处置她，征侧心里怨恨，暗暗准备报复。
建武十六年（公元40年）
春季，二月，征侧和她妹妹征贰起兵造反，九真、日南、合浦等地的少数民族也纷纷响应，她们一共攻占了六十五座城池，征侧自立为王，把麊泠县作为都城。交趾刺史和各郡太守只能勉强守住城池，根本无力反击。
三月辛丑日（月末），发生了日食。 秋季，九月，河南尹张汲和十几个太守，都因为丈量土地弄虚作假，被关进监狱后处死。后来，刘秀曾不经意间对虎贲中郎将马援说：“我真后悔之前杀了那么多太守、国相！”马援回答：“他们罪有应得，有什么好后悔的？只是人死不能复生罢了！”刘秀听了，大笑起来。
各地盗贼纷纷起义，郡县派兵去围剿，官兵一到，盗贼就作鸟兽散；官兵一走，他们又聚集起来，青州、徐州、幽州、冀州这四个州的情况尤其严重。 冬季，十月，刘秀派使者到各州郡宣布新政策：允许盗贼互相检举揭发，五个人共同斩杀一个盗贼的，就免除他们的罪行；官吏就算之前有拖延、回避、故意放纵盗贼的行为，也不再追究，只看他们今后抓捕盗贼的成果。各郡的州牧、太守、县令、县长，如果辖区内有盗贼却不抓捕，或者因为害怕而弃城逃跑，都不追究责任，只按抓获盗贼的数量来评定政绩，只有那些隐瞒不报的才会治罪。这下官员们都拼了命地追捕盗贼，盗贼团伙很快就瓦解了。刘秀把盗贼首领都迁到其他郡县，分给他们土地，发放粮食，让他们能安稳生活。从这以后，百姓们放牧的牛马都不用看守，晚上连家门都不用关，社会秩序安定了下来。
卢芳和闵堪派使者向刘秀请求投降，刘秀封卢芳为代王，闵堪为代相，还赏赐了两万匹绸缎，让他们去和匈奴搞好关系。卢芳上书谢恩，表示特别想亲自到京城朝见刘秀。刘秀下诏让他第二年正月来。一开始，匈奴听说汉朝悬赏捉拿卢芳，想得到赏金，才把卢芳送回来投降。可卢芳却把这件事当成自己的功劳，压根不提是匈奴送他回来的，匈奴单于也觉得这事说出去丢人，就没拿到汉朝的赏金。匈奴因此特别生气，侵犯边境比以前更厉害了。
马援上奏说应该恢复铸造五铢钱，刘秀同意了。新钱发行后，对百姓生活和经济发展都很有帮助。
卢芳动身来京城朝见，走到昌平的时候，刘秀下诏让他先回去，改到第二年再来。
建武十七年（公元41年）
春季，正月，赵孝公刘良去世。当初，怀县有个大户人家的李子春，他的两个孙子杀了人，怀县县令赵熹彻查此事，两个孙子畏罪自杀，但赵熹还是把李子春抓了起来。京城的皇亲国戚有几十人来求情，赵熹都没答应。刘良病重的时候，刘秀亲自去探望，问他还有什么心愿，刘良说：“我和李子春向来交情好，现在他犯了罪，怀县县令赵熹要杀他，希望能饶他一命。”刘秀说：“官吏依法办事，不能徇私枉法。你再说说别的愿望吧。”刘良听了，没再说话。刘良死后，刘秀想起他临终的请求，就赦免了李子春。刘秀还提拔赵熹为平原太守。 二月乙未日（月末），发生了日食。
夏季，四月乙卯日，刘秀前往章陵； 五月乙卯日，返回皇宫。 六月癸巳日，临淮怀公刘衡去世。
建武十五年（公元39年）
大司徒韩歆性格直爽，说话毫不避讳，常让刘秀下不来台。他在刘秀面前断言当年会闹饥荒，言辞激烈，结果被罢官回乡。刘秀仍不解气，派人斥责，韩歆和儿子韩婴无