五月，匈奴侵犯河东郡。
建武十四年（公元38年 ）
夏季，邛谷王任贵派使者来京城汇报过去三年的人口、钱粮等情况，刘秀当即任命他为越巂太守。
秋季，会稽郡发生严重的瘟疫。
莎车王贤、鄯善王安都派使者来京城进贡。西域各国深受匈奴繁重赋税的压迫，都希望归属汉朝，请求汉朝重新设置都护府。刘秀因为国内刚刚安定，没有答应。
太中大夫梁统上奏说：“我发现，汉元帝初元五年，减轻了三十四条死刑罪的刑罚；汉哀帝建平元年，又减轻了八十一条。其中有四十二条是针对亲手杀人的，把死刑减为服苦役。从那以后，这成了固定的法律标准，结果人们不再把犯法当回事，官吏也随便杀人。我听说治理国家，要以仁义为主。仁，就是爱护百姓；义，就是维护公正。爱护百姓就要铲除残暴，维护公正就要消除混乱。刑罚的轻重应该适中，不能一味从轻。汉高祖建国后，制定法律，很合理；汉文帝只是废除了肉刑和连坐法，其他都沿用旧制。到了汉哀帝、汉平帝，他们在位时间短，处理的案件少。丞相王嘉随意改动法律，废除了先帝定下的很多法规，几年时间就改了一百多条，有些不符合常理，有些让百姓不满意。我把其中对国家危害最大的整理出来，附在奏章后面。希望陛下下诏让有关部门仔细研究，挑选好的，制定出稳定不变的法律。”刘秀把奏章交给公卿们讨论。光禄勋杜林上奏说：“汉朝刚建立时，废除了严苛的法令，天下百姓都很高兴。可后来，法令越来越繁杂。有人送点水果、蔬菜，就被当成贪污；一些不影响大义的小事，却要判重刑。结果法律管不住人，命令也制止不了恶行，上下互相逃避责任，问题越来越严重。我认为应该沿用原来的制度，不用改动。”梁统又上奏说：“我建议的，不是要严刑峻法。《经》上说：‘治理百姓，刑罚要适中。’适中，就是不轻不重。从汉高祖到汉宣帝，天下太平；到了汉元帝、汉平帝时，盗贼越来越多，就是因为刑罚轻重不当，让坏人容易犯法。由此可见，减轻刑罚反而带来大麻烦，这是纵容了坏人，却害了好人！”这件事最后不了了之，刘秀没有做出答复。
建武十五年（公元39年）
春季，正月辛丑日，大司徒韩歆被免职。韩歆这人说话直来直去，有啥说啥，刘秀常常觉得受不了。有一次，韩歆在刘秀面前预测当年会闹饥荒，一边说一边指指点点，言辞非常激烈，因此被罢官，遣返回乡。可刘秀还是气不过，又派使者拿着诏书去责备他。韩歆和儿子韩婴走投无路，最后自杀了。韩歆向来名声很好，这次死得冤枉，很多人都觉得不公平。刘秀后来也后悔了，就追赐钱财谷物，按照礼仪厚葬了他。
司马光评论说：从前商高宗对傅说说：“吃了药如果不感到昏眩，疾病就难以痊愈。”那些恳切率直的谏言，对臣子来说可能有危险，但对国家却是好事。所以君主应该日夜渴求这样的谏言，就怕听不到。可惜啊，在刘秀这样贤明的时代，韩歆却因为直言进谏而死，这难道不是刘秀仁明形象的一个污点吗？
正月丁未日，昴宿星旁出现了彗星。
刘秀任命汝南太守欧阳歙为大司徒。
匈奴侵扰边境越来越频繁，地方官府根本抵挡不住。 二月，刘秀派吴汉率领马成、马武等人向北攻打匈奴，还把雁门、代郡、上谷三郡的官吏百姓共六万多人，迁到居庸关、常山关以东，好躲避匈奴的侵害。这下匈奴左部又趁机搬到了边塞以内，朝廷很头疼，只好增加边境驻军，每个据点都部署几千人。
夏季，四月丁巳日，刘秀分封皇子：刘辅为右翊公，刘英为楚公，刘阳为东海公，刘康为济南公，刘苍为东平公，刘延为淮阳公，刘荆为山阳公，刘衡为临淮公，刘焉为左翊公，刘京为琅邪公。 四月癸丑日，刘秀追谥哥哥刘演为齐武公，哥哥刘仲为鲁哀公。刘秀感念刘演没完成大业就牺牲了，对刘演的两个儿子刘章、刘兴特别疼爱。因为他们从小身份尊贵，刘秀想让他们多接触政务，就先让刘章代理平阴县令，刘兴任缑氏县令。后来，刘章升任梁郡太守，刘兴升任弘农太守。
刘秀发现各地上报的垦田数量很多都不实，户口和年龄的登记也有虚报、瞒报的情况，就下令让各州郡重新核查。结果刺史、太守们很多都弄虚作假，借着丈量土地的名义，把百姓赶到田地里，连房屋、村落都一起丈量，百姓们被逼得在路上哭喊。而且他们还偏袒豪强，欺负弱小。当时各州郡都派使者来京城汇报情况，刘秀看到陈留郡官吏的文书上写着：“颍川、弘农可以查问，河南、南阳不能查问。”刘秀问那个官吏这是什么意思，他死活不承认，还撒谎说是在大街上捡到的，刘秀很生气。这时候，十二岁的东海公刘阳正在帷帐后面，他说：“这肯定是郡里的指令，让使者参照其他郡