八月,刘秀亲自率领众将领征讨五校军。丙辰日,刘秀到达内黄,在羛阳大破五校军,五万敌军投降。
刘秀派游击将军邓隆协助朱浮讨伐彭宠。邓隆驻军潞南,朱浮驻军雍奴,二人派官吏向刘秀奏报军情。刘秀看完奏章后十分生气,对来奏报的官吏说:“两军营地相距百里,这种阵势怎么能相互照应!等你回去,邓隆的军队必定战败。”果然,彭宠派轻装部队攻打邓隆,将其打得大败,而朱浮因距离太远,无法救援。
盖延围攻睢阳数月,终于将其攻克。刘永逃到虞县,虞县人反叛,杀掉了他的母亲和妻子。刘永只带着几十名部下逃到谯县。苏茂、佼强、周建集结三万多人马援救刘永,盖延在沛西迎战,将他们打得大败。刘永、佼强、周建逃到湖陵坚守,苏茂则逃回广乐,盖延趁机平定了沛、楚、临淮等地。
刘秀派太中大夫伏隆持符节出使青州、徐州,招降各郡国。青、徐两地的盗贼听说刘永战败,都惊慌失措,纷纷请求投降。张步派属官孙昱跟随伏隆到洛阳上书,并献上鳆鱼。伏隆是伏湛的儿子。
堵乡人董欣在宛城反叛,逮捕了南阳太守刘驎。扬化将军坚镡攻打宛城,成功将其收复,董欣逃回堵乡。
吴汉在南阳各县攻城略地,所到之处多有侵扰暴虐之举。破虏将军邓奉请假回新野,看到吴汉的军队劫掠自己的家乡,愤怒不已,于是起兵反叛,击败了吴汉的军队,驻扎在淯阳,与各路贼寇联合起来。
九月壬戌日,刘秀从内黄返回洛阳。
陕县贼寇苏况攻破弘农,刘秀派景丹前去征讨。不料景丹病逝,征虏将军祭遵又去攻打弘农、柏华、蛮中的贼寇,将这些地方全部平定。
赤眉军打算向西前往陇地,隗嚣派将军杨广迎击,将其击败,又在乌氏、泾阳之间再次将赤眉军打败。赤眉军逃到阳城、番须一带时,遭遇大雪,山谷都被积雪填满,很多士兵被冻死。无奈之下,赤眉军只好折返,还挖掘西汉皇陵,盗取陪葬的珍宝。凡是穿着金缕玉衣下葬的尸体,看起来都栩栩如生,赤眉军甚至侮辱了吕后的尸体。邓禹派兵在郁夷攻打赤眉军,却反被打败,只好退到云阳。赤眉军再次进入长安。延岑驻军杜陵,赤眉军将领逢安前去攻打。邓禹见逢安率精兵在外,便趁机率军袭击长安,没想到谢禄赶来救援,邓禹兵败逃走。延岑则趁机攻打逢安,大破赤眉军,逢安的军队死伤十多万人。廖湛率领十八万赤眉军攻打汉中王刘嘉,刘嘉在谷口迎战,将其打得大败,刘嘉还亲手斩杀了廖湛,随后率军到云阳筹集粮草。刘嘉妻子的兄长是新野的来歙,他是刘秀姑姑的儿子。刘秀让邓禹招降刘嘉,刘嘉便由来歙引领,向邓禹投降。但刘嘉的丞相李宝态度傲慢无礼,被邓禹斩杀。
这年冬天十一月,刘秀任命廷尉岑彭为征南大将军。在一次朝会中,刘秀指着王常对群臣说:“这个人率领下江诸位将领辅佐汉室,心如金石般坚定,真是忠臣啊!”当天,刘秀就任命王常为汉忠将军,让他与岑彭率领建义大将军朱祜等七位将军,前去征讨邓奉和董欣。岑彭等人先攻打堵乡,邓奉出兵救援。朱祜战败,被邓奉俘虏。
铜马、青犊、尤来等残余贼寇共同拥立孙登为天子。但孙登的部将乐玄将他杀掉,带着五万多人向刘秀投降。
自从冯愔反叛后,邓禹的威望逐渐受损,军中又缺乏粮草,多次作战失利,前来归附的人也日益离散。赤眉军和延岑在三辅地区肆意作乱,各郡县的世家大族也纷纷拥兵自重,邓禹无力平定局势。于是,刘秀派偏将军冯异代替邓禹前去征讨,还亲自将冯异送到河南,告诫他说:“三辅地区历经王莽、更始帝的战乱,又遭受赤眉军和延岑的残酷劫掠,百姓生活在水深火热之中,无处诉苦。将军如今奉命讨伐不法之徒,对于归降的营垒,要将其首领送到京师;遣散普通百姓,让他们回家务农;毁掉营垒,防止他们再次聚集。征战并非一定要占领土地、屠杀城池,关键在于平定局势,让百姓安居乐业。其他将