八月，刘秀亲自率领众将领征讨五校军。丙辰日，刘秀到达内黄，在羛阳大破五校军，五万敌军投降。
刘秀派游击将军邓隆协助朱浮讨伐彭宠。邓隆驻军潞南，朱浮驻军雍奴，二人派官吏向刘秀奏报军情。刘秀看完奏章后十分生气，对来奏报的官吏说：“两军营地相距百里，这种阵势怎么能相互照应！等你回去，邓隆的军队必定战败。”果然，彭宠派轻装部队攻打邓隆，将其打得大败，而朱浮因距离太远，无法救援。
盖延围攻睢阳数月，终于将其攻克。刘永逃到虞县，虞县人反叛，杀掉了他的母亲和妻子。刘永只带着几十名部下逃到谯县。苏茂、佼强、周建集结三万多人马援救刘永，盖延在沛西迎战，将他们打得大败。刘永、佼强、周建逃到湖陵坚守，苏茂则逃回广乐，盖延趁机平定了沛、楚、临淮等地。
刘秀派太中大夫伏隆持符节出使青州、徐州，招降各郡国。青、徐两地的盗贼听说刘永战败，都惊慌失措，纷纷请求投降。张步派属官孙昱跟随伏隆到洛阳上书，并献上鳆鱼。伏隆是伏湛的儿子。
堵乡人董欣在宛城反叛，逮捕了南阳太守刘驎。扬化将军坚镡攻打宛城，成功将其收复，董欣逃回堵乡。
吴汉在南阳各县攻城略地，所到之处多有侵扰暴虐之举。破虏将军邓奉请假回新野，看到吴汉的军队劫掠自己的家乡，愤怒不已，于是起兵反叛，击败了吴汉的军队，驻扎在淯阳，与各路贼寇联合起来。
九月壬戌日，刘秀从内黄返回洛阳。
陕县贼寇苏况攻破弘农，刘秀派景丹前去征讨。不料景丹病逝，征虏将军祭遵又去攻打弘农、柏华、蛮中的贼寇，将这些地方全部平定。
赤眉军打算向西前往陇地，隗嚣派将军杨广迎击，将其击败，又在乌氏、泾阳之间再次将赤眉军打败。赤眉军逃到阳城、番须一带时，遭遇大雪，山谷都被积雪填满，很多士兵被冻死。无奈之下，赤眉军只好折返，还挖掘西汉皇陵，盗取陪葬的珍宝。凡是穿着金缕玉衣下葬的尸体，看起来都栩栩如生，赤眉军甚至侮辱了吕后的尸体。邓禹派兵在郁夷攻打赤眉军，却反被打败，只好退到云阳。赤眉军再次进入长安。延岑驻军杜陵，赤眉军将领逢安前去攻打。邓禹见逢安率精兵在外，便趁机率军袭击长安，没想到谢禄赶来救援，邓禹兵败逃走。延岑则趁机攻打逢安，大破赤眉军，逢安的军队死伤十多万人。廖湛率领十八万赤眉军攻打汉中王刘嘉，刘嘉在谷口迎战，将其打得大败，刘嘉还亲手斩杀了廖湛，随后率军到云阳筹集粮草。刘嘉妻子的兄长是新野的来歙，他是刘秀姑姑的儿子。刘秀让邓禹招降刘嘉，刘嘉便由来歙引领，向邓禹投降。但刘嘉的丞相李宝态度傲慢无礼，被邓禹斩杀。
这年冬天十一月，刘秀任命廷尉岑彭为征南大将军。在一次朝会中，刘秀指着王常对群臣说：“这个人率领下江诸位将领辅佐汉室，心如金石般坚定，真是忠臣啊！”当天，刘秀就任命王常为汉忠将军，让他与岑彭率领建义大将军朱祜等七位将军，前去征讨邓奉和董欣。岑彭等人先攻打堵乡，邓奉出兵救援。朱祜战败，被邓奉俘虏。
铜马、青犊、尤来等残余贼寇共同拥立孙登为天子。但孙登的部将乐玄将他杀掉，带着五万多人向刘秀投降。
自从冯愔反叛后，邓禹的威望逐渐受损，军中又缺乏粮草，多次作战失利，前来归附的人也日益离散。赤眉军和延岑在三辅地区肆意作乱，各郡县的世家大族也纷纷拥兵自重，邓禹无力平定局势。于是，刘秀派偏将军冯异代替邓禹前去征讨，还亲自将冯异送到河南，告诫他说：“三辅地区历经王莽、更始帝的战乱，又遭受赤眉军和延岑的残酷劫掠，百姓生活在水深火热之中，无处诉苦。将军如今奉命讨伐不法之徒，对于归降的营垒，要将其首领送到京师；遣散普通百姓，让他们回家务农；毁掉营垒，防止他们再次聚集。征战并非一定要占领土地、屠杀城池，关键在于平定局势，让百姓安居乐业。其他将