刘恭知道赤眉军肯定会失败，就偷偷教弟弟刘盆子归还玉玺，还让他练习推辞的话。正月初一大会上，刘恭先开口说：“各位拥立我弟弟做皇帝，这份恩德实在深厚！但他在位快一年了，天下越来越乱，实在没法带领大家成事，恐怕就算死了也没用，希望能让他退为平民，另选贤能的人，还请各位考虑！”樊崇等人连忙道歉：“这是我们的错。”刘恭再三请求，有人不耐烦地说：“这哪是你式侯该管的事？”刘恭吓得赶紧起身离开。
这时刘盆子起身，解下玉玺，叩头说：“现在虽然有了皇帝，但大家还跟从前一样当贼，四方百姓都怨恨我们，不再信任归附，这都是因为拥立的人不合适啊！我恳请辞去皇位，给有才能的人让路！如果非要杀我来谢罪，我也绝不逃避！”说完痛哭流涕。樊崇和在场几百人都觉得他可怜，纷纷离席叩头说：“是我们不好，辜负了陛下！今后一定不再放纵！”他们一起把刘盆子扶起来，强行给他戴上玉玺。刘盆子大喊大叫，也没办法。
散会后，各营都闭门自守，三辅地区的人都觉得皇帝懂事，百姓争相回到长安，街市渐渐恢复热闹。可二十多天后，赤眉军又出来大肆抢掠，和以前一样。
刁子都被部下杀死，残部和其他贼寇在檀乡会合，号称檀乡贼，侵扰魏郡、清河。魏郡大吏李熊的弟弟李陆谋反，想里应外合迎接檀乡贼。有人向魏郡太守铫期告发，铫期召来李熊质问，李熊叩头认罪，说愿意和老母一起死。铫期说：“如果当官吏不如当贼开心，你就带老母去投靠李陆吧！”派人把他送出城。李熊找到李陆，带他到邺城西门，李陆羞愧难当，自杀谢罪。铫期叹息不已，以礼安葬了他，还让李熊官复原职，郡里人都很佩服他的威信。
刘秀派吴汉率王梁等九位将军，在邺东漳水攻打檀乡贼，大获全胜，十多万敌军投降。又让王梁和杜茂率军安抚魏郡、清河、东郡，平定了各地营垒，三郡从此安定，交通也恢复畅通。
庚辰日，刘秀分封所有功臣为列侯，邓禹封梁侯、吴汉封广平侯，都享有四个县的食邑。博士丁恭反对说：“古代封诸侯不超过百里，强干弱枝才能治理好国家。现在封四县，不合规矩。”刘秀说：“古代亡国都是因为君主无道，没听说过功臣封地多就会亡国的。”阴乡侯阴识是阴贵人的哥哥，按军功该增封，他却叩头推辞：“天下刚定，有功的将帅很多，我身为外戚，再增加封邑，没法向天下人交代。这是让亲戚受赏，让功臣寒心啊！”刘秀同意了。
刘秀让将领们自己挑选封地，大家都选富饶的县，只有河南太守丁绵请求封在本乡。有人问为什么，他说：“我能力功劳都小，能封个乡亭就很不错了！”刘秀答应了，封他为新安乡侯。刘秀让郎中冯勤负责分封事宜，冯勤根据功劳大小、封地远近和土地肥瘦来分配，大家都心服口服。刘秀觉得他有本事，让他总管尚书事务。按旧规矩，尚书郎要由有经验的令史升任，刘秀开始提拔孝廉担任。
刘秀在洛阳建高庙，四季合祭汉高祖、汉文帝、汉武帝；在宗庙右边建社稷坛；在城南设立祭天的郊兆。
长安城里没粮了，赤眉军抢了珍宝，放火烧了宫殿和街市，肆意杀掠，城里没人敢出门。他们向西进军，号称百万大军，从南山一路抢掠，进入安定、北地。邓禹率军南下到长安，驻扎在昆明池，拜祭高庙，收集了十一位皇帝的神主牌位，送到洛阳；还巡视皇家园陵，安排士兵守护。
真定王刘杨编造谶语：“赤九之后，瘿杨为主。”他脖子上长了瘤子，想借此迷惑众人，还和绵曼贼勾结。刘秀派陈副、邓隆去征召他，刘杨紧闭城门不让进。刘秀又派耿纯持节巡视幽、冀，秘密命令他逮捕刘杨。耿纯到真定后住在驿站，邀请刘杨见面。耿纯是真定宗室出身，刘杨没怀疑，加上自恃人多势众，而耿纯态度温和，就带了随从去见他。刘杨兄弟带着卫兵在门外等候，刘杨进去后，耿纯以礼相待，又邀请他的兄弟们一起进来，然后关门，把他们全杀了，随后带兵离开。真定人都吓坏了，没人敢反抗。刘秀念刘杨谋反还没行动就被杀，又封他儿子为真定王。
二月己酉日，刘秀到修武巡视。
鲍永、冯衍确认更始帝已死，就为他发丧，放出储大伯等人，上交印绶，解散军队，头戴布巾到河内见刘秀。刘秀问鲍永：“你的军队呢？”鲍永离开座位叩头说：“我侍奉更始帝，没能保全他，实在没脸带着他的军队来邀功请赏，所以都解散了。”刘秀说：“你说得很对。”但心里不太高兴。后来鲍永因立功被任用，冯衍却被冷落。鲍永对冯衍说：“当年高祖赦免季布的罪，杀了丁固，如今有明主在上，你还担心什么？”冯衍说：“有人调戏邻居的妻子，年纪大的骂他，年纪小的回应他。后来丈夫死了，这人娶了年纪大的。有人问他：‘她不是骂过你吗？’他说：‘当别人妻子时，我希望她回应我；当我妻子时，我希望她骂别人！’天命难测，人道却能坚守，坚守道义的臣子，不怕死亡！”
大司空王梁多次违抗诏令，刘秀大怒，派宗广持节到军中杀他，宗广用囚车把他