窦融到任后，安抚结交当地豪杰，团结羌人，很得人心。当时，酒泉太守、安定人梁统，金城太守库钧，张掖都尉、茂陵人史苞，酒泉都尉竺曾，敦煌都尉辛肜，都是所在郡县的杰出人才，窦融和他们交情深厚。更始帝败亡后，窦融和梁统等人商议：“如今天下大乱，不知该归附谁。河西地处偏远，处在羌人和胡人中间，如果我们不齐心协力，就无法自保。但大家权力相当，又没有谁能统领众人，应该推举一人做大将军，共同保全河西五郡，再看局势变化。”大家达成共识后，却都相互谦让。按地位次序，众人都推举梁统，梁统坚决推辞，于是大家推举窦融代理河西五郡大将军事。武威太守马期、张掖太守任仲孤立无援，窦融等人就写信告知情况，两人马上交出印绶离开了。
随后，窦融任命梁统为武威太守，史苞为张掖太守，竺曾为酒泉太守，辛肜为敦煌太守。窦融自己仍住在属国，依旧兼任都尉的职务，还设置从事一职，负责监察五郡。河西地区民风淳朴，窦融等人施政也宽厚平和，上下和睦，百姓生活富足。他们整修军备，训练士兵，加强烽火警戒。每当羌人、胡人侵犯边塞，窦融就亲自率军，和各郡军队相互救援，每次都能按照约定赶到，还总能打败敌人。后来，羌人、胡人都被震慑住，纷纷归附。内地郡县为躲避战乱和饥荒的流民，也源源不断地前来投奔。
王莽统治时期，天下百姓都怀念汉朝的恩德。安定郡三水的卢芳住在左谷中，谎称自己是汉武帝的曾孙刘文伯，说“曾祖母是匈奴浑邪王的姐姐”，经常用这种话在安定一带迷惑众人。王莽末年，他和三水属国的羌人、胡人一起起兵。更始帝到长安后，征召卢芳为骑都尉，让他镇守安抚安定以西地区。更始帝败亡后，三水的豪杰们共同拥立卢芳为上将军、西平王。卢芳派使者和西羌、匈奴和亲结盟。匈奴单于认为：“汉朝已经灭亡，刘氏后人来归附，我也应该像当年扶立呼韩邪单于那样，让他尊奉我。”于是派句林王率领几千骑兵，迎接卢芳兄弟进入匈奴，还拥立卢芳为汉帝，任命卢芳的弟弟卢程为中郎将，带领匈奴骑兵回到安定。
刘秀因为关中地区还没有平定，而邓禹又长时间不进军攻打长安，就下诏书责备他说：“司徒你好比尧，而那些贼寇就像桀。长安的官吏百姓惶恐不安，无处依靠，你应该及时进兵讨伐，安抚西京的百姓，让他们安心。”但邓禹还是坚持之前的想法，转而攻打上郡的各县，又征集兵员、转运粮草，回到大要县。积弩将军冯愔、车骑将军宗歆驻守栒邑，两人争权夺利，冯愔一怒之下杀了宗歆，接着又反过来攻打邓禹。邓禹派使者把情况报告给刘秀。
刘秀问使者：“冯愔最亲近的人是谁？”使者回答：“是护军黄防。”刘秀推测冯愔和黄防不会长久和睦，早晚会反目，就回复邓禹说：“抓住冯愔的，一定是黄防。”于是派尚书宗广拿着符节去劝降。一个多月后，黄防果然逮捕了冯愔，带着他的部众向宗广请罪。更始帝的将领王匡、胡殷、成丹等人也都向宗广投降，宗广带着他们向东返回。走到安邑时，这些人想趁机逃跑，宗广把他们全杀了。冯愔反叛时，带兵向西攻打天水，隗嚣出兵迎战，在高平将其击败，缴获了他的全部辎重。于是邓禹秉承刘秀的旨意，派使者拿着符节任命隗嚣为西州大将军，授权他可以自行决定凉州、朔方的事务。
腊祭之日，赤眉军举办宴会，歌舞作乐。酒还没开始喝，大臣们就互相争吵打斗起来。士兵们也趁机冲进宫殿，砍开宫门，抢夺酒肉，还互相残杀。卫尉诸葛穉听说后，带兵入宫，杀了一百多人，才平息混乱。刘盆子吓得日夜啼哭，侍从官员们都很同情他。
刘秀派宗正刘延攻打天井关，和守将田邑连续交战十多个回合，刘延没能前进。更始帝败亡后，田邑派使者请求投降，刘秀当即任命他为上党太守。刘秀又派谏议大夫储大伯拿着符节去征召鲍永。鲍永不知道更始帝是死是活，心存疑虑，不肯听从，还把储大伯关押起来，派使者快马加鞭前往长安，打听虚实。
当初，刘秀在宛县跟从更始帝时，娶了新野阴氏的女儿阴丽华为妻。这一年，刘秀派使者把阴丽华和自己的姐姐湖阳公主、妹妹宁平公主都接到洛阳，封阴丽华为贵人。更始帝的西平王李通之前娶了宁平公主，刘秀征召李通担任卫尉。
当初，更始帝任命王闳为琅邪太守，张步占据琅邪郡抵抗王闳。王闳劝降当地势力，拿下了赣榆等六个县，又收拢兵力和张步交战，但没能取胜。张步接受了刘永封的官号后，在剧县整顿军队，派将领攻打泰山、东莱、城阳、胶东、北海、济南、齐郡，全都攻了下来。王闳势力敌不过张步，就去见张步。张步大摆阵势接见他，生气地说：“我张步有什么罪，你之前拼命攻打我！”王闳手按宝剑说：“我奉朝廷命令行事，而你拥兵抗拒。我攻打叛贼，怎么能说过分呢！”张步赶紧起身下跪谢罪，还设宴款待王闳，把他当作贵宾，让他分管琅邪郡的事务。
建武二年（公元26年）春天正月初