寇恂返回上谷后，与长史景丹、耿弇一同率军南下，和渔阳的军队会合。一路上，他们斩杀王郎的大将、九卿、校尉及以下官员，累计斩获三万首级，接连平定涿郡、中山、巨鹿、清河、河间等二十二个县。等赶到广阿时，他们看到城中兵马众多，景丹等人握紧兵器喝问：“这是谁的军队？”对方回答：“是大司马刘公的军队！”众将大喜，立即赶到城下。一开始，城下传言渔阳、上谷的军队是为王郎而来，刘秀这边的人都十分恐慌。刘秀亲自登上西城楼，整兵询问情况；耿弇在城下拜见，刘秀马上将他召入城中，耿弇详细禀报了发兵经过。
刘秀把景丹等人都召进来，笑着说：“邯郸的将帅好几次说我会征调渔阳、上谷的军队，我只是随口回应‘我也正打算这么做’，没想到两郡的军队真的来帮我了！以后我就和诸位一起成就功名！”于是，刘秀任命景丹、寇恂、耿弇、盖延、吴汉、王梁为偏将军，让他们继续统领各自的军队；加封耿况、彭宠为大将军，还封耿况、彭宠、景丹、盖延为列侯。吴汉为人质朴敦厚，不善言辞，着急时连话都说不利索，但他沉着勇猛、足智多谋，邓禹多次向刘秀举荐，刘秀也逐渐亲近、重用他。
更始帝派尚书令谢躬率领六位将军讨伐王郎，却久攻不下。刘秀赶到后，与谢躬合兵一处，向东包围巨鹿，打了一个多月还是没能攻克。王郎派将领攻打信都，当地大户马宠打开城门，放敌军入城。更始帝派兵收复信都，刘秀让李忠回去代理太守事务。王郎又派倪宏、刘奉率领几万人救援巨鹿，刘秀在南?迎战，出师不利。关键时刻，景丹等人率领精锐突骑发起冲击，倪宏等人惨败而逃。刘秀感叹：“我早听说突骑是天下精锐，今天亲眼看到他们作战，真是太痛快了！”
耿纯向刘秀建议：“长时间围攻巨鹿，士兵们疲惫不堪，不如趁着大军士气正盛，直接进攻邯郸。要是王郎被灭，巨鹿不战自降。”刘秀采纳了这个建议。这年夏天四月，他留下将军邓满驻守巨鹿，自己率军进攻邯郸。经过多次激战，汉军屡屡获胜。王郎见状，派谏大夫杜威请求投降。杜威极力声称王郎确实是汉成帝的亲生儿子，刘秀反驳道：“就算汉成帝复活，天下也不可能再归他所有，何况这个冒牌的刘子舆！”杜威又请求封王郎为万户侯，刘秀说：“能保住性命就不错了！”杜威恼羞成怒，愤然离去。刘秀加紧攻城，二十多天后，五月甲辰日，王郎的少傅李立打开城门，汉军顺利占领邯郸。王郎趁夜逃跑，被王霸追上斩杀。
刘秀收缴了王郎的文书，发现其中有几千份官吏百姓与王郎往来勾结、诽谤自己的信件。刘秀看都没看，把众将召集起来，当着大家的面将信件全部烧毁，说：“让那些心怀不安的人安心吧！”刘秀重新分配士兵，让他们分别隶属于各军，将士们纷纷表示愿意归属大树将军。大树将军，指的就是偏将军冯异。他为人谦逊，从不夸耀自己的功劳，还告诫手下士兵，除非交战或遇到敌人，行军时一定要走在各营后面。每次部队停下来休息，众将都围坐在一起争论功劳大小，冯异却总是独自躲在树下，因此军中称他为“大树将军” 。
护军朱祜趁闲聊时对刘秀说：“长安朝政混乱，而您有帝王之相，这是天命所归！”刘秀开玩笑道：“快叫刺奸将军来抓护军！”朱祜吓得不敢再提。不久，更始帝派使者封刘秀为萧王，命令他解散军队，并让立下战功的将领一同前往更始帝驻地。同时，更始帝派苗曾担任幽州牧，韦顺为上谷太守，蔡充为渔阳太守，让他们前往北方赴任。
刘秀住在邯郸宫中，白天在温明殿休息，耿弇进入殿内，来到床边请求单独谈话，然后劝说道：“很多将士死伤，我请求回上谷补充兵力。”刘秀说：“王郎已灭，河北基本平定，还用兵做什么？”耿弇回答：“王郎虽死，但天下的战乱才刚刚开始。如今更始帝的使者从西边来，让我们罢兵，这可不能听。铜马、赤眉等数十支起义军，每支都有几十上百万人，他们势不可挡，更始帝根本对付不了，失败是迟早的事。”刘秀坐起来，假装生气：“你胡说八道，信不信我杀了你！”耿弇说：“大王像父亲一样厚待我，所以我才敢说真心话。”刘秀笑道：“我跟你开玩笑呢，你为什么这么说？”耿弇解释道：“百姓受够了王莽的统治，盼着刘氏复兴，听说汉军起义，无不欢欣鼓舞。可如今更始帝虽然称帝，但手下将领在崤山以东擅自作威作福，皇亲国戚在都城内横行霸道，烧杀抢掠无恶不作，百姓痛心疾首，反而怀念王莽在位的时候，所以我知道更始帝必败。您如今功名远扬，凭借正义之师征伐天下，只要发布一道檄文，就能平定四海。天下是无比重要的基业，您应该自己争取，别让外人抢了去。”
萧王刘秀以河北尚未平定为由，拒绝应召前往更始帝处，从此开始与更始帝离心。
当时，铜马、大彤、高湖等各路贼寇，各自带领着队伍，加起来总共有数百万人，在各地烧杀抢掠。刘秀打算攻打他们，便任命吴汉、耿弇为大将军，让他们持节到北方征调幽州十郡的精锐突骑。幽州牧苗曾得知消息后，暗中命令各郡不要听从调遣。吴