邛成太后去世时，丧事办得仓促，官吏为了赶工向百姓摊派赋税。皇帝听说后，将过错归咎于丞相和御史。冬十一月己丑日，皇帝下旨罢免丞相薛宣为平民，御史大夫翟方进降职为执金吾。二十多天后，丞相之位空缺，群臣大多举荐翟方进，皇帝也赏识他的才能。十一月壬子日，翟方进被提拔为丞相，封为高陵侯，诸吏、散骑、光禄勋孔光则被任命为御史大夫。
翟方进凭借经学入仕，做官时执法严苛，喜欢仗势立威。要是有人被他忌恨，就会被他用严苛的律法狠狠诋毁，不少人都遭他陷害。有人说他挟私报复、处事不公，可皇帝觉得他办事符合律法规定，并不认为他有错。
孔光是褒成君孔霸的小儿子，掌管尚书事务、处理朝廷核心政务长达十余年。他严守律法制度，遵循旧例办事。皇帝问他问题，他就依据经义律法，按自己认为正确的想法回答，从不迎合皇帝旨意。要是皇帝不采纳他的意见，他也不强谏，因此能长久安稳任职。孔光有时上奏建言，事后就把草稿销毁，他觉得把皇帝的过失写在奏章上，还借此表现自己忠诚正直，是臣子的大罪。他举荐人才，也生怕被举荐的人知道是他所为。休假回家和家人聊天时，从不谈及朝廷政事。有人问他：“温室殿里都种些什么树？”他默不作声，用其他话题岔开，保密工作做到了极致。
皇帝前往雍地，祭祀五帝之祠。
卫将军王商厌恶陈汤，上奏称：“陈汤胡说昌陵又要迁徙百姓，还说冬天出现黑龙，是皇帝多次微服出行引发的征兆。”廷尉判陈汤“妄议朝政，犯大不敬之罪”。皇帝念他曾立有功劳，将其贬为平民，流放到边疆。
皇帝认为赵飞燕能当上皇后，淳于长出了不少力，因此很感激他。为了表彰淳于长，皇帝旧事重提，宣扬他之前奏请停建昌陵的功劳，让公卿大臣商议是否该给他封爵。光禄勋平当反对：“淳于长虽然提过好建议，但不符合封爵条件。”结果平当因违逆旨意，被贬为巨鹿太守。皇帝还是下诏书，称常侍王闳、侍中兼卫尉淳于长最先提出停建昌陵的良策，赐两人关内侯爵位。而将作大匠解万年奸诈不忠，害得百姓受苦，与陈汤一同被流放到敦煌。
早年，少府陈咸、卫尉逢信的资历都比翟方进老。翟方进后来居上，当了京兆尹，和陈咸关系很好。御史大夫空缺时，三人都是有名望的大臣，都在候选人之列，最后翟方进得到了这个职位。恰逢丞相薛宣获罪，牵连到翟方进，皇帝派五位二千石官员一同审问丞相和御史。陈咸趁机斥责翟方进，想找出他的把柄，翟方进因此怀恨在心。
陈汤向来凭借才能得到王凤和王音的赏识，陈咸、逢信和他关系密切，陈汤也多次在王凤、王音面前举荐他们，使得两人当上了九卿。等王商将陈汤贬逐后，翟方进趁机上奏：“陈咸、逢信攀附陈汤谋求举荐，毫无廉耻之心。”于是两人都被罢官。
这一年，琅邪太守朱博调任左冯翊。朱博治理郡县有一套独特方法，他常常让下属各县任用当地豪强担任重要官吏，根据他们的特长安排文武职务。县里要是出现大盗或者突发状况，朱博就写信假意斥责当地官员，要是对方尽力办事有成效，必定给予厚赏；要是有人心怀欺诈、办事不力，马上就会受到惩罚。因此，当地豪强都被他震慑住，各项事务都能顺利完成。
永始三年（公元前14年）
春正月己卯日是月底，发生了日食。
当初，皇帝听从匡衡的建议，废除了甘泉泰畤（祭祀天神的场所）。废除当天，大风就吹坏了甘泉的竹宫，直径十围以上的大树被吹折上百棵。皇帝觉得奇怪，询问刘向。刘向回答：“普通百姓都不愿断绝家族祭祀，更何况是国家的神圣祭坛！况且甘泉泰畤、汾阴后土祠，以及雍地的五畤，当初建立时都有神灵显应，并非随意修建。汉武帝、汉宣帝时，隆重祭祀这三处神祠，礼数完备，常有神奇光芒显现。祖宗定下的神祠旧址，确实不该轻易变动。之前先是采纳贡禹的建议废除神祠，后来的人又跟着改来改去。《易大传》说：‘欺骗神灵的人，灾祸会殃及三代。’恐怕这灾祸不会只落在贡禹等人身上！”
皇帝听后很后悔，又因为一直没有子嗣，冬十月庚辰日，他请示太后，让太后下诏，恢复甘泉泰畤、汾阴后土祠的祭祀，雍地五畤、陈宝祠，以及长安和各郡国着名的神祠，也都一一恢复祭祀。
当时，皇帝因为一直没有子嗣，便痴迷于鬼神之说和方术之类的东西。不少人上书谈论祭祀和方术，得以等待皇帝召见，朝廷花在祠祭上的钱越来越多。
谷永劝皇帝说：“陛下，只有真正明白天地万物的本性，才不会被神怪之说迷惑；清楚世间万事万物的情理，才不会被不伦不类的邪说欺骗。那些背离仁义正道，不遵守《五经》教诲，却大肆宣扬怪力乱神，过度推崇祭祀方法，乞求从毫无灵验的祠庙中获得福报，还有鼓吹世上有仙人，吃了长生不老药就能飞升，或是宣扬炼丹点金等法术的人，全都是奸邪之徒。他们用旁门左道蛊惑众人，心怀欺诈，就是为了蒙骗君主。听