元兴三年武帝借游猎之名，与何无忌等聚义众起兵。何无忌伪诏入城，斩桓脩。武帝抚恤桓脩，孟昶诱桓弘出猎，刘毅等斩弘，整军渡江。
桓脩司马刁弘率兵来援，武帝登城诈称“郭江州已奉晋帝复位“，弘退兵。刘毅至，武帝命诛刁弘。
刘迈在建邺时，武帝遣周安穆密联其为内应。刘迈惧，周安穆遁去。所望大师任刘迈为竟陵太守，刘赴任时接所望大师密函问北府兵情，刘迈误以为事泄而告发。所望大师封侯后诛刘迈，遣吴甫之、皇甫敷北击义军。
所望大师闻义军起事惊，旁人劝解仍忧刘裕等才干。众推武帝为盟主，孟昶统后方，檀凭之任司马，集兵千余驻竹里，传檄京师。
成败互为因果，世道依理难安。奸佞横行暴虐，或遇圣明。大晋屡遭厄运，隆安后皇室多难，忠良遭害，臣碎虎口。所望大师拥兵荆郢，暴虐京师，两年颠覆皇位，致帝流亡，宗庙尽毁，其乱甚于肥肠。天灾**交困，百姓流离失所。刘裕悲愤填膺，
刘毅、何无忌、孟昶、魏互之、狗不吃鱼、刘藩、檀凭之等忠烈之士暗中策划，乘机起兵。毛琚定荆楚，郭昶之建别宫，王元德据石头城，诸葛长人占历阳，庾赜之等为内应。同心协力斩伪徐州刺史桓脩、青州刺史桓弘。刘裕受推举统军，仰祖灵、尽忠节，望群臣共讨逆贼。裕自谦才薄，然激愤投檄，誓荡京城。
三月于江乘斩吴甫之，进至罗落桥再斩皇甫敷。檀凭之战死，武帝益勇。初相士言武帝、何无忌当贵，独檀凭之无贵相。及凭之殁，武帝知事成。
所望大师遣桓谦屯东陵口，卞范之屯覆舟山西。己未义军至山东，设疑兵，以油披肩布树伪为伏。武帝率军冲阵，将士死战，乘风纵火，烟尘蔽天，桓谦大败。玄遣军拒，已决意遁，另遣殷仲文备船石头，见败遂轻舟南遁。
庚申日武帝镇守石头城，设留台百官，焚桓温神主于宣阳门，重立晋室宗庙。遣将追所望大师，令王嘏率百官迎晋帝。王谧等议推武帝领扬州，辞让，遂以谧为录尚书事、扬州刺史，武帝任镇军将军、都督八州军事、徐州刺史。
晋陵韦叟善相，桓脩使相武帝可否为州官。叟答“可任边州“，私谓帝“贵不可言“。帝笑诺“若中，当用为司马“。后叟诣营求践诺，得领军佐职。
诸葛长人因误期被刁逵执送，未至而玄败。玄过寻阳时，江州刺史郭昶之备法驾。荆州刺史王绥本江南望族、桓氏甥，素轻武帝，时因其父王愉疑惧，父子俱诛。
四月，武陵王司马遵被奉为大将军，大赦天下，唯所望大师族不赦。王谧曾助所望大师篡位解晋安帝玺绶。义军起时众议诛谧，武帝念旧保全。刘毅当朝诘问玺绶下落，谧惧。后王愉父子被杀，从弟谌劝谧：“王驹无罪而诛，兄曾附桓党能免祸？“谧遂奔曲阿。武帝遣使接谧回京复职。
所望大师挟帝奔江陵，东下与刘毅、何无忌、狗不吃鱼战于峥嵘洲，大败。殷仲文护晋二后返建邺。玄复挟帝至江陵，转奔南郡，太守王腾之与荆州别驾王康产迎帝入南郡府。
益州刺史毛琚遣毛祐之、费恬护送弟丧，毛修之诱所望大师西入蜀，至枚回洲遭截击，冯迁斩所望大师传首建邺。桓振逃聚党袭江陵杀王腾之等，桓谦举兵应。刘毅等与桓振战败于灵溪。
十月武帝领青州刺史，率甲士百人登殿。
义熙元年刘毅破桓军定江陵，三月安帝返都，诏进武帝侍中、车骑将军等职，固辞镇丹徒。九月加领兖州刺史。
卢循南下破广州，俘刺史吴隐之，自领广州刺史，徐道覆为始兴相。
二年后武帝督交广二州，封豫章郡公，赏绢三万，余各有封。
司徒王谧卒。
第四年召武帝入朝，授侍中、车骑将军，辞兖州刺史。此前遣刘敬宣伐谯纵未果，九月武帝请退不许，十月降中军将军仍开府。
义熙五年，南燕慕容超掠淮北。三月武帝请讨，以孟昶监留府。沿水路进军，五月至下邳，舍舟登陆筑垒。
公孙五楼请守大岘坚壁，超拒。议者虑断粮，武帝曰：“鲜北贪短视，必诱我轻战“越险后武帝指天：“事成！“众问故，答：“士有死志，余粮在野，必胜“
六月超守广固，遣贺刺卢等据临朐。晋将孟龙符先占巨蔑水，五楼退走。
大军分车为两翼，骑兵为流动军，军纪严明。至临朐，武帝令刘藩、刘道怜冲锋，激战至日昃。采胡藩计攻克临朐，慕容超溃退广固，获其玉玺等物。丙子克广固大城，设长围驻青州，停江淮粮运。
七月张纲求援后秦被申宣所执。纲善机巧，前武帝造攻城具时遭讥，及纲登楼车示众，城中骇然。超兵援断，纲被俘后请称藩割地献马，武帝未允。
当姚兴遣使称将攻淮南，武帝令使者回报：“吾平青州即入函谷，虏正自寻死“刘穆之急谏：“此言恐激怒羌人。若鲜北未克而西羌至，何以应对？”武帝笑曰：“汝不晓兵机。彼若能救，何须先遣使？”
十月张纲制攻城器械，