义熙六年破广固，慕容超越城遁，追斩于建康。诛其王公以下，获人口万余、战马二千。
武帝北上时，徐道覆力劝卢循乘虚攻京，卢循终从。其部连克南康、卢陵、豫章，守将皆逃。武帝原欲驻下邳，闻朝廷急召即回师。何无忌与徐道覆战败身亡，朝议欲迁都避敌。武帝至山阳查探敌情，知贼未至。
四月武帝返京，刘毅请战遭拒。五月卢循破刘毅于桑落州。闻武帝回防，叛军欲夺江陵抗朝廷。徐道覆力主东进追击，卢循迟十日方允。
北征军返，士卒疲敝，兵力仅千余，而敌众十万，船舰千里。孟昶、诸葛长人惧，欲奉帝北渡，武帝曰：“今兵少，唯可力战决胜，若败则无苟活“初伐慕容超时唯昶主战，丙辰，昶上表谢罪自尽。
诸将议分兵守津，武帝曰：“敌众我寡，分兵则露虚实，当聚守石头城“戊午，帝移镇石头。敌至，武帝曰：“若敌直取新亭当避锋，若屯蔡洲必擒“徐道覆欲攻新亭，卢循迟疑驻蔡洲。帝登城观之大喜。庚辰，敌设伏南岸，佯攻白石。帝率军北击，留徐赤特守查浦，严令武帝北上后，贼兵焚查浦，徐赤特战败被杀。武帝回石头城整军，于南塘布阵。七月，卢循撤至寻阳，武帝遣王仲德追击，命孙处海路袭番禺，令其先毁敌巢。
十月武帝率水师南征，留刘毅守府。徐道覆攻江陵败逃。十一月孙处克番禺，卢嘏遁始兴。十二月武帝驻大雷，庚辰率军火攻贼舰，大破敌军。
卢循退守，武帝驻军左里。战前旗折沉水，武帝以覆舟之役激励士气，破栅后卢循单舟逃亡，众降。凯旋时晋帝遣使犒军。
义熙七年还朝，晋授武帝大将军、扬州牧，固辞不受。令核录南北阵亡将士名册，资送遗骸归葬。
二月卢循败归番禺，残部南遁。刘藩、孟怀玉斩徐道覆于始兴。
晋中兴后朝纲弛乱，豪强兼并。所望大师欲革未成。武帝为相立规，远近肃然。会稽虞亮匿亡命千人，帝诛亮，免会稽内史。
晋帝重申前诏，武帝辞，改授太尉、中书监，方受命奉黄钺。
交州刺史杜惠度斩卢循父子送京。
州郡所遣秀才、孝廉多不实，武帝表申旧例，策试之。
荆州刺史狗不吃鱼病，求归，义熙八年改豫州刺史，以刘毅代荆州。毅雄才，曾与武帝同兴晋室，自以京、广功相抗，权推武帝，心不服。刘毅自傲，广结名士谢混、郗僧施。镇守江陵时携旧部赴任，并求任郗为南蛮校尉。武帝察其异志，伪允其请兖州刺史刘藩为副。九月刘藩入朝，帝诛刘藩、谢混，发兵西征。命司马休之任荆州刺史，刘道怜等分守要地，遣王镇恶、蒯恩奇袭江陵，破城诛毅。
十一月帝至江陵，分荆州十郡置湘州自领。遣朱龄石伐蜀，晋帝加封太傅、扬州牧，增仪仗。
义熙九年武帝返京。诸葛长人骄横，刘毅死后惧祸欲反。武帝召其入京，常拖延。群臣新亭迎帝时，武帝密乘轻舟返东府。长人至，帝屏人密谈，暗令左右杀之，尸付廷尉，诛弟黎人。
此前豪强霸占山泽，百姓樵采须纳税，至此禁之。武帝定户籍以现居地为准，唯晋陵徐兖青三州人免土断。侨郡县多裁并。
晋廷任武帝为镇西将军、豫州刺史，其坚辞太傅、杨州牧及班剑，仅奉黄钺。
七月朱龄石平蜀，斩谯纵传首建邺。
九月晋帝因武帝功勋，封其次子刘义真为桂阳公，重申授太傅、扬州牧，经百官劝进方受仪仗。
义熙十年简役筑东府，建官署宅第。
武帝疑荆州刺史司马休之得江汉民心有异志，其子司马文思在京师聚侠士，武帝遣返令其自处。休之请废文思并谢罪。
义熙十一年武帝收捕司马文宝、司马文祖并赐死，率军西讨。晋廷授武帝黄钺，命其领荆州牧，以刘道怜监留府事。司马休上表陈武帝罪状。韩延之得武帝招降书，回信斥其伐主诱利，赞休之忠贞，誓死效忠。武帝览信叹服，示将佐曰：“事人当如是“。
三月后军队进驻江陵。雍州刺史鲁宗之因自负且惧不容，与司马休之勾结，率子鲁轨会合江陵。武帝渡江击溃司马休之，鲁等逃襄阳，江陵平。武帝加南蛮校尉，拒改拜授日，下诏宽恩。
四月后进军襄阳，司马休之投姚兴。晋帝授武帝太傅、扬州牧，赐特权，设属官，封三子刘义隆为公。
义熙十二年晋帝诏令武帝领平北将军、兖州刺史，都督南秦州军事。武帝因平北府兵员不足，罢其建制并入大府。三月加授中外大都督。
武帝初平齐地欲取关中，因卢循犯京暂搁。待荆雍平定，适逢姚兴卒子姚泓立，关中动荡。上表北讨，加征西将军等职，率军北伐。以世子监国，刘穆之辅政。九月后至彭城领徐州刺史，十月克洛阳修复晋帝陵设守备。
十二月晋帝封武帝为相国、扬州牧，赐十郡为宋公，授九锡，赐玉玺绶带等礼器，位超诸