崇祯元年，高第因“宁远之功”调任陕西巡抚。彼时陕西大旱，赤地千里，流民四起。他刚到西安，就遇上数千饥民围堵巡抚衙门，喊着“要饭吃，要活路”。高第推开卫兵，走到饥民中间，高声道：“我高第是河北农家子，知道饿肚子的滋味！三天之内，开仓放粮，谁要是克扣一粒米，我砍他的头！”
他说到做到，不仅开官仓，还带头捐出俸禄，劝说西安士绅捐粮。为长远计，他组织百姓修水渠，引泾水灌溉农田，亲自主持丈量土地，打击兼并的豪强。有个姓赵的乡绅，占了数百亩良田，买通官吏抗拒清查，高第带着衙役直接闯进赵家，当着百姓的面烧毁地契，把田分给佃农。百姓们跪在地上喊“高青天”，他扶起老人说：“我不是青天，只是记得自己也是庄稼人。”
在陕西，高第还大力整军。他发现边军军纪涣散，便从老家永平府调来旧部，组建“燕赵营”，亲自训练。操练场上，他虽已年近六旬，仍能策马驰骋，示范枪法。士兵们见巡抚如此，个个不敢懈怠，“燕赵营”后来成了镇压农民起义的劲旅。
崇祯三年，三子高承嗣出生。高第难得有了些闲暇，教三个儿子读书射箭。长子高承宗已能背诵《孙子兵法》，次子高承祖弓法精准，幼子高承嗣刚会走路，就爱抓着父亲的腰刀玩耍。李氏笑着说：“你把孩子们都教成武将了。”高第却摇头：“乱世需武备，治世靠文治，我要他们文武双全，将来不管世道怎么变，都能立足。”
五、宦海沉浮：起落之间的坚守
崇祯五年，高第升任兵部尚书，入朝辅政。朝堂上，党争激烈，东林党与阉党余孽互相倾轧。高第不依附任何一派，只按章法办事。有次，崇祯帝问他对“剿匪”与“安抚”的看法，他说：“匪是流民变的，流民是饿出来的。只剿不安，是扬汤止沸；只安不剿，是养虎为患。得双管齐下。”崇祯帝点头称是，却因朝臣反对，未能完全施行。
任兵部尚书期间，高第最头疼的是军饷。国库空虚，士兵常数月无饷，哗变时有发生。他奏请崇祯帝“节流”，削减宫中用度，惹得宦官们不满，常在皇帝面前说他坏话。有次，司礼监掌印太监王承恩借故刁难，扣发边军冬衣，高第直接闯进司礼监，指着王承恩的鼻子骂：“边关士兵在风雪里冻着，你却把冬衣堆在库房里发霉！你对得起先帝，对得起天下百姓吗？”王承恩被骂得哑口无言，只得发放冬衣。
崇祯七年，清军入关劫掠，逼近北京。高第自请督师，率军驰援。他在通州城外与清军激战，坐骑被流矢射中，摔落马下，他爬起来，挥刀砍杀，直到援兵赶到。此战后，他因“指挥失当”被革职，回永平府闲居。离京那天，只有几个老部下来送他，他拱手道：“我高第这辈子，对得起朝廷，对得起良心，足矣。”
六、乡居岁月：耕读传家的回归
回到高家庄，高第脱下官服，换上布衣，像个普通老农一样下地干活。他种了两亩水稻，说：“官当得再大，也得吃米，忘了怎么种庄稼，就忘了本。”闲暇时，他教村里的孩子读书，讲边关的故事，说：“读书不是为了当官，是为了明事理，辨是非。”
李氏此时已积劳成疾，高第每日为她煎药、按摩，陪她坐在院门口看夕阳。李氏说：“你这辈子，南征北战，我总担心你回不来。如今能守着你，守着孩子，比什么都好。”高第握着她的手，那双手曾为他缝补过军装，曾为他擦过伤口，如今布满皱纹，却依旧温暖。
崇祯十一年，李氏病逝。高第在她坟前守了三天三夜，说：“你等了我一辈子，这回，我守着你。”此后，他把家事交给长子高承宗，自己则潜心整理兵法心得，写成《守边策》一书，序言里写道：“兵者，凶器也，不得已而用之。守土安民，方是根本。”
这期间，三个儿子都已长大成人。高承宗承袭父职，在山海关从军；高承祖考取功名，任永平府推官，像父亲当年一样清正；高承嗣则在家务农，侍奉父亲。每逢佳节，一家人团聚，高第看着儿孙满堂，总说：“我这辈子，戎马半生，宦海沉浮，到头来，最踏实的还是这庄户院，这一家子人。”
七、乱世终局：遗恨与荣光
崇祯十七年，李自成攻破北京，崇祯帝自缢煤山。消息传到高家庄，高第如遭雷击，北向叩拜，恸哭不止：“臣无能，未能保大明江山！”不久，清军入关，永平府陷落。清军将领听说高第是前明兵部尚书，派人请他出山，许以高官厚禄。
高第把自己关在屋里，三天后出来，须发皆白。他对来使说：“我是大明的官，生是大明人，死是大明鬼。要杀要剐，悉听尊便。”清军将领敬重他的气节，没有杀他，只是派兵监视。
顺治二年，高第病重。弥留之际，他召来三个儿子，指着墙上的《守边策》手稿说：“这书，你们留着，不是为了复明，是为了让后人知道，守土安民，从来都不容易。”他又看向高承宗：“你在军中，要记住，兵是保民的，不是扰民的，不管给谁当兵，这个本分不能丢。”最后，他望着窗外的农田，轻声道：