元代完成大一统后，革故鼎新创立行省制度，成为中国区划史上的里程碑。全国设十余个行中书省，行省为中央派出机构，总揽一域军政民政，下辖路、府、州、县，层级清晰且权力统合；区划划分极致运用犬牙交错原则，跨山川、越流域设省，彻底消除地方割据的地理基础。同时，元代在边疆设宣政院辖西藏、澎湖巡检司管台澎、岭北行省统草原，将西藏正式纳入中央区划，实现对边疆的直接管控，又在少数民族聚居区设土司制度，延续羁縻治理，构建起覆盖全国的大一统区划框架。元代典籍对行省制度的记载尤为系统：《元史·地理志》 全面记载了岭北、辽阳、河南江北等十一个行省的疆域范围、隶属关系及路、府、州、县设置，明确宣政院“辖吐蕃等处宣慰司都元帅府”的特殊区划属性，是研究元代行省制的核心史料；《大元一统志》 作为元代官修全国地理总志，以行省为纲，逐一记载各地沿革、疆域、山川、物产，其对行省边界的精准描述，印证了“犬牙交错”的区划原则；《经世大典》 （残卷）中“治典·行政区划”部分，详细记录了行省、宣慰司、路、府、州、县的行政职权与层级关系，补充了土司制度在西南少数民族地区的具体实施情况。
辽宋夏金元的区划实践，是多民族文明融合的直接体现，中原的层级化、精细化治理经验与少数民族的全域化、军事化管控智慧相互借鉴，既强化了中央集权，又适配了多民族疆域的治理需求。从宋代的路制到元代的行省，区划的行政层级与管控效能不断优化，最终形成的行省制，成为中国古代区划体系的成熟形态，而上述典籍的记载，不仅为后世留存了各政权区划实践的珍贵史料，更完整勾勒出这一时期地理区划从多元并立到大一统整合的演进脉络，为后世王朝的疆域治理提供了不可替代的制度范本与历史参考。
而在紧随其后的明清两代，中国古代地理区划体系在元代行省制的基础上完成了精细化、制度化的最终定型，形成“省—府（州）—县”三级核心框架，同时通过边疆治理的革新与行政层级的优化，构建起兼具中央集权与地方适应性的区划格局，为现代中国的行政区划奠定了直接基础。这一时期，区划实践既延续了“犬牙交错、强干弱枝”的传统智慧，又针对多民族国家的治理需求，在边疆整合、土司制度改革、行政层级规范等方面实现了突破性发展，使地理区划成为维系大一统帝国疆域、凝聚多民族文化认同的核心支柱。
明代立国后，对元代行省制进行革新优化，以“分化权力、强化集权”为核心重构区划体系。朱元璋废行中书省，设“承宣布政使司”（仍习称“省”），全国初设十三布政使司（北直隶、南直隶及十一省），后增至十五省，布政使司仅掌民政与财政；另设提刑按察使司掌司法、都指挥使司掌军事，三者并称“三司”，互不统属、分别隶属于中央，彻底分割了元代行省的集中权力。省级之下，设府、州、县三级，府为核心行政单元，州分直隶州（隶属于省）与散州（隶属于府），县级则依人口、赋税分为上、中、下三等，层级清晰、权责明确。明代区划的创新性集中体现在边疆治理与特殊区域管控：在北方设九边重镇（如宣大、蓟辽），以军事卫所替代州县，形成“卫所制”与州县制并行的边疆区划；在西南少数民族聚居区推行“改土归流”，逐步废除土司世袭制，将其辖区改为府、州、县，纳入中央直接管辖，同时保留部分安抚司、长官司等土司单位，形成“流官与土司并存”的过渡格局；在东南沿海设卫、所、寨，强化海防区划，在台湾设澎湖巡检司（后升格为台湾府，隶属福建省），正式将台湾纳入中央行省体系。
明代典籍对区划体系的记载详实完备：《大明一统志》 作为官修地理总志，以十三布政使司为纲，详细记载各府、州、县的沿革、疆域、山川、户口、赋税、关隘，明确“三司”分权下的区划层级关系，其对边疆卫所与土司区域的记载，印证了明代“军政分治、因俗而治”的实践；《读史方舆纪要》 由顾祖禹编撰，以军事地理为核心，系统梳理明代各省、府、县的疆域格局与战略要地，对“犬牙交错”的区划边界与军事防御布局的记载，深刻体现了明代区划的集权逻辑；《明史·地理志》 则汇总明代疆域变迁与区划调整，清晰呈现了从十三布政使司到十五省的演变，以及府、州、县与卫所、土司的隶属关系，成为研究明代区划的核心史料。
清代承袭明代区划框架，进一步优化完善，形成“省