与朱熹“理学”相对的，是陆九渊的“心学”。陆九渊反对朱熹“格物致知”的外在探求，主张“心即理”——认为“天理”不在外物，而在人的本心之中，“宇宙便是吾心，吾心即是宇宙”，只需通过“发明本心”（向内反思），即可领悟真理。这种“向内求理”的路径，既吸收了禅宗“明心见性”的思想，也为明代王阳明“心学”的发展奠定了基础，形成了理学内部“程朱理学”与“陆王心学”两大流派的分野。
与此同时，辽、夏、金等少数民族政权虽以游牧文化为根基，却普遍吸纳儒家思想以巩固统治。辽代设立国子监，将《论语》《孝经》译为契丹文供贵族学习；西夏仁宗推行“崇儒兴学”，仿照宋代科举选拔儒生；金代则以朱熹《四书章句集注》为科举教材，让理学逐步传播至北方。这些政权并非简单“复制”汉儒思想，而是融入本民族文化特质——比如辽代将儒家“忠君”与契丹“部族忠诚”结合，西夏将“仁政”与党项“尚武精神”并存，形成了“多元一体”的思想融合形态，打破了儒家思想的民族界限。
元代统一后，理学正式成为全国性官方哲学。元仁宗恢复科举，以“四书五经”为考试内容，朱熹《四书章句集注》成为标准答案，标志着理学地位的最终确立。同时，元代思想界还呈现出“三教进一步合流”的趋势——全真教丘处机将道教“清静无为”与儒家“仁政”结合，向成吉思汗提出“敬天爱民”的治国建议；佛教禅宗继续保持“生活化”特质，与儒家伦理、道教养生相互渗透。此外，元代海外贸易的繁荣让阿拉伯文化、印度文化少量传入，虽未对主流哲学产生重大影响，却也为思想界增添了多元色彩。
辽宋夏金元时期的哲学，既是儒家思想“哲学化”的巅峰（理学集大成），也是多民族思想“交融共生”的典范。它不再是单一文明的思想演进，而是农耕与游牧、汉民族与少数民族、本土与外来文化碰撞的结果，最终为中国传统哲学注入了更丰富的内涵，也为明代思想的发展（如王阳明心学）开辟了道路。
而在紧随其后的明清两代，中国封建社会步入晚期——明代君主专制空前强化，清代则在统一多民族国家巩固的同时推行文化管控，这种“稳定与禁锢并存”的社会格局，让哲学思想呈现出“官方理学固化”与“民间思想突破”的双重态势，既延续了传统儒学的伦理内核，也孕育了近代思想启蒙的萌芽。
明代前期，程朱理学被确立为绝对官方思想。明太祖朱元璋将朱熹《四书章句集注》定为科举唯一标准，禁止士子偏离“朱注”解读经典；明成祖命人编纂《四书大全》《五经大全》，将理学思想压缩为僵化的考试范式。此时的理学已不再是宋代富有思辨活力的哲学体系，而是沦为“代圣贤立言”的政治工具——士子为科举功名，只会死记硬背“存天理，灭人欲”的教条，却鲜有对“天理”本质的独立思考，哲学思辨陷入严重停滞。
直到明代中后期，王阳明心学的崛起才打破这一僵局。王阳明继承陆九渊“心即理”的核心，进一步提出“致良知”与“知行合一”：他认为“良知”是人人先天具备的道德本性，“致良知”就是通过内心反思唤醒这一本性；而“知行合一”则批判“知而不行”的空洞理学，主张“知是行之始，行是知之成”，将道德认知与实践行动紧密绑定。其思想既简化了“求理”的路径（无需向外格物，只需向内省察），又强调个体主观能动性，深受中下层士子与平民欢迎——比如他在平定宁王叛乱时，以“良知”鼓舞士气，正是“知行合一”的实践体现。王阳明心学虽未取代程朱理学的官方地位，却为沉闷的思想界注入活力，甚至影响到李贽等“异端”思想家的出现。
明末清初，社会动荡（明末农民起义、清军入关）引发士大夫对传统思想的深刻反思，催生了以顾炎武、黄宗羲、王夫之为代表的“经世致用”思潮。他们批判宋明理学“空谈心性”脱离现实，主张“以史为鉴”“学以致用”：顾炎武提出“天下兴亡，匹夫有责”，将个人命运与社会治乱绑定，主张通过研究地理、典制解决实际问题（其着作《天下郡国利病书》聚焦民生利弊）；黄宗羲在《明夷待访录》中猛烈抨击君主专制，提出“天下为主，君为客”，甚至主张“公其是非于学校”（让学校成为议论政治的场所），暗含民主启蒙的色彩；王夫之则以朴素唯物主义批判“心学”“理学”的唯心倾向，提出“气者，理之依也”，认为物质（气）是规律（理）的基础，同时强调“习成而性与成”，主张人性并非先天固定，而是在实践中形成，为“经世致用”提供了哲学依据。
清代前期，统治者一方面延续明代科举制度，以程朱理学维系思想统治；另一方面推行严酷的文化管控（如文字狱），压制明末清初的启蒙思想——顾炎武、黄宗羲的着作被列为“禁书”，士子稍有“非议君权”的言论便会遭迫害。在这种高压下，部分学者转向“乾嘉学派”，专注于儒家经典的文字训诂、版本考证，虽在学术考据上成就斐然（如戴震《孟子字义疏证》通过考据批