元代作为大一统的多民族王朝，更是将“多元融合”的调解智慧推向极致。官方层面，设立“达鲁花赤”（监临官）监督调解，规定“诸色人等纠纷，需由懂其习俗者参与调解”——如处理蒙古人与汉人的债务纠纷时，需由蒙古官员、汉族乡老共同主持，依据《大元通制》与“蒙古旧例”协商；处理回回商人的商贸纠纷时，则邀请“回回哈的大师”（宗教法官）参与，参考伊斯兰教法调解，实现“各族习俗皆有体现”。民间层面，元代宗族调解与宗教调解并行：汉族宗族延续宋代《族规》调解传统；藏族、蒙古族等则通过“寺庙调解”化解纠纷，如西藏的“萨迦寺”，僧人会以藏传佛教“慈悲为怀”的理念劝导双方，再依据“部落惯例”裁定结果，宗教权威与世俗规则相结合，增强调解的约束力。
辽宋夏金元时期的协商调解，虽因政权差异呈现出多元形态，却通过“文化互鉴、因俗适配”的实践，打破了前代“单一文化主导”的局限，既丰富了调解的形式与依据，也为明代“礼法合一”、清代“满汉融合”的调解制度奠定了“多元共治”的基础。
而在紧随其后的明清两代，协商调解制度在“大一统治理强化”与“民间社会成熟”的双重推动下，进入“体系化定型”阶段——官方构建了从中央到基层的“层级化调解网络”，民间则形成以宗族、乡约、行会为核心的“自治性调解体系”，二者深度耦合，既强化了国家对基层的治理渗透，也保留了民间社会的自治空间，成为传统调解制度的“集大成形态”。
明代官方调解以“礼法合一”为核心，进一步细化层级与权责。在基层，朱元璋推行“里甲制度”，规定每110户为一“里”，设“里正”“老人”各一名，专门负责调解民间民事纠纷，《大明律》明确要求“凡民间婚姻、田宅、斗殴、债务纠纷，先由里正、老人调解，不服者方许告官”，若未经调解直接诉讼，需“笞五十”。“老人”的选任需经官府审核，需“年高有德、通晓礼法”，调解时需引用《大明律》与《朱子家礼》，既以律法明确是非，又以伦理化解对立，如处理继承纠纷时，既按“嫡长子继承制”定产权，又劝导诸子“和睦共处”，避免家族分裂。县级层面，设“知县”总领调解，下属“县丞”“主簿”分掌不同类型纠纷，且规定知县每月需“亲理民事”，对里甲调解无果的案件进行二次调解，调解成功需签订“和息状”，由知县署名存档，具备法律效力。中央层面，“刑部”与“大理寺”在处理跨区域、涉及权贵的复杂案件时，会联合“都察院”开展“三法司调解”，通过“集议”平衡各方利益，如明代中期处理江南盐商与官府的税收纠纷时，三法司召集盐商代表、地方官员共同协商，最终确定“定额纳税、超额奖励”的方案，既保障国家税收，也维护商人利益。
清代官方调解在明代基础上，更注重“满汉融合”与“边疆适配”。针对汉族聚居区，延续“里甲—州县—中央”的调解层级，但将“老人”改为“乡约”，并要求乡约每月召集村民宣读《圣谕广训》，以“忠君孝亲”思想引导调解；针对满族聚居区，设“佐领”“参领”负责调解，依据“八旗定制”处理纠纷，如满族旗人田宅纠纷，需结合“八旗土地分配制”与汉地“地契制度”协商；针对边疆民族地区，推行“土司调解”与“盟旗调解”——西南土司辖区内，由土司主持调解，依据“土司法规”与当地习俗，官府予以认可；蒙古地区则实行“盟旗制度”，由“札萨克”（旗长）调解旗内纠纷，涉及多旗的纠纷由“盟长”协调，调解结果需报理藩院备案，如处理蒙古部落的牧场纠纷时，既按“盟旗地界”定归属，也尊重“草原共用”的传统习俗，实现“因俗而治”。
明清民间调解以“自治性”为核心，形成多元主体协同的格局。宗族调解仍是核心——明清宗族势力达到顶峰，大族多编修《族规》《家训》，设“族正”“族老”专司调解，规定“族内纠纷无论大小，必先经族老调解，违者以族规惩处”，调解依据包括《族规》《大明律》《大清律例》，且调解结果可通过“祠堂审判”强化约束力，如清代安徽桐城张氏宗族处理族内子弟盗卖族田纠纷时，族老召集族人在祠堂调解，最终裁定“追回田产、罚子弟服劳役三月”，并将结果通报地方官府，官府予以认可。乡约调解则成为宗族调解的补充，明清乡约不仅是道德教化组织，更承担调解职能，如明代陕西《蓝田乡约》规定，乡约设“约正”“约副”，每月召开“约讲”，期间调解邻里纠纷，调解时需“公议是非，不偏不倚”，若双方不服，再移交官府。行会调解在明清商品经济繁荣背景下进一步成熟，北京、苏州、广州等城市的行会均制定《行规》，设“行头”“董事”负责调解行业纠纷，如苏州丝绸行处理“货期延误”纠纷时，行头会依据《行规》中“延误一日罚银五两”的条款，结合双方实际情况协商赔偿金额，既维护行业秩序，也保障商户权益。
此外，明清时期还出现“官督民调”的深度融合机制——官府通过“备案认可”“奖惩激励”引导