随后，到了三国两晋南北朝时期，长期的分裂动荡与频繁的自然灾害相互交织，促使社会各界在救灾实践中探索出更为多元的应对模式。政权更迭频繁的局势下，各割据势力为稳固统治，纷纷强化救灾体系建设。曹魏政权推行“屯田制”，通过军屯与民屯结合的方式，既解决流民安置问题，又储备了应对灾荒的战略物资；东吴则依托长江水系发展航运救灾，通过便捷的水上运输将粮食等物资迅速运往受灾地区。北魏孝文帝改革时，设立“义仓”于村社，规定每户按资产等级缴纳粮食，丰年积储、灾年赈济，这种基层互助性质的仓储制度，开创了民间力量参与救灾的先河。
这一时期，灾害认知在战乱与灾荒的双重刺激下呈现突破性进展。地理学家郦道元着《水经注》，不仅系统记载了全国水系分布，更对河流改道、洪水成因等进行深入分析，提出“山水有灵，亦当惊知己于千古矣”的生态理念，强调人类与自然的相互依存；医学家葛洪在《肘后备急方》中，记载了霍乱、天花等疫病的症状与防治方法，其中“以青蒿一握，水二升渍，绞取汁，尽服之”治疗疟疾的记载，为后世中医药抗灾防疫提供了重要参考。此外，数学家祖冲之在设计水碓、指南车等工具时，也充分考虑了灾年生产与运输的实际需求，将科技发明与救灾实践紧密结合。
文学艺术领域，灾害主题的创作更添悲怆与反思色彩。曹操《蒿里行》中“白骨露于野，千里无鸡鸣。生民百遗一，念之断人肠”的诗句，真实描绘了战乱灾荒下的人间惨象；陶渊明《怨诗楚调示庞主簿邓治中》以“炎火屡焚如，螟蜮恣中田。风雨纵横至，收敛不盈廛”诉说天灾人祸交织的苦难，寄托对安宁生活的向往。佛教、道教在乱世中的兴盛，也促使灾异观念与宗教思想深度融合，敦煌壁画中“九色鹿救溺人”等故事，借神话隐喻传递慈悲济世、互助抗灾的价值观，而《洛阳伽蓝记》对北魏时期灾荒与佛寺救济活动的记载，则展现了宗教力量在救灾中的特殊作用。三国两晋南北朝时期的灾害应对，在动荡中孕育创新，既延续了秦汉以来的制度传统，又为隋唐时期更为完善的救灾体系奠定了基础。
而在隋唐时期，国家再度走向大一统，高度发达的经济文化与完善的中央集权制度，推动灾害应对体系迈向新的高峰。隋朝建立后，隋文帝将义仓制度收归国有，设立“社仓”并制定《开皇令》，规定百姓按户等纳粮，“上户不过一石，中户不过七斗，下户不过四斗” ，形成了“官督民办、储粮备荒”的标准化运作模式。唐朝在此基础上构建起“太仓—正仓—义仓—常平仓”四级仓储体系，中央设户部度支司统筹全国救灾事务，地方州、县设立专职“知院官”负责灾情勘查与赈济，形成了“报灾—勘灾—审户—发赈”的完整流程。贞观年间，唐太宗推行“以工代赈”与“减膳撤乐”制度，既通过修筑公共工程安置灾民，又以帝王表率节约物资，使救灾效率大幅提升。
这一时期，灾害防治的科技与管理创新成果斐然。水利工程方面，唐朝兴建了包括木兰陂、它山堰等着名水利设施，采用“分水闸”“涵洞”等技术实现精准灌溉与防洪；在农业生产中，曲辕犁、筒车等新型农具的推广显着增强了农田抗灾能力。医学领域，孙思邈在《千金方》中系统总结了疫病防治经验，提出“上医医未病之病”的预防理念；官方则设立“太医署”，在灾年派遣医官奔赴各地救治病患。天文历法方面，僧一行主持编制《大衍历》，通过更精确的节气测算预测水旱灾害，其设计的“黄道游仪”也为天文观测提供了重要工具。
文学艺术对灾害的呈现达到了新的美学高度。杜甫“朱门酒肉臭，路有冻死骨”的尖锐批判，白居易《杜陵叟》中“典桑卖地纳官租，明年衣食将何如”的民生疾苦写照，皆将灾荒与社会矛盾紧密结合；柳宗元的《捕蛇者说》以永州蛇患隐喻苛政，借自然灾害反思政治治理。绘画领域，阎立本《步辇图》虽以政治外交为主题，却通过对西域使者服饰、驼队物资的描绘，侧面反映出丝路沿线应对风沙、干旱灾害的智慧。佛教壁画中的“药师经变”“观音救难”等题材，以艺术形式传递消灾祈福的愿景；而敦煌文书中保存的《灾疾文》《祈雨文》等民间文献，则真实记录了基层民众的抗灾实践与精神寄托。隋唐时期的灾害应对实践，以制度创新、科技突破与文化繁荣，成为中国古代防灾救灾体系的典范，其经验更跨越国界，深刻影响了东亚各国的灾害治理模式。
紧接着，在辽宋夏金元时期，多民族政权并立与频繁的政权更迭，促使灾害应对呈现出多元融合的鲜明特征。北宋建立后，在继承隋唐仓储制度的基础上，创立了“广惠仓”“惠民仓”等专项救灾仓储，宋神宗时期王安石变法推行“青