春秋战国时期，诸侯争霸与经济变革的浪潮，将关税制度推向了新的发展阶段。各诸侯国为增强国力、扩充财源，纷纷重视关市税收，关税政策开始与军事、外交战略紧密交织。齐国在管仲的改革下，推行“关市几而不征”的政策，降低关税壁垒，吸引各国商贾汇聚临淄，使齐国凭借商业繁荣成为春秋首霸；而秦国商鞅变法时，通过“重关市之赋”抑制商业发展，将资源集中于农业与军事，为秦国崛起奠定经济基础。《管子·海王》中提出“官山海”理论，主张国家控制盐铁等重要物资的进出口，以关税调节资源分配，这种宏观调控思想影响深远。
此时的关税征收体系更趋精细，《礼记·王制》记载“关执禁以讥，禁异服，识异言”，除经济职能外，关税关卡还承担着文化审查与边境管控功能。郑国商人弦高以牛犒劳秦军的典故，侧面反映出商人在国家外交中的特殊作用，也凸显出关税在保障战略物资流通方面的重要性。此外，《商君书》《韩非子》等着作中关于“利出于一孔”“重农抑商”的论述，从理论层面探讨了关税对经济结构的影响，而《史记·货殖列传》中记载的吕不韦等大商人的跨国贸易活动，则生动展现了当时关税制度下的商业生态。这些理论与实践的结合，让关税制度在春秋战国时期成为诸侯博弈的重要筹码，也为后世封建王朝的经济治理提供了丰富经验。
秦两汉时期，大一统王朝的建立促使关税制度迎来规范化与规模化的革新。秦朝统一六国后，凭借“车同轨，书同文”的政策，将分散的关隘整合为覆盖全国的贸易网络，在函谷关、武关等战略要地设关征税，以“关市律”明确税率与通关流程，严厉打击走私行为。出土的云梦秦简中，详细记载了对私运盐铁、皮革等物资的惩处条例，体现出秦朝通过关税强化中央集权的决心。
汉朝在承袭秦制的基础上，进一步拓展关税的功能与影响力。汉武帝时期，为筹措对匈奴作战的军费，推行“算缗”“告缗”政策，对商人的货物、车船等征税，同时垄断盐铁专卖，将关税与专营制度结合。张骞凿空西域后，丝绸之路的开辟让关税成为中外交流的重要枢纽，敦煌悬泉置遗址出土的简牍，记录了西域商队携带香料、皮毛通关纳税的详细信息；而长安、洛阳等城市设立的“市令”机构，不仅管理国内贸易，还对胡商货物征收“市租”，促进了东西方文化、技术的交融。
在理论层面，董仲舒提出的“罢黜百家，独尊儒术”虽强调重农，但桑弘羊主持的盐铁会议中，围绕“盐铁官营”“均输平准”等政策展开的辩论，实质上探讨了关税在调控经济、平衡区域发展中的作用。《汉书·食货志》系统记载了汉代的财政制度，其中关税收入占比显着，成为支撑帝国扩张与文化传播的经济支柱。无论是西域驼队络绎不绝的商贸往来，还是海上丝绸之路的开辟，秦汉时期的关税制度，既保障了王朝的经济安全，也成为中华文明辐射周边、联通世界的重要桥梁。
随后，到了三国两晋南北朝时期，政权更迭频繁、南北分裂对峙的局势，使关税制度呈现出多元且灵活的特点。各政权为维持割据势力与军事开支，纷纷在交通要道与长江、黄河等水运枢纽设关征税。曹魏政权在许昌、洛阳等地设立“津关都尉”，严格管控盐铁、战马等战略物资的流通，对过往商队征收实物税，以保障军需；孙吴凭借长江天险，在濡须坞、石头城等沿江要塞设卡，对珍珠、香料等海外贸易货物课以重税，充盈的关税收入支撑起其强大的水师力量。
东晋南朝时期，随着经济重心逐渐南移，海外贸易蓬勃发展，番禺（今广州）、建康（今南京）等港口城市兴起，关税制度随之革新。朝廷设立“市舶司”雏形机构，专门管理进出口贸易，对外国商船运来的象牙、犀角等奢侈品征收高额关税，并实行“官市”制度，优先收购珍稀物资。《南史》记载，刘宋时期仅广州一地的关税收入，就足以支撑岭南地区的军政开支。同时，各政权为吸引流民与商客，常出台减免关税的优惠政策，如南齐曾短暂取消部分内陆关卡征税，促进了区域间物资流通。
北方少数民族政权在入主中原后，积极学习汉制，将游牧民族的贸易传统与中原关税制度融合。前秦苻坚统治时期，在长安设立“互市”，对西域商人携带的货物征收货币税，推动了丝绸之路贸易的复苏；北魏孝文帝改革后，在洛阳设“四通市”，对南北贸易货物征税，促进了民族融合与经济