壬戌（十五日）， 追立妃子赵氏为恭皇后，孝敬皇帝的妃子裴氏为哀皇后。
九月，壬午（初五）， 皇帝在明堂祭祀昊天上帝、皇地只，以唐高宗配享。
当初，皇帝在房陵时，州府的约束限制很严；刺史河东人张知謇、灵昌人崔敬嗣唯独以礼相待，供给丰富，皇帝很感激他们，将张知謇从贝州刺史提升为左卫将军，赐爵范阳公。崔敬嗣已经去世，找到他的儿子崔汪。崔汪嗜酒，不能胜任具体职务，授予他五品散官。
改葬上洛王韦玄贞，礼仪都依照太原王（武士彟）的先例。
癸巳（十六日）， 太子宾客、同中书门下三品韦巨源被罢免为礼部尚书，因为他的叔父韦安石任中书令的缘故。
任命左卫将军、上邽人纪处讷兼任检校太府卿，因为纪处讷娶了武三思妻子的姐姐。
冬季，十月， 命令唐休璟留守京师。
癸亥（十七日）， 皇帝前往龙门；乙丑（十九日）， 在新安县打猎后返回。
辛未（二十五日）， 任命魏元忠为中书令，杨再思为侍中。
十一月，戊寅（初二）， 群臣给皇帝上尊号为应天皇帝，皇后为顺天皇后。壬午（初六）， 皇帝与皇后谒谢太庙，大赦天下；相王李旦、太平公主增加实封户，都满一万户。
己丑（十三日）， 皇帝亲临洛城南楼，观看泼寒胡戏。清源县尉吕元泰上疏，认为“谋划政事适合时令，才能寒暑调和，何必赤身裸体，泼水取乐，在大街上击鼓跳舞来索求它呢！”奏疏呈上，皇帝不采纳。
壬寅（二十六日）， 武则天在上阳宫去世，享年八十二岁。遗诏：“去掉帝号，称为则天大圣皇后。王皇后、萧淑妃二族以及褚遂良、韩瑗、柳奭的亲属都予以赦免。”
皇帝守丧期间，由魏元忠代理冢宰三天。魏元忠一向以忠诚正直负有众望，朝廷内外都依赖他；武三思忌惮他，伪造太后的遗诏，好言慰谕魏元忠，赐给实封一百户。魏元忠手捧遗诏，感动得呜咽流泪，见到的人说：“事情完了！”
十二月，丁卯（二十一日）， 皇帝开始在同明殿接见群臣。
太后将要与高宗合葬乾陵，给事中严善思上疏，认为：“乾陵墓穴是用石头做的门，用铁水浇灌缝隙，现在要打开石门，必须进行凿刻。神明之道，崇尚幽静玄远，动用人力进行工程，恐怕会多有惊扰亵渎。况且合葬并非古制，汉代的陵墓，皇后大多不合葬，魏、晋以后，才有合葬的。希望在乾陵旁边另外选择吉地建造陵墓，如果神灵有知，在幽暗之处自然能够相通；如果无知，合葬又有什么好处！”皇帝不听从。
这一年，户部上奏全国有六百一十五万户，三千七百一十四万多人。
中宗大和大圣大昭孝皇帝中 神龙二年（丙午，公元706年）
春季，正月，戊戌（二十三日）， 任命吏部尚书李峤为同中书门下三品，中书侍郎于惟谦为同平章事。
闰正月，丙午（初一）， 下制：“太平公主、长宁公主、安乐公主、宜城公主、新都公主、定安公主、金城公主都开设府署，设置官属。”
武三思因为敬晖、桓彦范、袁恕己还在京师，忌惮他们，乙卯（初十）， 将三人分别外放为滑州、洺州、豫州刺史。
赐给閺乡县僧人万回法云公的称号。甲戌（二十九日）， 任命突骑施酋长乌质勒为怀德郡王。
二月，乙未（二十一日）， 任命刑部尚书韦巨源为同中书门下三品，仍让他与皇后叙宗族关系。
丙申（二十二日）， 僧人慧范等九人都加授五品官阶，赐爵郡公、县公；道士史崇恩等三人加授五品官阶，任国子祭酒，同正员；叶静能加授金紫光禄大夫。
选拔左、右御史台及朝廷内外五品以上官员二十人担任十道巡察使，委托他们考察官吏，安抚百姓，举荐贤才，平反冤狱，两年一轮换，考核他们的功过进行升降。易州刺史魏州人姜师度、礼部员外郎马怀素、殿中侍御史临漳人源乾曜、监察御史灵昌人卢怀慎、卫尉少卿滏阳人李杰都在其中。
三月，甲辰（初一）， 中书令韦安石被罢免为户部尚书；户部尚书苏瑰任侍中、西京留守。苏瑰是苏颋的父亲。唐休璟退休。
当初，少府监丞弘农人宋之问及弟弟兖州司仓宋之逊都因依附张易之被贬到岭南，逃回东都，藏在朋友光禄卿、驸马都尉王同皎家里。王同皎痛恨武三思和韦后的所作所为，每次与亲近的人谈起，总是咬牙切齿。宋之逊在帘外听到了，秘密派他的儿子宋昙和外甥校书郎李悛去告发王同皎，想以此赎罪。武三思让宋昙、