张柬之等人多次劝皇帝诛杀武氏诸王，皇帝不听。张柬之等人说：“武则天革命改朝换代的时候，李唐宗室诸王，被诛杀流放殆尽；现在仰赖天地之灵，陛下得以复位，而武氏仍充任着不应得的官职爵位，安居如故，这难道是天下远近所期望的吗！希望能稍微贬降他们的俸禄官位以安抚天下人心！”皇帝又不听。张柬之等人有时拍着坐榻叹息愤慨，有时弹击手指以致出血，说：“皇上以前做英王时，人们称他勇猛刚烈，我们之所以不诛杀武氏诸人，是想让皇上亲自诛杀他们，以扩大天子的威望罢了。现在反而这样，大势已去，还能怎么办呢！”
皇帝多次微服到武三思府第，监察御史、清河人崔皎密上奏疏劝谏说：“国家刚刚恢复，则天皇帝还在西宫，人心仍有依附武氏的；武则天的旧臣，仍在朝廷任职，陛下怎么能轻易出外游玩，不看看像豫且那样射伤神龟的灾祸呢！”皇帝泄露了崔皎的话，武三思的党羽对他恨之入骨。
丙寅（十九日）， 任命太子宾客武三思为司空、同中书门下三品。
左散骑常侍、谯王李重福，是皇帝的庶子；他的妃子，是张易之的外甥女。韦后厌恶他，在皇帝面前诬陷说：“李重润的死，是李重福干的。”因此将李重福贬为濮州员外刺史，又改任均州刺史，并常常命令州官看管他。
丁卯（二十日）， 任命右散骑常侍、安定王武攸暨为司徒、定王。
辛未（二十四日）， 相王李旦坚决辞让太尉及知政事，皇帝同意；又立他为皇太弟，相王坚决推辞而作罢。
甲戌（二十七日）， 任命国子祭酒、始平人祝钦明为同中书门下三品，黄门侍郎、知侍中事韦安石为刑部尚书，罢免知政事职务。
丁丑（三十日）， 武三思、武攸暨坚决辞让新的官爵及政事，皇帝同意，一并加授开府仪同三司。
册立皇子义兴王李重俊为卫王，北海王李重茂为温王，仍任命李重俊为洛州牧。
三月，甲申（初八）， 下制：“文明年间以来被抄家破族的子孙都恢复原有的官职和荫庇资格，只有徐敬业、裴炎不在赦免之列。”
丁亥（十一日）， 下制：“酷吏周兴、来俊臣等，已经死去的追夺官爵，还活着的都流放到岭南的荒远之地。”
己丑（十三日）， 任命袁恕己为中书令。
派安车去嵩山征召安平王武攸绪，到达后，任命为太子宾客；他坚决请求返回嵩山，皇帝同意。
下制：“枭氏、蟒氏都恢复原来的姓氏。”
术士郑普思、尚衣奉御叶静能都靠邪术妖言被皇帝信任重用，夏季，四月， 皇帝未经外廷直接下令任命郑普思为秘书监，叶静能为国子祭酒。桓彦范、崔玄暐坚持认为不可，皇帝说：“已经任用了，不容马上更改。”桓彦范说：“陛下刚即位时，下制说：‘政令都依照贞观年间的旧例。’贞观年间，魏征、虞世南、颜师古任秘书监，孔颖达任国子祭酒，哪里是郑普思、叶静能所能比的呢！”四月初九，左拾遗李邕上疏，认为：“《诗经》三百篇，用一句话来概括，就是‘思想纯正’。如果真有神仙能让人不死，那么秦始皇、汉武帝早就得到了；如果佛能为人谋福利，那么梁武帝早就得到了。尧、舜之所以成为帝王之首，也不过是努力治理人事罢了。尊宠这类人，对国家有什么好处！”皇帝都不听。
皇帝即位那天，派驿使从高要召回魏元忠；四月十八日，魏元忠到达都城，任命为卫尉卿、同平章事。
甲戌（四月二十五日？此处干支似有误，与前面日期重复，疑为‘甲申’等）， 任命魏元忠为兵部尚书，韦安石为吏部尚书，李怀远为右散骑常侍，唐休璟为辅国大将军，崔玄暐为检校益府长史，杨再思为检校杨府长史，祝钦明为刑部尚书，一同任同中书门下三品。魏元忠等人都是因为是东宫旧臣而受褒奖。乙亥（二十六日）， 任命张柬之为中书令。
戊寅（二十九日）， 追赠已故的邵王李重润为懿德太子。
五月，壬午（初三）， 将武周宗庙的七位神主迁移到西京的崇尊庙。下制：“奏事时都不得触犯武氏三代的讳字。”
乙酉（初六）， 在东都建立太庙、社稷。
皇帝将张柬之等人及武攸暨、武三思、郑普思等十六人都视为有功之人，赐给他们铁券，除非犯有谋反大逆之罪，其余各罪都可以宽恕十次死罪。
癸巳（十四日）， 敬晖等人率领百官上表，认为：“五德（金木水火土）更替兴衰，事情不能两全其美。天授年间武则天革命时，李唐宗室被诛杀流放殆尽，怎么能与武氏诸王一同受封！现在天命更新，而武氏诸王仍像过去一样受封，一同居住在京师，这是开天辟地以来没有过的道理。希望陛下为国家着想，顺应远近人心，降低他们的王爵，以安定朝廷内外。”皇帝不许。
敬晖等人害怕武三思进谗言，便以考功员外郎崔湜作为耳目，窥探武三思的动静。崔湜看到皇帝亲近武三思而猜忌敬晖等人，就把敬晖