唐高宗麟德元年（甲子，公元664年）
春季，正月，甲子（十六日），唐朝将云中都护府改为单于大都护府，任命殷王李旭轮为单于大都护。
当初，李靖攻破突厥后，将三百帐突厥人迁到云中城，阿史德氏是他们的首领。到此时，部落逐渐扩大，阿史德氏到唐朝朝廷，请求按照本民族的习惯法立亲王为可汗以统率他们。唐高宗召见他，对他说：“现今的可汗，就是古时的单于。”所以改名为单于都护府，由殷王李旭轮遥领都护之职。
二月，戊子（初十），唐高宗巡幸万年宫。
夏季，四月，壬子（初五），卫州刺史道孝王李元庆去世。
丙午（疑误，或日期有误），魏州刺史郇公李孝协因犯贪赃罪，被赐死。司宗卿陇西王李博义等上奏，说李孝协的父亲李叔良过去为朝廷牺牲，李孝协没有兄弟，恐怕要绝后。高宗说：“法律是统一的，不能因亲近疏远而不同，如果伤害百姓，就是皇太子也不能赦免。李孝协有一个儿子，何必担心无人祭祀祖先呢！”李孝协最终在自己的宅第中自尽。
五月，戊申朔（初一），遂州刺史许悼王李孝去世。
乙卯（初八），唐朝在昆明的弄栋川设置姚州都督府。
秋季，七月，丁未朔（初一），唐高宗下诏，定于麟德三年正月封禅泰山。
八月，丙子（初一），唐高宗回到京师长安，来到他任晋王时的旧宅，居住了七天；壬午（初七），返回蓬莱宫。
丁亥（十二日），唐朝任命司列太常伯刘祥道兼右相，大司宪窦德玄为司元太常伯、检校左相。
冬季，十月，庚辰（初六），检校熊津都督刘仁轨上奏说：“我观察留守的兵士，疲惫瘦弱者多，勇猛健壮者少，衣服破旧，一心想西归故乡，没有心思为国家效力。我曾问他们：‘以前在西边家乡时，看见百姓踊跃应募，争着要从军，有人请求自备衣服口粮，称为义征，为什么现在的士卒这样？’他们都说：‘现在的官府与从前不同，人心也不一样。以前在东西征战中，为朝廷牺牲，都承蒙皇帝派使者吊唁祭奠，追封官爵，或者把死者的官爵转授给他的子弟，凡渡辽海东征的，都赐勋一级。自显庆五年以来，东征的人屡次渡海，官府没有记录，死了也没有人过问。州县官每次征发百姓当兵，强壮而富有的，花钱买通办事人员，都得以免征，贫穷的虽然年老体弱，一经征发就得上路。不久前攻破百济及平壤的苦战中，当时将帅发出号令，答应立功得勋奖赏，无所不至；等到返回西岸，只听见被拘禁审讯，剥夺赏赐，撤销勋级，州县官吏上门催迫租赋，简直无法生活下去，公私困乏，一言难尽。因此不久前从海西出发时，就已经有逃亡或自残的，并不只是到了海外才发生这种情况。还有，本来把因征战中获勋级看成一种荣耀；而近年出征中，都让有勋级的人挽舟拉车，劳苦同民夫没有两样，百姓所以不愿从军，大概都由于这些原因。’我又问：‘以前士卒留在这里镇守五年，尚且能够支持，现在你们才经历一年，为何衣着如此单薄破露？’他们都说：‘当初从家乡出发时，只命令准备一年用的物资服装；如今已留守两年，还没有回家的日期。’我查核军士所留存的衣物，今冬仅可以应付，明年秋季以后，全无准备。”高宗接纳他的意见，派遣右威卫将军刘仁愿领兵渡海替换原来留守的士兵，并命令刘仁轨一起返回。刘仁轨对刘仁愿说：“国家派兵远驻海外，想以此治理高丽，这不是容易的事。现在秋收尚未完成，而军吏与士卒一下子全部替换，将领也要回去。夷人刚刚归服，人心未稳，必将发生变乱。不如暂时将旧兵留下，继续完成秋收，准备好粮食和物资，然后分批遣返；将领也应暂时留下来安定局面，还不能回去。”刘仁愿说：“我前次回到海西，遭到众多诽谤，说我故意多留士卒，图谋割据海东，几乎难免杀身之祸。如今只知道按皇帝的命令办事，哪里还敢擅自作主！”刘仁轨说：“作为臣下，只要有利于国家，知道的事就一定要办，怎么能顾及个人得失！”于是上书陈述怎么办对国家有利，自己请求留下镇守海东。高宗采纳了他的意见。朝廷又任命扶余隆为熊津都尉，让他招抚百济余众。
当初，皇后武则天能委屈自己，忍受耻辱，顺从唐高宗的旨意，所以高宗排除不同意见，立她为皇后；等到她得志之后，恃势专权，高宗想有所作为，常为她所牵制，高宗非常愤怒。有道士叫郭行真，出入皇宫，曾施行用诅咒害人的“厌胜”邪术，太监王伏胜揭发了这件事。高宗大怒，秘密召来西台侍郎、同东西台三品上官仪商议。上官仪趁机说：“皇后专权自恣，天下人都不赞成，请废黜她。”高宗也认为应当这么办，立即命令上官仪起草诏令。
皇帝左右的人跑去告诉武则天，武则天急忙来到高宗处诉说。当时废黜的诏令草稿还在高宗处，高宗羞怯畏缩，不忍心废黜，又像原来一样对待她；又怕她怨恨恼怒，还哄骗她说：“我本来没有这个想法，都是上官仪给我出的主意